在說(shuō)我們實(shí)驗(yàn)室的工作之前，先撤虎皮做大旗講講著名的1989年的諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)。上世紀(jì)80年代初，University of Colorado的Thomas Cech和Yale的Sydney Altman分別發(fā)現(xiàn)四膜蟲(chóng)第一類內(nèi)含子和RNase P的RNA部分具有催化活性，從而證明了RNA不僅僅是DNA到蛋白質(zhì)的信號(hào)員，而且也可以像蛋白質(zhì)一樣催化化學(xué)反應(yīng)，并因此獲得了1989年的Nobel
化學(xué)獎(jiǎng)。一句話：RNA can do chemistry. 記得arabi學(xué)長(zhǎng)好像說(shuō)過(guò)，得諾貝爾獎(jiǎng)的工作好像是為人們打開(kāi)了一扇窗，一下子開(kāi)闊了人們的視野。用catalytic RNA這個(gè)工作來(lái)詮釋這句話簡(jiǎn)直再完美不過(guò)了。這個(gè)發(fā)現(xiàn)不僅僅改變了"酶"的定義，改變了人們對(duì)RNA的看法，更重要的是，它讓生命起源問(wèn)題突然變得豁然開(kāi)朗："生命的起源到底是DNA還是蛋
白質(zhì)呢？hoho，大概都不是，最有可能承擔(dān)這一任務(wù)的是RNA。"

然而，Dr. Greenberg教育我們說(shuō)，"What matters in science is not what canpossibly occur, but what actually does occur."RNA到底是不是生命的起源呢？幾億年前的事情我們很難找到直接的證據(jù)，但是，有幾件事可以支持RNA為生命起源這個(gè)假說(shuō)：一、如果我們能找到完全或者主要依賴RNA進(jìn)行生命活動(dòng)的生物；二、如果在現(xiàn)存生物的基因組里找到負(fù)責(zé)基本生命活動(dòng)的功能性RNA的"痕跡"；三、如果我們能夠從隨機(jī)RNA序列庫(kù)中篩選到能夠完成基本生命活動(dòng)的RNA序列。兩件事比較難，我了解的也不多，這里就不說(shuō)了。現(xiàn)在主要說(shuō)說(shuō)第三個(gè)。

30個(gè)堿基的RNA序列理論上就有10E8種，從這么多的隨機(jī)序列中找出具有特定功能的序列實(shí)非易事。人們當(dāng)然從最簡(jiǎn)單的事情做起。什么生物學(xué)功能最簡(jiǎn)單呢？--Binding! 如果對(duì)于任意給定的粒子（包括離子、生物小分子、寡肽、蛋白質(zhì)等），如果我們都能找出一個(gè)有相當(dāng)強(qiáng)親和性和特異性的RNA序列，那我們就向證明"RNA起源說(shuō)"邁出了一……小
步:-P 90年代初許多人用不同分子作為target篩選了和它們特異性結(jié)合的RNA分子，并把這種RNA叫做aptamer。比較著名的一個(gè)工作是90年我老板Andrew Ellington在Massachusetts General Hospital的J. Szostak實(shí)驗(yàn)室讀博后時(shí)發(fā)的一篇Nature，它們用幾種有機(jī)染料做靶分別篩選出了aptamer。緊接著，在Ellington和Szostak在92年又用相似的方法
篩選出了可以和靶分子特異性結(jié)合的單鏈DNA分子，從而證明了單鏈DNA也可以折疊成特殊的三維結(jié)構(gòu)，并暗示DNA可能也會(huì)具有催化活性。事實(shí)上現(xiàn)在人們已經(jīng)篩選出了多種具有崔化活性的DNA分子。

