2009年8月30日，日本進行眾議院選舉，日本自民黨遭到建黨以來最大慘敗，議席由選前的304席大跌至119席，減少185席。前首相海部俊樹落選，破1963年片山哲、石橋堪山落選后46年來無前任首相在大選中落選的紀錄；此外，現(xiàn)任自民黨總務會長笹川堯、山崎派會長山崎拓、古賀派名譽會長崛內光雄、小泉娃娃兵頭目、83會會長土屋正忠、前自民黨總務會長深谷隆司、丹羽雄哉、久間章生、前外相中山太郎、前法相保岡興治、杉浦正健、前財務相尾身幸次、中川昭一、前文相中山成彬、小坂憲次、渡海紀三朗、前農相谷津義男、島村宜伸、赤城德彥、太田誠一、前防衛(wèi)廳長官齊藤斗志二、愛知和男、前經(jīng)濟企劃廳長官船田元、前國土廳長官伊藤公介、前行政改革擔當相中馬弘毅、前金融擔當相柳澤伯夫、伊藤達也、前防災擔當相井上喜一、前少子化擔當相上川陽子等“大物議員”和前首相鈴木善幸之子、前環(huán)境相鈴木俊一、前首相橋本龍?zhí)芍?、?991年至2007年連續(xù)任職16年的高知縣知事橋本大二郎、橋本龍?zhí)芍訕虮驹?、宮澤喜一之侄宮澤洋一、石原慎太郎之子石原宏高、河野洋平之女牧島、津島雄二之子津島淳等強力世襲議員全部落選；2005年初次當選的83名“小泉娃娃兵”，除退出自民黨或引退的數(shù)人外，參選的77人僅10人再次當選，其余67人全部落選；町村派會長町村信孝、津島派會長代行額賀福志郎、伊吹派會長伊吹文明、前自民黨干事長武部勤、中川秀直、前法相長勢甚遠、前厚生相川崎二郎、前環(huán)境相小池百合子、鴨下一郎、前防衛(wèi)廳長官衛(wèi)藤征士郎、前科技擔當相高市早苗等資深議員都在其多年經(jīng)營的選區(qū)內敗北，僅通過比例選區(qū)當選后才復活。內閣的17名現(xiàn)任閣僚中，除3名參議員外，有與謝野馨、佐藤勉、鹽谷立、甘利明、林干雄、野田圣子等6名閣僚在小選區(qū)內敗北，僅通過比例選區(qū)當選后才復活；22名副大臣中，除4名參議員外，有10人落選；25名政務官中，除8名參議員外，有11人落選；麻生內閣任內辭職的3名前任閣僚、1名副大臣和2名政務官中，除鳩山邦夫、松浪健太當選外，其余2名前任閣僚中山成彬、中川昭一、1名前副大臣平田耕一、1名前政務官戸井田徹全部落選。麻生內閣的成員都大量落選，顯示麻生政權已經(jīng)喪盡民心。公明黨也議席大減，其在小選區(qū)推出的候選人全軍覆沒，議席由31席大跌至21席，而且現(xiàn)任黨首太田昭宏、現(xiàn)任干事長北側一雄、前干事長冬柴鐵三等黨的領袖也落選，喪失眾議員身份，這也是公明黨自創(chuàng)立以來首次出現(xiàn)黨首在大選中落選的情況。公明黨由此決定中止與自民黨合作關系。自民黨總裁麻生太郎、公明黨黨首太田昭宏雙雙宣布引咎辭職。而民主黨獲大勝，議席由113席大漲至308席，增加195席，創(chuàng)日本戰(zhàn)后眾議員選舉占有議席最多和在眾議院占有席位比例最高記錄，甚至出現(xiàn)由于在近畿比例選區(qū)由于當選席位超過候選人人數(shù)，而不得不將2個席位讓給自民黨和公明黨的事件。

