一．在這一章里，我們將對如何應(yīng)用PUBMED這一得力助手檢索文獻，作以簡單介紹。

   1．當(dāng)你打開瀏覽器，在地址欄內(nèi)鍵入http://www.ncbi.nlm./PubMed/ 或是http://www.PubMed.gov/后，就進入了PUBMED檢索系統(tǒng)主頁,可以見到如下的頁面。

   2．在靠近頁面上部的地方，首先映入我們眼簾的，即是供我們輸入所需查詢內(nèi)容的檢索框。

   在檢索框中輸入查詢詞，然后單擊"go"按鈕或按回車鍵，PubMed將會自動開始檢索，并將檢索到的相關(guān)條目顯示在屏幕上。在檢索框前面，你還可以選定所要檢索內(nèi)容的數(shù)據(jù)庫范圍，除NCBI的數(shù)據(jù)庫以外，可供選擇的還有：PROTEIN, STRUCTURE, POPSET等等。

    說到這里，很多人可能以為只需傻瓜式的輸入幾個字符然后回車一敲便可萬事大吉，其實不然。每個人搜索效率的高低往往存在很大差別。在這里提供以下建議僅供讀者參考：

     明確你索要檢索的關(guān)鍵概念及詞語，即關(guān)鍵字；

     考慮到關(guān)鍵字的類似說法，即有可能出現(xiàn)的同義詞；

     通過限定DATES, STUDY GROUP等，精煉你的檢索范圍；

     多向有經(jīng)驗的人求教，因為不同的專業(yè)背景以及個人的差異，都有可能形成不同的方法和技巧。

    3．通過布爾（BOOLEAN）運算來提高你的效率

    最常用的三種布爾運算即是AND,OR,和NOT。

     AND提供的運算方式即不管所輸入的兩個關(guān)鍵詞語所出現(xiàn)的位置在哪，只要他們都出現(xiàn)在索引文章的某一處，就將其列出。

     而OR則是將出現(xiàn)至少一個關(guān)鍵詞的文章列出，這種運算在想將相似主題的文章羅列在一起時，十分有效。

     NOT運算可以在你的檢索范圍內(nèi)將某些不需要的部分除去。但是在使用的時候要特別注意，會有可能將一些你所需要的文章漏掉。比如當(dāng)你的檢索詞為LEAD POISONING NOT CHILDREN時，除了會刪除掉那些僅討論兒童的文章，同時也會刪去那些同時討論兒童及其他年齡組的文章。

    4．PUBMED檢索類型

    通常我們所要查詢的單詞類型大致可以分為：

     詞語（主題）檢索 這時我們在PubMed主頁的檢索框中鍵入的是英文單詞或短語（大寫或小寫均可）。然后回車或點擊"Go"， PubMed即使用其詞匯自動轉(zhuǎn)換功能進行檢索，并將檢索結(jié)果直接顯示在主頁下方。例如：鍵入"vitamin c common cold"后回車或點擊"Go"， PubMed開始檢索并將檢索結(jié)果顯示出來。

     著者檢索 當(dāng)我們所要查詢的是著作者時， 在檢索框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為："著者姓 空格 名字首字母縮寫"，例如smith ja，然后回車或點擊Go，系統(tǒng)會自動到著者字段去檢索，并顯示檢索結(jié)果。

     刊名檢索 在檢索框中鍵入刊名全稱或MEDLINE形式的簡稱、ISSN號，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回車或點擊Go,系統(tǒng)將在刊名字段檢索，并顯示檢索結(jié)果。

     日期或日期范圍檢索 可以在檢索框中鍵入日期或日期范圍，然后回車或點擊Go，系統(tǒng)會按日期段檢索，并將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYYY/MM/DD；如：1999/09/08

也可以不錄月份和日子，如：2000或1999/12。

     檢索期刊子集（輯） 檢索的格式為：檢索詞AND jsubseta,如：neoplasm AND jsubseta?？晒z索的期刊子庫有3種：Abridged Index Medicus(有120種重要核心期刊)、Dental和Nursing。分別使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn進行限定。