篩選Aptamer的方法叫做SELEX或in vitro selection，我前面的一篇帖子里有較詳細(xì)的介紹，簡(jiǎn)言之，就是mixing->incubate->separation->RT->PCR->transcription這樣一遍一遍地循環(huán)。但是aptamer本身并不是這么簡(jiǎn)單的事情，這里面有很多問(wèn)題。比如aptamer的三維結(jié)構(gòu)是什么樣子？它和靶分子到底是通過(guò)什么力結(jié)合的？Kd大概在什么范圍？親和性和特異性能否和抗體-抗原作用相比？特異性是如何實(shí)現(xiàn)的？是不是對(duì)任何分子都能篩選出與之結(jié)合的aptamer？帶負(fù)電的行不行？ ……近十幾年里許多研究回答了這些問(wèn)題。我就不想細(xì)說(shuō)了，大體說(shuō)來(lái)，aptamer和其他structural RNA一樣，三維結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，不像蛋白一樣有疏水內(nèi)核和親水表面，結(jié)構(gòu)比蛋白更加dynamic。在aptamer的折疊以及aptamer-ligand結(jié)合過(guò)程中，除了氫鍵，比較有特點(diǎn)的力是stacking（不僅是堿基之間，所有帶有π軌道的環(huán)狀平面分子之間都有可能形成stack）。一般來(lái)說(shuō)平面的、氫鍵供體和受體多的、帶正電的分子比較容易篩選出對(duì)應(yīng)的aptamer，得到的aptamer親和性也較強(qiáng)，但許多非平面的，帶負(fù)電的分子也能篩選出對(duì)應(yīng)的aptamer。Kd值從分布在pM級(jí)到uM級(jí)，比較typical的Kd在幾百nM左右，基本可以和抗體-抗原作用相比了。多數(shù)aptamer特異性也較高，比如茶堿的aptamer對(duì)茶堿的親和力是對(duì)咖啡因（比茶堿僅多一個(gè)甲基）親和力的10,000倍。

作為aptamer的發(fā)明人之一，我老板在當(dāng)老板之后做起了aptamer的應(yīng)用研究。雖然我們實(shí)驗(yàn)室方向比較雜，但aptamer的應(yīng)用還是最主要的方向。Aptamer有著很大的應(yīng)用前景，現(xiàn)在也有不少有趣的工作。比較容易想到的是作為抗體的替代品，做一些檢測(cè)和治療上的工作。比如做我旁邊的那個(gè)研究生在做aptamer芯片，用于蛋白組學(xué)研究。另外，許多和蛋白質(zhì)結(jié)合的aptamer會(huì)抑制靶蛋白的活性，比如thrombin aptamer的50%抑制濃度25nM。這提示aptamer可以作為蛋白抑制劑用于治療。我們實(shí)驗(yàn)室的另一個(gè)"拳頭項(xiàng)目"就是篩選、優(yōu)化、修飾（增強(qiáng)RNA在體內(nèi)的穩(wěn)定性）HIV中幾種重要蛋白的aptamer，據(jù)說(shuō)有一個(gè)還已經(jīng)FDA approved。除了作為藥物，aptamer還可以用于定向給藥。我在做的工作嘛……就是篩選和特定的糖結(jié)合的抗體，因?yàn)榧夹g(shù)上的原因，直接用糖作靶不太方便，所以我現(xiàn)在先用一個(gè)高度糖基化的蛋白--Mucin作靶來(lái)篩選。這個(gè)大項(xiàng)目的big picture還是挺宏偉的，如果我們能有很多針對(duì)各種單糖，以及各種常見(jiàn)結(jié)合方式的雙糖
、三糖的aptamer，將很大程度上擴(kuò)展現(xiàn)在的lectin技術(shù)。但這個(gè)項(xiàng)目我會(huì)做到哪里我也不清楚，因?yàn)樵谖覀儗?shí)驗(yàn)室每個(gè)人手頭都做三個(gè)項(xiàng)目，如果其中的某個(gè)項(xiàng)目進(jìn)展很慢或者實(shí)在沒(méi)興趣可以扔掉一個(gè)。其實(shí)現(xiàn)在做這個(gè)項(xiàng)目主要就是練SELEX的技術(shù)，學(xué)習(xí)一些principle。

下面介紹一下跟aptamer有關(guān)的一個(gè)比較有趣的東西，叫做Riboswitch。很多aptamer在沒(méi)有l(wèi)igand結(jié)合的時(shí)候是沒(méi)有穩(wěn)定的高級(jí)結(jié)構(gòu)的，但當(dāng)ligand存在時(shí)就會(huì)折疊成緊密的三級(jí)結(jié)構(gòu)。于是有人把某種小分子的aptamer插在E.coli mRNA的核糖體結(jié)合位點(diǎn)（Ribosome binding site, RBS） 和起始密碼子之間，當(dāng)小分子不存在時(shí)，核糖體能順利讀過(guò)aptamer區(qū)域，翻譯蛋白質(zhì)；但當(dāng)小分子存在時(shí)，apatmer區(qū)域緊密折疊。使得核糖體不能順利讀過(guò)，抑制了蛋白質(zhì)的翻譯。這是完全人工構(gòu)造的翻譯水平的調(diào)控模型。實(shí)際上有很多natural的riboswitch的例子，作用機(jī)理多種多樣，但大多出現(xiàn)在5'UTR，而且都是利用小分子與mRNA上aptamer區(qū)域的相互結(jié)合改變RNA結(jié)構(gòu)，從而調(diào)節(jié)翻譯或轉(zhuǎn)錄中止。Yale的Ronald Breaker就是因?yàn)榘l(fā)現(xiàn)了這些自然的riboswitch而揚(yáng)名利萬(wàn)，最近兩年風(fēng)光無(wú)限。我老板有一個(gè)rotation project，就是把ATP aptamer（可以區(qū)分ATP和ADP/AMP）構(gòu)造成riboswitch，后面接上報(bào)告基因，實(shí)時(shí)反映細(xì)胞內(nèi)的能荷。但好像還沒(méi)人愿意做這個(gè)項(xiàng)目。我正在醞釀中的一個(gè)project也是利用人工riboswitch來(lái)對(duì)一些蛋白進(jìn)行engineering，現(xiàn)在還在可行性驗(yàn)證階段，呵呵。