    2009年9月16日，日本新一屆國會開幕，在首相選舉中，除了民主黨、社民黨、國民新黨三大執(zhí)政黨外，還有眾人之黨、新黨日本、新黨大地等黨派和除平沼赳夫集團以外的所有無黨派議員都投票支持民主黨候選人（僅自民黨、公明黨、共產黨三個政黨和隸屬平沼赳夫集團的無黨派議員未投票給民主黨候選人），鳩山由紀夫由此當選日本第60位、第93代首相，組成民主黨、社民黨、國民新黨三黨聯(lián)合政府。由于三黨在眾議院擁有三分之二議席，在參議院擁有過半議席，其中民主黨一黨就擁有300余個眾議院議席，還能獲得除自民黨外的其他在野黨如公明黨、共產黨、眾人之黨的部分支持，所以此次組成的聯(lián)合政府遠較1993年成立的非自民黨聯(lián)合政府穩(wěn)固，而且鳩山內閣一成立支持率就高達72%，僅次于小泉內閣和細川內閣剛成立時的支持率。由此，自民黨奪回政權之路坎坷無比。

    2009年9月28日，谷垣禎一當選日本自民黨總裁，成為“麻垣康三”中最后一位當上自民黨總裁的成員（“麻垣康三”是小泉內閣后期被公認能接替小泉的4名自民黨骨干，其中安倍晉三、福田康夫與麻生太郎三人在小泉辭職后已先后擔任過自民黨總裁和首相職務）。谷垣當選后，廢除了選舉對策委員會，改變了福田康夫上臺后將傳統(tǒng)的“黨三役”（干事長、政調會長、總務會長）改為“黨四役”（干事長、政調會長、總務會長、選舉對策委員會委員長）的政策，恢復了傳統(tǒng)的干事長、政調會長、總務會長“黨三役”，并任命原國會對策委員會委員長大島理森為干事長，額賀派骨干石破茂為政調會長，山崎派的青年骨干田野瀨良太郎為總務會長，古賀派的川崎二郎為國會對策委員會委員長。在這幾名重要干部中，大島理森是老資格的骨干議員，曾3次入閣擔任環(huán)境廳長官、文部大臣兼科技廳長官、農業(yè)水產大臣職務，在森、小泉、安倍、福田、麻生連續(xù)五任首相任內擔任國會對策委員長長達近4年之久，是自民黨歷史上任職時間最長的國會對策委員會委員長，嫻熟國會運營事務；石破茂本是此次總裁選舉的熱門人選，但在選前主動棄選并宣布支持谷垣禎一；田野瀨良太郎雖然從未入閣或擔任過黨三役，但在歷次谷垣禎一競選自民黨總裁的選舉中，都擔任其推薦責任人代表或選擇責任人的職務，深受谷垣禎一信任，其也成為繼福田赳夫、佐藤孝行、安倍晉三后歷史上第四位從未入閣卻能出任“黨三役”的自民黨議員；川崎二郎是谷垣禎一的鐵桿盟友，是原谷垣派的核心成員之一，后隨谷垣禎一加入古賀派。由此，谷垣禎一在黨內初步構建起其權力基石和穩(wěn)固基礎。

    谷垣出任自民黨總裁后，雖然穩(wěn)固了黨內支持面，但在黨務運營及組建影子內閣過程中，過于照顧各派系領袖和多次入閣的資深議員，表現(xiàn)出按照自民黨排資論輩的老傳統(tǒng)行事的作風，受到輿論和黨內年輕議員的指責。而鳩山內閣執(zhí)政后也未出現(xiàn)重大失誤，故進入10月后，鳩山內閣支持率仍處在71%的高位，一改以往森、小泉、安倍、福田、麻生五屆內閣上臺后支持率即大幅下跌的局面。10月25日，在國會議員補選中，民主黨又大獲全勝，以較大優(yōu)勢擊敗自民黨，獲得所有補缺的國會議席。民主黨政權趨于穩(wěn)固。

    2009年11月5日，在眾議院大選中遭到沉重打擊的伊吹派（20名眾議員中12人落選）和二階派（12名眾議員中除會長二階俊博外其余11人全部落選）宣布合并為新的伊吹派，由伊吹文明任會長，二階俊博任會長代行，新伊吹派擁有18名議員，成為自民黨內僅次于町村派、額賀派、古賀派的第四大派系（下圖為2009年11月5日自民黨內派系實力分布）。
　

