正常人體及動(dòng)物體上都存在著許多微生物。生活在健康人體和動(dòng)物體各部位、數(shù)量大、種類較穩(wěn)定且一般是有益無害的微生物種群，稱為正常菌群。例如，動(dòng)物的皮毛上經(jīng)常有葡萄球菌、鏈球菌和雙球菌等，在腸道中存在著大量的擬桿菌、大腸桿菌、雙歧桿菌、乳桿菌、糞鏈球菌、產(chǎn)氣莢膜梭菌、腐敗梭菌和纖維素分解菌等，它們都屬于動(dòng)物體上的正常菌群。

人體在健康的情況下與外界隔絕的組織和血液是不含菌的，而身體的皮膚、粘膜以及一切與外界相通的腔道，如口腔、鼻咽腔、消化道和泌尿生殖道中存在有許多正常的菌群。胃中含有鹽酸，pH較低不適于微生物生活，除少數(shù)耐酸菌外，進(jìn)入胃中的微生物很快被殺死。人體腸道呈中性或弱堿性，且含有被消化的食物，適于微生物的生長繁殖，所以腸道特別是大腸中含有很多微生物。

一般情況下，正常菌群與人體保持平衡狀態(tài)，且菌群之間互相制約，維持相對的平衡。它們與人體的關(guān)系一般表現(xiàn)為互生關(guān)系。但是，所謂正常菌群，也是相對的、可變的和有條件的。當(dāng)機(jī)體防御機(jī)能減弱時(shí)，如皮膚大面積燒傷、粘膜受損、機(jī)體受涼或過度疲勞時(shí)，一部分正常菌群會(huì)成為病原微生物。另一些正常菌群由于其生長部位發(fā)生改變也可導(dǎo)致疾病的發(fā)生，如因外傷或手術(shù)等原因，大腸桿菌進(jìn)入腹腔或泌尿生殖系統(tǒng)，可引起腹膜炎、腎炎或膀胱炎等炎癥。還有一些正常菌群由于某種原因破壞了正常菌群內(nèi)各種微生物之間的相互制約關(guān)系時(shí)，也能引起疾病，如長期服用廣譜抗生素后，腸道內(nèi)對藥物敏感的細(xì)菌被抑制，而不敏感的白色假絲酵母或耐藥性葡萄球菌則大量繁殖，從而引起病變。這就是通常所說的菌群失調(diào)癥。因此在進(jìn)行治療時(shí)，除使用藥物來抑制或殺滅致病菌外，還應(yīng)考慮調(diào)整菌群恢復(fù)腸道正常菌群生態(tài)平衡的問題。