     檢索帶文摘的記錄 檢索的格式為：檢索詞AND has abstract, 如：liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE記錄中沒有文摘。

     布爾邏輯檢索 PubMed系統(tǒng)允許使用布爾邏輯檢索，只要在檢索框中鍵入布爾邏輯運算符（AND，OR或NOT）。具體使用時要注意的問題，詳見上第3點所述。

    5．如何處理檢索結(jié)果

    當(dāng)你點擊GO或回車后，PubMed將會自動運行檢索命令，在屏幕的下方顯示出符合檢索要求的項目，并且在查詢框內(nèi)保留原檢索詞。此時要注意的是符合檢索要求的項目是以SUMMARY（簡要格式）顯示出來的，就是列出作者，文章題目，以及文章來源的一些信息。

    在DISPLAY鍵后還可以選擇別的顯示格式，點擊DISPLAY鍵后，系統(tǒng)按所選格式全部檢索結(jié)果。

    如果只需要顯示其中一部分記錄，則需點擊該記錄左邊的查詢框，使標記后，再點擊Display鍵；如果只需顯示一條記錄，則可直接點擊該記錄中的作者姓名超鏈接，系統(tǒng)會自動顯示該記錄的文摘格式。

    還有一點，系統(tǒng)所設(shè)定的默認值為每頁顯示20條選項，這點可以在SHOW后的下拉菜單處選擇。

    如果選中所感興趣的內(nèi)容，即可進行保存，打印等等操作。PubMed系統(tǒng)允許最多可保存5000條記錄。要保存全部檢索結(jié)果時，打開Summary下拉菜單選擇其中一種格式，然后點擊Save鍵；要保存特定記錄時，點擊記錄左邊的選擇框予以標記后，再點擊Save鍵。

    使用瀏覽器的打印功能，即可把感興趣的內(nèi)容打印出來。系統(tǒng)允許每頁最多顯示500條記錄。如果想打印成文本格式，請先點擊Text鍵，然后再打印。

    下一章我們將用幾個實例來使大家熟悉以上檢索技巧。

   在上一章里，我們已經(jīng)對如何用PUBMED來查詢我們感興趣問題的文獻。在這一章，我們可以通過幾個簡單的實例來具體熟悉PUBMED的用法。

例一

    1．明確所要檢索的內(nèi)容。如果我們要查詢的問題是"維生素C對于普通感冒的防治作用"。首先我們應(yīng)分析這一問題中的關(guān)鍵詞語，主要由"維生素C"，和"普通感冒"構(gòu)成。即"VITAMIN C"和"COMMON COLD"。

    2．分析所要檢索的兩個相關(guān)詞語的關(guān)系。根據(jù)我們的日常生活經(jīng)驗，可以將兩個關(guān)鍵詞之間的關(guān)系定義為"AND",于是我們可以在檢索框內(nèi)鍵入"VITAMIN C AND COMMON COLD".，然后點擊"GO"，進行檢索。下面的畫面即為經(jīng)過上面檢索過程后所得到的相關(guān)文章。

3．以上初步檢索后所顯示的結(jié)果都以默認的SUMMER格式顯示出來，在經(jīng)過對SUMMER的閱讀后，我們可以進一步篩選文獻的內(nèi)容。如我們感興趣的是第二、三、五篇的話，選中這幾篇文獻左側(cè)的方框。如果我們想要同時看到這幾篇的ABSTRACT，在DISPLAY鍵后的下拉菜單選擇ABSTRACT，然后點擊DISPLAY。即可看到所要結(jié)果。

例二

   1． 如果這一次我們想要查找的是與一個作者相關(guān)的文章，如這位作者的名字是Hemila h，則我們所要檢索的內(nèi)容就很明確了，是這位作者的名字Hemila h。

2． 在檢索框內(nèi)輸入Hemila h，點擊GO鍵，屏幕上即會顯示出與這位作者相關(guān)的文獻。 

   3． 在所列出的 39項文獻內(nèi)，我們?nèi)绻朐谝黄羶?nèi)看到所有的選項，可以在SHOW后面的下拉菜單內(nèi)選擇想要顯示的數(shù)量，如50篇。