    鳩山由紀夫上臺后，雖然連續(xù)曝出以自有資產冒充別人捐獻的政治捐款等政治資金收支報告虛假記載問題，但根據(jù)日本共同社11月底的民調，鳩山內閣支持率仍維持在63.7%的高位，較10月底的61.8%還略有上升。雖然有74.9%的人不能接受鳩山對政治資金作假的解釋，但只有11.4%的人要求其引咎辭職，而高達75.5%的人認為鳩山應在盡到說明責任后繼續(xù)擔任首相，顯示此事對民主黨政權威脅并非很大。另外有77.3%的人對鳩山內閣成立后甄別預算的工作表示好評。民主黨的支持率又上升1.6個百分點為45.0%，而自民黨則下降了4.9個百分點為16.2%，顯示自民黨短期內奪回政權的可能性微乎其微。

    進入12月后，自民黨連續(xù)有田村耕太郎、長谷川大紋、山內俊夫、吉村剛太郎四名參議員退黨，給企圖在明年7月參議院選舉中擊敗民主黨奪回政權的自民黨以重創(chuàng)，自民黨總裁谷垣禎一的領導能力也大受質疑。而民主黨也陷入無力應對經(jīng)濟危機、政績不彰的困境，12月底鳩山內閣支持率大跌16.5%至47.2%，再次給民主黨以嚴重警告。

    2010年1月7日，鳩山內閣財務大臣藤井裕久因病辭職。鳩山由紀夫任命副首相菅直人兼任財務大臣，并繼續(xù)兼任經(jīng)濟財政政策擔當大臣，其另外兩個兼職科學技術政策擔當大臣和國家戰(zhàn)略擔當大臣分別改由文部科學大臣川端達夫和行政刷新?lián)敶蟪枷晒扔扇思嫒巍Ｍ瑫r，自民黨內部也紛爭加劇，小泉娃娃兵成員小野次郎宣布退黨，加入渡邊喜美領導的眾人之黨。自民黨內前厚生勞動相舛添要一公然宣稱“對于一個變得陳舊、被國民拋棄的政黨，即使重建也無濟于事，必須做好組建新黨的心理準備”，顯示其退黨另立新黨的野心。自民黨前干事長中川秀直也隨之呼應，兩人宣稱要在政界重組上加強合作。而自民黨前副總裁山崎拓也要挾自民黨必須破除不推薦70歲以上人士參加參議院比例選區(qū)競選的規(guī)定，推薦其為候選人，否則其將退出自民黨加入國民新黨。自民黨山崎派議員也要求自民黨推薦已經(jīng)73歲的山崎拓為候選人，而自民黨內年輕議員對此表示堅決反對。自民黨分崩離析的局勢進一步加劇。1月上旬，鳩山內閣支持率回復到50.8%，呈現(xiàn)止跌回穩(wěn)跡象。

    1月15日、16日，日本檢方先后逮捕了小澤一郎的3名秘書，引起民眾對小澤一郎政治資金問題的強烈不滿，鳩山內閣的支持率從一周前的50.8%大跌到41.5%，不支持率達到44.1%，這是鳩山內閣成立后內閣支持率首次低于不支持率。盡管鳩山內閣支持率下降，但自民黨并未因此獲利，反而陷入內部紛爭，由于谷垣禎一堅持不推薦70歲以上人士參加參議院比例選區(qū)競選的規(guī)定，拒絕山崎拓、保岡興治、片山虎之助等老資格落選議員成為參議院比例選區(qū)候選人，黨內對其決定議論紛紛。前厚生勞動相舛添要一在其新書《內閣總理大臣》中公開表示有意成為首相并表示已經(jīng)有了成立新黨的精神準備，再次引發(fā)黨內分裂隱憂。民主黨干事長小澤一郎盡管受到自身政治資金丑聞的困擾，但仍然對自民黨展開挖墻腳攻勢，成功勸說剛剛退出自民黨的參議員田村耕太郎加入民主黨，從而使民主黨和國民新黨的參議院聯(lián)合會派人數(shù)達到121人（參議院議長江田五月名義上脫黨，實際上民主黨和國民新黨參議院聯(lián)合會派在參議院內擁有122席），不需要社民黨的支持也能在參議院中獲得半數(shù)，大大改善了鳩山內閣在國會中的處境。不久后，剛剛退出自民黨的參議員吉村剛太郎也轉而加入國民新黨，自民黨在參議院的勢力更加削弱。而自民黨參議員、原科學技術政策擔當國務大臣松田巖夫也在小澤一郎的策動下，退出自民黨，并宣布在下屆參議院大選中引退，由其秘書以民主黨身份接替其選舉地盤參選參議員，再次給自民黨在參議院選舉中獲勝的希望帶來陰影。為了向民主黨施加壓力，自民黨決定退出國會審議，以迫使民主黨同意讓小澤一郎到國會接受質詢。但在民主黨不愿讓步的情況下，自民黨又不得不宣布返回國會進行審議，同時提出了對眾議院議長橫路孝弘的不信任案。但在表決不信任案時，除了民主黨、國民新黨、社民黨、日本新黨等執(zhí)政黨表示反對外，在野黨中只有自民黨一黨表示贊成，共產黨也支持民主黨對自民黨提出的不信任案表示反對，公明黨、眾人之黨等其他在野黨都表示棄權。自民黨在在野黨中空前孤立，自民黨執(zhí)行部的“退出國會審議戰(zhàn)術”徹底失敗，自民黨總務會對此也予以批評。為了顯示自民黨改革形象，自民黨政調會長石破茂建議取消自民黨內所有派系，卻遭到各派系會長的強烈反對，自民黨的改革形象再度被重挫。