寫得比較亂哈？其實(shí)跟aptamer有關(guān)的有趣的工作還有好多，但大都屬于科學(xué)家（或者說(shuō)發(fā)明家）的靈光一閃，沒(méi)什么主線。如果把topic擴(kuò)展成"從隨機(jī)核酸/肽序列庫(kù)里篩選功能性序列"，那么故事就更多了。我了解的也主要是些皮毛，大家如果感興趣的話我可以現(xiàn)躉現(xiàn)賣，呵呵，我們實(shí)驗(yàn)室也還有其他的方向，比如上個(gè)月幾個(gè)本科生用E.coli給老板照相，并發(fā)在Nature上這件事就挺有意思。他們把cyanobacterium里感受紅光的phytochrome及其下游通路中的蛋白移植到用大腸桿菌里，接上LacZ"顯色"，把這樣的E.coli涂在平板上，平板就成了感光發(fā)色的"膠卷"。最近老板這張E.coli版大頭貼又入選了Nature的年度Gallery。也算是小風(fēng)光了一把，呵呵

嗯，越寫越亂了，先寫到這吧。大家有什么磚盡管拍，呵呵

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※ 來(lái)源:?飲水思源 bbs.sjtu.edu.cn?[FROM: 71.145.153.204]
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發(fā)信人: Biotechen(江米小棗?橡樹(shù)?津非昔比), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 多謝版主去除亂碼Re: 蒲慕明 神經(jīng)所2005年?..
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月12日12:59:54 星期一), 轉(zhuǎn)信

SELEX=Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment 也就是in vitro selection.是一個(gè)外延比較廣泛的技術(shù)，基本思想是先合成一段隨機(jī)核酸序列（flanked by determined sequences），然后用某種方法將具有某種活性的核酸和不具有該活性的核酸分離開(kāi)，然后擴(kuò)增具有活性的核酸，用同樣的方法進(jìn)行下一輪篩選。根據(jù)不同的目的，進(jìn)行幾輪到幾十輪的篩選，就能得到具有所需活性的序列。具體到轉(zhuǎn)錄因子這個(gè)問(wèn)題，就合成幾十個(gè)nt的隨機(jī)序列dsDNA pool. 將這個(gè)pool和轉(zhuǎn)錄因子一起incubate一段時(shí)間，然后過(guò)硝酸纖維膜，不和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的dsDNA就流過(guò)去了；和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的dsDNA被留在膜上。然后把膜上的DNA洗脫下來(lái)，PCR，繼續(xù)下一輪。當(dāng)DNA pool和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合比較強(qiáng)的時(shí)候，就建庫(kù)，測(cè)序。

呵呵，我現(xiàn)在正在做的就是這個(gè)東東。不過(guò)我是篩選和目標(biāo)蛋白bind的ssRNA，也就是所謂的aptamer。從開(kāi)學(xué)到現(xiàn)在做了10來(lái)個(gè)round還沒(méi)什么結(jié)合活性呢:-P
 
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發(fā)信人: redaiyu(熱帶魚), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月28日17:09:27 星期三)

頂一個(gè)，呵呵！

現(xiàn)在還對(duì)你們老板那個(gè)以病毒的滾輪復(fù)制機(jī)制為基礎(chǔ)的檢測(cè)方法記憶猶新，想象力不是一般的強(qiáng)。
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發(fā)信人: Biotechen(江米小棗?橡樹(shù)?津非昔比), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日07:38:23 星期四), 轉(zhuǎn)信