   4． 在PUBMED所檢索到的文獻里，我們對第 1篇很感興趣，點擊該篇文章左側(cè)的方框，然后拉下Display鍵后的多選框，選擇文獻的顯示類型，（如Abstract-摘要，Brief-提綱 ，Citation-引言等），一般情況下，以選擇Abstract居多，這樣一目了然。在確定好顯示內(nèi)容后，點擊Display鈕，即可閱讀相關(guān)內(nèi)容了。

   5． 在確定對檢索到的內(nèi)容感興趣后，如果想把它保存下來，可以單擊Save按鍵，如果想保存在剪貼板里，即可單擊Clipboard,保存于剪貼板。點擊"文件"菜單內(nèi)的打印即可將該文打印出來。

   上述是運用Pubmed進行簡單檢索的兩個實例。如果經(jīng)過上述的檢索過程，仍然不能滿足你的需要，我們可以進行較為復(fù)雜的高級檢索。在以后的幾章中，我們會詳細介紹。

   在以上兩章我們已經(jīng)掌握了如何運用初級檢索法達到檢索文獻的目的。不過在我們所要檢索的問題相對較為復(fù)雜的時候，僅僅靠初級檢索就遠遠達不到需求了。為了使得我們的檢索更為準確，高效，我們可以充分利用PubMed所提供的高級檢索功能。

在你進入PubMed首頁之后，在檢索框的下方，有PubMed所提供的五個重要的功能按鈕，即Limits按鈕, Preview/Index按鈕, History按鈕, Clipboard按鈕,及Details按鈕。如果你能夠充分的利用好這幾個功能按鈕，那你的檢索則很有可能事半功倍。

   首先，讓我們來簡單的了解一下這幾個按鈕的主要功能。

   1. Limits 按鈕

當(dāng)你單擊Limits按鈕后，你可以看到如下界面。（fig1）

在這里可以進行以下設(shè)定：

     將搜索范圍設(shè)定在一個特定的域。

     將搜索范圍設(shè)定在特定的年齡組、性別組、人類或動物學(xué)范圍。

     也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型（如綜述）。

     設(shè)定只搜索包含摘要的文獻。

     設(shè)定搜索Entrez數(shù)據(jù)庫或Publication數(shù)據(jù)庫。

     設(shè)定搜索范圍為PubMed數(shù)據(jù)庫的某一子數(shù)據(jù)庫（如Abridged Index Medicus 或AIDS相關(guān)的條目）。

    例如 在All Fields域選擇下拉菜單里，你可以把搜索詞限定在一個特定的域，缺省設(shè)置是所有的域；打開下拉菜單就可以選擇所需的域名了。又如"Only items with abstracts"指只檢索那些有文摘的記錄（1975年前出版的文章的記錄中沒有文摘）

    2．Preview/Index 按鈕

    在按下Preview/Index按鈕之后，我們可以進行的設(shè)定有：

     在顯示條目之前顯示所查到的文獻數(shù)。

     隨時通過增加查詢單詞來修改查詢方案。

     在特定的搜索域中向方案里加入查詢詞。

     從Index中查看并選擇詞語來修改查詢方案。

     在你修改查詢時查看方案。

    Preview(預(yù)覽) 使用此功能可以在顯示條目之前顯示所查到的文獻數(shù)。使用時，在輸入框中鍵入搜索詞，然后單擊Preview，PubMed返回的信息是條目的數(shù)量。

    Index（索引） 使用此功能,可以從特定域中選擇以索引的單詞，并把他們加入查詢方案之中;可以查看某一個特定搜索域中詞語列表；也可以使用布爾運算符來建立一個查詢方案。

    3．History 按鈕

    History （歷史記錄）歷史記錄中保存的是你所有的查詢方案與查詢結(jié)果，只有當(dāng)你運行了一次查詢之后，History中才有內(nèi)容。History屏幕將會顯示：你的查詢方案、查詢時間、查詢到的文獻數(shù)量。Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄，而使用History可以看到最近100次的查詢結(jié)果。一旦查詢數(shù)量超過100，PubMed會將最早的查詢除去，加進最新的一次查詢。如果兩次查詢內(nèi)容相同，PubMed會將頭一次的去除。