    與此同時，自民黨內分崩離析的形勢加速發(fā)展。前厚生勞動相舛添要一公然要求谷垣禎一辭去自民黨總裁職務，并再次聲稱將成立新黨，和渡邊喜美的眾人之黨謀求合作。隨后，自民黨內實力派議員與謝野馨也公開發(fā)表文章，要求谷垣禎一辭去自民黨總裁職務，并稱若谷垣不辭職，自己將不得不準備成立新黨。谷垣禎一、大島理森、伊吹文明、川崎二郎、河野太郎、小泉進次郎等人隨后發(fā)言抨擊與謝野馨、舛添要一的言論，自民黨分裂的危機愈加明顯。3月10日，以與謝野馨為中心的，對自民黨執(zhí)行部持批評態(tài)度的議員組織“政治勉強會”召開會議，15名自民黨議員參加會議，并透露出集體退黨，以與謝野馨為首成立新黨的意向。3月13日，舛添要一再度要求谷垣禎一辭職，由自己擔任自民黨總裁，并說若不能成為總裁，則將聯(lián)合鳩山邦夫、中川秀直等人在參議院選舉前成立新黨。3月15日，鳩山邦夫宣布退出自民黨，從而開始了自民黨分裂的第一波。自民黨干事長代理園田博之也以對自民黨領導層不滿為由宣布辭職。次日，鳩山邦夫與與謝野馨舉行會談，與謝野馨公開表示對鳩山邦夫退黨表示欣賞，并表示自己還將與園田博之取得聯(lián)系。而鳩山邦夫則重申除了與與謝野馨合作外，還將與舛添要一和已經(jīng)退出自民黨的前經(jīng)濟產業(yè)相平沼赳夫進行合作，自民黨內“造反”勢力有合流之勢。

