Categorized | 生物信息學(xué)
Tags | GenBank, NCBI, 下載序列, 生物信息軟件如何在NCBI批量下載GenBank序列

GenBank的序列很多，有時我們需要批量下載。這里介紹幾種辦法，如何從NCBI批量下載GenBank序列。有不對的地方，歡迎指正。

批量下載前須知
批量下載前，我們必須先清楚，下載大量的數(shù)據(jù)，對服務(wù)器是一種非常大的挑戰(zhàn)。對網(wǎng)絡(luò)也是一種大的挑戰(zhàn)。NCBI的數(shù)據(jù)都是免費提供下載的，所以你要清楚，盡量不要使用多線程的工具下載，因為你的IP有可能給封；不要太頻繁的大批量下載，中間要有間隔（即使是幾秒）；
1，用NCBI提供的FTP下載
NCBI的FTP地址是：ftp.ncbi.。打開后里面有個genbank的目錄，里面存放的是所有GenBank的序列和Accession的索引。對里面的格式不明白？沒關(guān)系，先看看說明文檔：ftp.ncbi./genbank/README.genbank

如果要下載現(xiàn)在的Blast庫，打開blast目錄。

如果要下載基因組序列，進(jìn)入genomes目錄。

全部的目錄：

ncftp / > ls
1000genomes/        dbgap/              genomes/            pubchem/            repository/         sra0/
asn1-converters@    entrez/             hapmap/             pubmed/             sequin/             sra1/
blast/              fa2htgs/            mmdb/               ramdisk/            sky-cgh/            tech-reports/
cgap/               genbank/            ncbi-asn1/          README.ftp          snp/                toolbox/
cn3d/               gene/               pub/                RefSeq/             sra/                tpa/2，用NCBI的工具Batch Entrez批量下載序列
Batch Entrez網(wǎng)址：http://www.ncbi.nlm./sites/batchentrez

用這個工具，要求你有一個文件，里面是一個列表，可以是Accession Number，Gi Number，或是NCBI里其它數(shù)據(jù)庫的各種標(biāo)識符。文件的格式看例子：example.txt

3，用柳城博客提供的批量下載序列的工具
 中文Entrez序列查詢工具：http://www./entrez/

這個工具單個序列的下載也是沒問題的。里面也有詳情的說明了。這里不再解釋。

還有其它的方法？？請留言。！

本文詳細(xì)出處參考：http:///942/