    4．Clipboard 按鈕

    剪貼板可以幫助你保存或查看在一個或多個查詢中選擇的條目，然后就可以打印、保存、訂購剪切板中的內(nèi)容了。將條目左邊的復(fù)選框選中，單擊"Add to clipboard"就可以將其加入剪切板中。當(dāng)點擊 Clear History可以將History中的所有內(nèi)容清除。

    剪切板中最大的儲存數(shù)是500條。而放在剪切板中的內(nèi)容如果在一小時內(nèi)沒有任何操作，將會自動消失。

    5．Details  按鈕

    Details是用于幫助你查看PubMed的檢索策略。即在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動地轉(zhuǎn)換成了那些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外，使用Details鍵可以對檢索策略進行編輯，然后再一次檢索。在PubMed Query框內(nèi)顯示的是PubMed實際使用的檢索策略和語法。該框下有四個區(qū)域：Result區(qū)顯示檢索結(jié)果的記錄總數(shù)，點擊這個數(shù)字，可回到檢索結(jié)果顯示屏；Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細情況；Database區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫；User Query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。

    要對檢索策略進行編輯可直接點擊PubMed Query框中的檢索策略，將其增加、刪除或修改后點擊Search鍵。

    除了以上五個主要功能鍵以外，利用PubMed提供的其他一些功能，如MeSH 等，也可以在很大一部分程度上提高我們的檢索效率。在以后的若干章里，我們將會以詳盡的筆墨來系統(tǒng)的剖析這些功能用法。

   在我們對如何運用PubMed進行較為復(fù)雜的檢索有了初步的了解后，我們來看幾個應(yīng)用性的實例。

     例一 現(xiàn)在讓我們來查找一下有關(guān)于"鋅對于兒童成長的作用"的文獻。

     步驟一，我們先來對這一話題進行初步的檢索。我們確定了它的關(guān)鍵字應(yīng)為"Zinc Infant Growth"，把它輸入查詢框，按GO鍵進行檢索。共有492篇相關(guān)文獻。顯然如果我們對這些文獻一一打開逐項閱讀，將是一項非常繁復(fù)的工作。這時我們就需要用高級檢索的方法來減少工作量。

     步驟二，如果我們所要檢索的文獻要求是反映比較新的動態(tài)進展，那么我們可以點擊功能鍵Limits按鈕.在其中的Publication Date的輸入框內(nèi)輸入FROM"2000 01 01" TO"2002 01 01".（"Entrez Date"指錄入系統(tǒng)的日期；"Publication Date"指出版日期）

步驟三，如果我們進一步要求文章是用英文發(fā)表，且PubMed可以顯示出Abstract的，我們可以依照上面的方法類推，在Languages下拉菜單內(nèi)選擇English,選中"Only items with abstracts"前的方框。然后點擊GO鍵，開始檢索。共有61篇，在當(dāng)前頁內(nèi)顯示出最新的20篇。（fig1）

    其實，如果我們一開始就很明確所要檢索的Limits限制，以上三步其實可以合成一步完成。在此僅僅是為了方便說明問題，我們將其分開描述。

     例二 還是查找有關(guān)于"鋅對于兒童成長的作用"的文獻。

    如果當(dāng)我們進行了很多檢索（包括上述的例一檢索）之后，我們發(fā)現(xiàn)在以前的檢索步驟中還有想要翻看的檢索的歷史，首先我們可以點擊Preview/Index按鈕。這時屏幕上將會顯示出我們檢索過的內(nèi)容。(fig2)使用History可以看到最近100次的查詢結(jié)果，而Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄。

    其次，輸入我們想要看的以前那次檢索過的檢索字，如"Zinc Infant Growth"，點擊Preview按鍵，屏幕上則會顯示出以前檢索過"Zinc Infant Growth"的記錄。

    如果我們要進一步修改查詢方案，可以在檢索框內(nèi)加入另外的單詞，如"iron"等,點擊Preview。依此方法我們可以繼續(xù)加入另外的詞語，點擊Preview直到你希望得到的內(nèi)容。使用這種功能可以幫助你看到以前的搜索方案與查詢結(jié)果的數(shù)量。