    進入4月，自民黨的頹勢愈加明顯。1日，日本醫(yī)師會進行會長改選，親民主黨的原中勝征擊敗已擔任兩屆會長，謀求第三次當選的唐澤祥人（親自民黨），當選日本醫(yī)師會會長。原中勝征一當選即宣布不再支持自民黨，改為支持民主黨，并撤回對日本醫(yī)師會曾任日本醫(yī)生會常任理事的自民黨參議員西島英利的競選支持，改為對代表民主黨出馬的安藤高夫進行支持。日本醫(yī)師會是自民黨最大的支持團體之一，其倒戈標志著自民黨的社會基礎已經(jīng)開始逐漸崩潰。同日，公明黨前任黨首神崎武法宣布辭去議員職務并引退。神崎武法是自民黨和公明黨聯(lián)合執(zhí)政時期的公明黨黨首，其引退削弱了公明黨內親自民黨勢力的力量，公明黨在參議院選后與民主黨聯(lián)合執(zhí)政的態(tài)勢愈加明顯。自民黨奪回政權的可能性也因此越來越小。與此同時，自民黨又曝出前所未有的特大丑聞，自民黨兩院議員總會會長若林正俊在參議院全體會議上，在鄰桌議員離開的情況下，居然擅自代他按了投票按鈕，引起黨內外的嚴厲批評，認為未經(jīng)允許代人投票是絕對不能容忍的行為，嚴重影響了議會制民主主義的根基，連自民黨干事長大島理森也認為這是嚴重違法議員道德。若林正俊在輿論壓力下被迫辭去參議員職務，并宣布引退，由其子繼承其地盤參選國會議員。自民黨因為若林正俊的丑聞再度遭到重創(chuàng)。若林正俊辭職同日，已經(jīng)退出自民黨的前經(jīng)濟產業(yè)相平沼赳夫宣布將在4月中旬組建新黨。3日，與謝野馨正式宣布退出自民黨，與平沼赳夫共同組建一個新黨。輿論普遍認為自民黨正在逐漸瓦解，受此影響，在4月初的民調中，雖然鳩山內閣支持率下跌到33%，但在參議員比例選區(qū)投票意向中，仍有26.3%人愿意支持民主黨，與上次民調持平，而愿意支持自民黨的僅有21.2%，反而下降了5.1個百分點。5日，園田博之也正式宣布退出自民黨。7日，中川義雄宣布退出自民黨。8日，自民黨資深議員藤井孝男也宣布退出自民黨。至此，自民黨在喪失政權后，已經(jīng)先后有7名參議員（田村耕太郎、長谷川大紋、山內俊夫、吉村剛太郎、松田巖夫、中川義雄、藤井孝男）、3名眾議員（鳩山邦夫、與謝野馨、園田博之）共10名國會議員退黨。

    2010年4月10日，平沼赳夫、與謝野馨、園田博之、藤井孝男、中川義雄5人宣布組成新黨“奮起日本”，東京都知事石原慎太郎參加該黨成立儀式以示支持，自民黨正式分裂。由于參加成立新黨的5名國會議員年齡都過大（平沼赳夫70歲，與謝野馨71歲，園田博之68歲，藤井孝男67歲，中川義雄72歲），因此被輿論譏諷為“一群老頑童在折騰”，新黨的成立并未得到輿論的歡迎，因而對民主黨的沖擊不大，反而對自民黨造成很大影響，自民黨總裁谷垣禎一怒斥新黨的成立削弱了自民黨的力量。新黨成立后，自民黨內的紛爭仍未平息，前總務大臣菅義偉以“黨三役沒有全部更換”為由公然拒絕擔任自民黨選舉對策本部代理本部長的任命，再次挑起了自民黨內部戰(zhàn)火。4月14日，前厚生勞動相舛添要一再次暗示自己將退黨，與大阪府知事橋下徹、宮崎縣知事東國原英夫等一起成立一個新黨，引起自民黨內部分議員的強烈不滿，紛紛要求對舛添要一進行處分。4月18日，以地方政府首腦或前首腦為主的“日本創(chuàng)新黨”也正式宣布成立，日本政壇又多一新黨。4月19日，大阪府知事橋下徹宣布成立“大阪維新會”，不少自民黨籍地方議員紛紛改換門庭加入該黨。同日，自民黨參議員小池正勝宣布退黨。22日，自民黨參議員舛添要一、矢野哲朗宣布退黨。至此，自民黨喪失政權后已經(jīng)有10名參議員、3名眾議員共13名國會議員退黨，顯示出總裁谷垣禎一等黨領導層的凝聚力進一步喪失。4月23日，舛添要一、矢野哲朗、小池正勝、渡邊秀央、荒井廣幸、山內俊夫6名參議員組成新政黨“新黨改革”。從4月10日至23日，不到半月，就有4個新政黨成立。眾多新黨紛紛成立，大大分散了對民主黨政府不滿人群的選票，民主黨干部認為新黨亂立將分散選票，有利于民主黨。而除了自民黨對新成立政黨橫加指責外，各新黨之間也展開了激烈的互相指責。眾人之黨黨首渡邊喜美便指責平沼赳夫的“奮起日本”是“第二自民黨”，舛添要一的“新黨改革”是“第三自民黨”，都沒有改革的新意，這兩個新黨的成立，只會讓民主黨獲益?！皧^起日本”參議院代表藤井孝男也諷刺“新黨改革”只靠舛添要一一個人的人氣，前途非常危險。而舛添要一在接受采訪時暗示，如果民主黨在參議院選舉中未獲得半數(shù)席位，他可能考慮“走惡魔的道路”，改變敵對民主黨的態(tài)度，與民主黨聯(lián)合執(zhí)政。除了舛添要一以外，公明黨、眾人之黨也很有可能在民主黨參議院選舉失敗后與民主黨合作執(zhí)政。如此，即使民主黨在參議院選舉中失敗，也可以拉攏其他政黨繼續(xù)執(zhí)政，自民黨推翻民主黨再度執(zhí)政的希望近乎渺茫。