這個(gè)涉及到把a(bǔ)ptamer和核酶連起來(lái)構(gòu)造的allosteric-ribozyme。
我們實(shí)驗(yàn)室在嘗試用這個(gè)方法檢測(cè)靶分子，發(fā)過(guò)一篇NBT和一篇JACS，還算有趣，我晚上詳細(xì)寫寫。

其實(shí)搞生化技術(shù)的實(shí)驗(yàn)室發(fā)JACS是件無(wú)足掛齒的事。JACS上凈是些看起來(lái)很酷其實(shí)沒(méi)什么用的新技術(shù)。就連Nature Biotech和Nature Method上也有些這種文章。不過(guò)話又說(shuō)回來(lái)，和搞science一樣，有時(shí)搞出一種新技術(shù)時(shí)也說(shuō)不清這個(gè)技術(shù)有多重要。搞技術(shù)的另外一個(gè)郁悶之處在于，解決同一個(gè)問(wèn)題往往有很多種方法，你發(fā)明出來(lái)的技術(shù)可能就比別人的技術(shù)差一點(diǎn)點(diǎn)，或者貴一點(diǎn)點(diǎn)，時(shí)間一長(zhǎng)就會(huì)被市場(chǎng)的大浪淘沙給淘掉。就像DNA測(cè)序，生物系的本科生人人都知道Sanger，但知道Gilbert的人就少多了，能把化學(xué)測(cè)序法解釋出來(lái)的人就更少了?，F(xiàn)在搞超低成本快速測(cè)序的人也大有人在，但最后只要有一個(gè)人成功了，其他人的工作就都消失在歷史長(zhǎng)河中了。連得了諾貝爾獎(jiǎng)的Gilbert都免不了被忘卻，其他人就更甭說(shuō)了。
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發(fā)信人: aspirin(司馬不光), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日03:04:55 星期四), 站內(nèi)信件

問(wèn)兩個(gè)問(wèn)題。
第一個(gè)，aptamer是RNA，那么它會(huì)不會(huì)很容易降解掉？
這個(gè)對(duì)于它的應(yīng)用是不是一個(gè)比較大的限制？
你提到的修飾能在多大程度上緩解這個(gè)問(wèn)題？
第二個(gè)，怎么把a(bǔ)ptamer連到RBS上面？
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發(fā)信人: Biotechen(江米小棗?橡樹(shù)?津非昔比), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日07:06:25 星期四), 站內(nèi)信件

第一個(gè)問(wèn)題很重要，現(xiàn)在有很多人都在做這方面的工作，也有些很有趣的解決方案。
在談解決方案之前先談一下問(wèn)題的本質(zhì)。RNA本身是很穩(wěn)定的東西，在體內(nèi)和體外被降解RNase的作用，而RNase又偏偏普遍存在，所以才顯得RNA不穩(wěn)定。那么RNA是如何被降解的呢？以RNase A為例，RNase A的一個(gè)His把位于RNA切割位點(diǎn)5'處的核苷酸的2'-OH上的H+搶過(guò)來(lái)，使得2'-O變成一個(gè)很強(qiáng)的親核試劑，2'-O再親核進(jìn)攻3'位上的P，取代掉磷酸二酯鍵上連著 下一個(gè)核苷酸的氧，形成2',3'-cyclic phospate（環(huán)磷酸），這樣RNA鏈就斷了。隨后，RNase A再讓一個(gè)水分子的O進(jìn)攻2',3'環(huán)磷酸上的磷，把2'-OP鍵取代下來(lái)，形成2'-OH和3'-OPi

可以看出2'-OH是RNA降解的罪魁禍?zhǔn)?。如果?'-OH改成別的基團(tuán)，RNA降解就會(huì)被緩解很多。有報(bào)道稱2'-F或者2'-氨基修飾的aptamer（每個(gè)核苷酸都修飾，不是末端修飾）在血清中的半衰期長(zhǎng)達(dá)80h，已經(jīng)足夠穩(wěn)定了。為什么選這兩種修飾呢？ 因?yàn)門7 RNA 聚合酶和AMV反轉(zhuǎn)錄酶可以分別以這兩種修飾的核苷酸和RNA為底物進(jìn)行轉(zhuǎn)錄和反轉(zhuǎn)錄，因此可以用修飾的核苷酸來(lái)進(jìn)行SELEX。另外，2'位的修飾不僅增加了RNA的穩(wěn)定性，而且改變了RNA參與化學(xué)反應(yīng)的能力，所以利用修飾的核苷酸也許能篩選出用正常核苷酸篩選不出的功能性RNA。去年我們實(shí)驗(yàn)室又用進(jìn)化的方法將T7 RNA聚合酶進(jìn)行改造，使其能有利用2'-甲氧基修飾的核苷酸進(jìn)行轉(zhuǎn)錄。