    以上的兩個簡單實例，說明了如何應(yīng)用PubMed所提供的強大功能按鈕來提高我們的檢索效率。其實在實際應(yīng)用中還有很多技巧有待于我們?nèi)ヌ剿?，希望筆者的介紹能起到拋磚引玉的作用，幫助你在PubMed的海洋里自在地暢游。

何為MeSH？

    MeSH其實是Medical Subject Headings的縮略詞，即醫(yī)學(xué)主題詞，是用規(guī)范化的醫(yī)學(xué)術(shù)語來描述生物醫(yī)學(xué)概念。NIH的工作人員按MeSH詞表規(guī)定，瀏覽生物醫(yī)學(xué)期刊全文后標引出每篇文獻中的MeSH主題詞，其中論述文獻中心的主題詞稱主要主題詞（major topic headings），論述主題某一方面的內(nèi)容的詞稱為副主題詞。

那么為什么要使用醫(yī)學(xué)主題詞呢？

     我們先來看個比喻，如果有人問你感冒了嗎？你會不會回答"沒有啦，我只是有點著涼發(fā)燒而已"呢？當(dāng)然不會，因為你知道感冒就是著涼發(fā)燒。但一個檢索系統(tǒng)，如果你不告訴它的話，它就有可能不知道這一點。在期刊中，對于同一個概念往往可能有不同的描述形式，如Tumor和Neoplasm都是指腫瘤。當(dāng)一個查詢者希望查閱腫瘤和diet(飲食)相關(guān)的文獻時，他可能會輸入Tumor，也可能輸入Neoplasm作為關(guān)鍵字，但其實這兩者之間是沒有區(qū)別的。一個愚蠢的檢索系統(tǒng)可能就認識不到這點，而像PubMed這樣的"智能化"檢索系統(tǒng)就能夠準確的意識到這點，從而不會造成檢索結(jié)果的遺漏。

如何使用

    如果你希望使用醫(yī)學(xué)主題詞進行檢索，可以從PubMed首頁上點擊PubMed Services下方的MeSH Browser即可進入以下界面。

     舉例說明，如果你想要檢索Neoplasms和bone的相關(guān)文獻，首先在MeSH Browser的檢索框內(nèi)輸入檢索詞Neoplasms，然后點擊Browse按鈕，系統(tǒng)顯示其定義及在樹狀等級結(jié)構(gòu)中的位置，如下圖。

    如果需要的話，你可以選擇Detailed display,如同所示：

    （1）Add the search to the following subheadings：點擊副主題詞前的方框，表示選中該副主題詞，可連續(xù)選擇多個詞，它們之間的邏輯關(guān)系為OR。

    （2）Restrict Search to Major Topic headings only：若將檢出結(jié)果限定在主要主題詞（Major Topic Heading）則可提高查準率。

    （3）Do Not Explode this term：系統(tǒng)要檢索某一主題詞時，會自動擴展檢索（Explode），即將該主題詞的下位詞一并檢出。如果只需檢索單個主題詞，可點擊此按鈕。

    完成上述選項后，點擊"Add"按鈕，稍后在下一屏Current Query的方框中將顯示所選的主題詞。

    然后，我們再在MeSH瀏覽器內(nèi)輸入bone, 按檢索按鈕，系統(tǒng)會告訴你bone不是一個主題詞，但它會自動將其轉(zhuǎn)換成主題詞Bone and Bones, 同樣，其下方也會顯示出其定義及在樹狀等級結(jié)構(gòu)中的位置。你一樣可以選擇Detailed display以便進行更為精細的選擇，選擇完成后，點擊"Add"按鈕，則進入下面的界面。這時，你只需點擊PubMed Search按鈕即開始檢索，查詢出用這兩個主題詞為關(guān)鍵字以及所選擇的相應(yīng)邏輯關(guān)系的文獻檢索結(jié)果。

    總而言之，主題詞檢索法雖然稍嫌繁瑣，但其檢索結(jié)果的準確性高，遺漏率低，是最佳的檢索方法，一旦熟練掌握，將使得我們的檢索工作事半功倍。