    進入5月后，由于遷移沖繩美軍基地問題的影響，鳩山民望迅速下降。由于美國的強硬表態(tài)，鳩山不得不違背自己將沖繩美軍基地遷往國外起碼是沖繩縣外的承諾，與美國達成在沖繩縣內部遷移美軍基地的協(xié)議。社民黨黨首、消費者行政擔當相福島瑞穗因拒絕在在沖繩縣內部遷移美軍基地的內閣決定上簽字而被鳩山罷免（其也成為日本歷史上第五位被罷免的內閣成員，前四人分別為：1947年11月4日農林大臣平野力三因米價問題被首相片山哲罷免；1953年3月3日農林大臣廣川弘禪因缺席首相懲罰動議表決被首相吉田茂罷免；1986年9月9日，文部大臣藤尾正行因發(fā)表軍國主義言論被首相中曾根康弘罷免；2005年8月8日，農林大臣島村宜伸因拒絕在解散眾議院的內閣決定上簽字而被首相小泉純一郎罷免。另外還曾有8名內閣政務官被罷免的記錄，分別是：1953年3月2日，農林省政務次官松浦東介、厚生省政務次官越智茂因缺席首相懲罰動議表決被首相吉田茂罷免；2005年7月5日，法務副大臣滝実、環(huán)境大臣政務官能勢和子、厚生勞動副大臣衛(wèi)藤晟一、厚生勞動大臣政務官森岡正宏因反對郵政民營化改革而被首相小泉純一郎罷免；2005年8月8日，防衛(wèi)廳長官政務官柏村武昭因反對郵政民營化改革而被首相小泉純一郎罷免；2009年1月14日，內閣府大臣政務官松浪健太因在眾議院表決補充預算時棄權而被首相麻生太郎罷免），民主黨-國民新黨-社民黨三黨內閣瀕臨崩潰。5月30日，社民黨正式?jīng)Q定退出以民主黨為首的聯(lián)合政府。同日的民調也顯示，鳩山內閣支持率下降到了19.1%，首次跌破20%；51.2%的人認為鳩山應該為沖繩美軍基地遷移問題而引咎辭職，自民黨的支持率也首次超過民主黨。民主黨政權在7月參議院選舉中的前景就此岌岌可危。為了不使民主黨在參議員選舉中落敗，2010年6月2日，鳩山由紀夫宣布因沖繩美軍基地遷移問題及社民黨退出政府而引咎辭職，民主黨干事長小澤一郎也隨之宣布辭職，以挽救民主黨在參議院選舉中的選情。為了提升民主黨支持率，鳩山由紀夫和小澤一郎都刻意表現(xiàn)出與新黨首的選出無關的姿態(tài)，鳩山由紀夫甚至公開表示將在下屆大選中放棄競選連任眾議員，以減少對現(xiàn)任首相的影響。鳩山和小澤同時辭職這一舉措起到了明顯效果，對鳩山和小澤辭職給予好評的人有69%，民主黨支持率大幅從20%提升到了29%，希望民主黨在參議院大選中過半數(shù)的人達到40%，遠遠超過今年3月測得的33%的最高記錄，表示將在參議院比例選區(qū)投票支持民主黨的人從14%大幅上升到25%，民主黨的頹勢得到逆轉。