另外解決方案非常有趣……聽(tīng)好了啊:-P 生物體中的DNA或RNA都是D構(gòu)型的，合成蛋白質(zhì)用的氨基酸都是L構(gòu)型的。對(duì)于一個(gè)靶肽，我們先用D構(gòu)型的氨基酸去合成它（化學(xué)合成，所以靶肽不能太長(zhǎng)），然后用正常的（D）DNA或RNA去篩選aptamer，得到序列以后，用L-DNA/RNA去合成aptamer。這種L-aptamer可以結(jié)正常的（L）靶肽，但不會(huì)被任何
DNase/RNase識(shí)別。實(shí)驗(yàn)證明將L-DNA aptamer放在血清中呆幾天都觀察不到降解。hoho cool吧？

第二個(gè)問(wèn)題是我原文中沒(méi)講清楚，實(shí)際就是在DNA水平上把a(bǔ)ptamer的序列插在基因的5'UTR上，在質(zhì)粒上做，呵呵
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發(fā)信人: Biotechen(江米小棗?橡樹(shù)?津非昔比), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日07:18:56 星期四), 轉(zhuǎn)信

謝謝師兄鼓勵(lì)^_^
看來(lái)我撤虎皮做大旗的策略運(yùn)用得不錯(cuò):-P

至于解決HIV的問(wèn)題，用aptamer能不能最終奏效現(xiàn)在還不得而知。最主要的一個(gè)問(wèn)題仍然是HIV的變異太快，我們實(shí)驗(yàn)室有人正在篩選不同株HIV的某個(gè)蛋白的aptamer，并且想看看有沒(méi)有哪個(gè)aptamer能識(shí)別多種變異的該蛋白。另外，現(xiàn)在把a(bǔ)ptamer用作藥物的研究，主要是把a(bǔ)ptamer作為細(xì)胞外蛋白的抑制劑，因?yàn)镈NA/RNA跨膜還是個(gè)挺麻煩的事。另外細(xì)胞內(nèi)有這么多參與RNA代謝的machinery，就算不降解你，“貼著你讓你干不了活”也夠你受的了。所以么……還有很長(zhǎng)的路要走呢
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發(fā)信人: aspirin(司馬不光), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日07:32:30 星期四), 站內(nèi)信件

RNA容易被水解是因?yàn)?'羥基，
所以修飾是一個(gè)不錯(cuò)的解決方法，
但是為什么不直接用DNA呢？

呵呵，第二種解決方法確實(shí)構(gòu)思非常巧妙，佩服想到這個(gè)主意的人，
可惜的是如果想推廣到多肽以外的其他靶物質(zhì)會(huì)比較困難。
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發(fā)信人: Biotechen(江米小棗?橡樹(shù)?津非昔比), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日07:43:53 星期四), 站內(nèi)信件

1, 用DNA的，很多人都在用，我們也在用。
2, 理論上任何靶分子都可以這樣做，有手性的就把手性反過(guò)來(lái)，沒(méi)手性的就直接篩。
其實(shí)這個(gè)方法最大的缺陷是，成本太高，呵呵
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發(fā)信人: aspirin(司馬不光), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日14:10:35 星期四), 站內(nèi)信件

那么再往深了問(wèn)一步。
DNA加上你提到的那兩種修飾，一共有三種了，
各有啥有缺點(diǎn)，簡(jiǎn)單說(shuō)說(shuō)吧。
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發(fā)信人: Biotechen(江米小棗?橡樹(shù)?津非昔比), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日15:08:20 星期四), 站內(nèi)信件

我還沒(méi)細(xì)看過(guò)相關(guān)的原始文獻(xiàn)，但從我現(xiàn)在的知識(shí)來(lái)看，要考慮這么幾方面。
首先就是成本，DNA無(wú)疑是最有優(yōu)勢(shì)的。
第二是和抗降解程度，
具體的數(shù)據(jù)我沒(méi)有，不過(guò)對(duì)于特定某種應(yīng)用來(lái)說(shuō)，只要達(dá)到一定的要求就可以了。
第三，修飾基團(tuán)的化學(xué)性質(zhì)會(huì)影響aptamer
的結(jié)構(gòu)和篩選過(guò)程。比如氨基修飾就可以使RNA多了很多氫鍵供體，這一點(diǎn)就是DNA所不具備的。但是這些氫鍵供體到底“有沒(méi)有用”恐怕不那么容易說(shuō)清。另外對(duì)DNA來(lái)說(shuō)，除它了缺少2'-OH以外，脫氧核糖的構(gòu)象和脫氧核糖的構(gòu)象也不一樣（分別是C2-endo和C3-endo）。所以不同修飾的核苷酸也好，DNA也好，都是一套四個(gè)結(jié)構(gòu)不同的元件。至于
哪套最好，我覺(jué)得很難說(shuō)清楚，case by case，呵呵。畢竟這是個(gè)充滿“隨機(jī)”的過(guò)程。
為防止誤解再說(shuō)明一下，修飾的aptamer不是按照篩選好的常規(guī)RNA aptamer的序列，用修飾的核苷酸合成（這樣aptamer的結(jié)構(gòu)就變了）；而是在篩選的過(guò)程中一直使用修飾的核苷酸。因此我覺(jué)得很有可能對(duì)于不同
的靶分子，用某一種修飾的核苷酸更容易得到親和性、特異性較強(qiáng)的aptamer。

P.S.
C2-endo：C2在C1, C4, O組成的平面的上方（和C5同側(cè)），C3在此平面下方。
C3-endo：C3在上述平面上方，C2在下方。
看下面這個(gè)圖就清楚了
 
發(fā)信人: bacbac(bac), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月29日22:32:25 星期四)

上次實(shí)驗(yàn)室看BOOK CHAPTER 我正好輪到一章里面簡(jiǎn)單地提到HIV，所以想問(wèn)的仔細(xì)些。
變異問(wèn)題大是指哪部分變異（據(jù)我所知應(yīng)該在蛋白水平）？5'轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物有個(gè)叫TAR的RNA序列以及和TAR結(jié)合的蛋白Tat變異也很大么？如果能在開(kāi)始就設(shè)計(jì)aptamer把HIV的轉(zhuǎn)錄抑制住不是不用過(guò)多考慮后面的序列變異情況了么？（先不考慮是不是能穿核膜這些東西）

HIV的情況不太清楚，非常希望你或大伙有誰(shuí)知道一些HIV的情況的化能在版上聊聊
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發(fā)信人: aspirin(司馬不光), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月30日01:26:14 星期五), 轉(zhuǎn)信

呵呵，我不是很了解HIV。
我覺(jué)得如果要抑制轉(zhuǎn)錄比較困難，
因?yàn)楹茈y專一性抑制HIV基因，而不抑制宿主基因。
或者如果能只抑制被HIV感染的T細(xì)胞的基因轉(zhuǎn)錄也行，
可是這個(gè)也比較困難。
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發(fā)信人: Biotechen(江米小棗?橡樹(shù)?津非昔比), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月30日02:56:40 星期五), 轉(zhuǎn)信

我就知道一點(diǎn)點(diǎn)，隨便說(shuō)說(shuō)
現(xiàn)在有些HIV藥物是HIV反轉(zhuǎn)錄酶的抑制劑（比如一個(gè)叫AZT的藥物），反轉(zhuǎn)錄酶人類是沒(méi)有的，所以理論上這是一個(gè)好靶點(diǎn)。
但有趣的是幾乎所有HIV反轉(zhuǎn)錄酶的抑制劑都會(huì)抑制線粒體DNA聚合酶。而且對(duì)HIV反轉(zhuǎn)錄酶抑制效果越強(qiáng)的藥，對(duì)線粒體DNA聚合酶的抑制效果也越強(qiáng)。
這是聽(tīng)seminar聽(tīng)來(lái)的，呵呵，具體的我也不清楚
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發(fā)信人: aspirin(司馬不光), 信區(qū): biology
標(biāo)  題: Re: 說(shuō)說(shuō)我實(shí)驗(yàn)室的研究：Aptamer及其他
發(fā)信站: 飲水思源 (2005年12月31日04:07:05 星期六), 轉(zhuǎn)信

是這樣的，我在大三上的時(shí)候聽(tīng)過(guò)一個(gè)現(xiàn)在在荷蘭研究病毒的交大校友的講座，
他特別提到了抗HIV的藥對(duì)于線粒體有害，不過(guò)我不記得是逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑了，
也不記得是對(duì)線粒體DNA聚合酶有抑制作用。
當(dāng)時(shí)他提出的解釋就是線粒體的內(nèi)共生起源，具體的我也記不清了。