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一：安裝基本的Bioconductor組件
在BioC的官方網(wǎng)站上，存放著Bioc包的安裝腳本，biocLite.R,
每次需要安裝BioC的包之前，我們運行該腳本。source是運行代碼腳本的命令，可以是本地文件，可以是網(wǎng)絡(luò)上的文件。需要你有流暢的網(wǎng)絡(luò)鏈接
source(“http:///biocLite.R”)
biocLite()
biocLite()是安裝函數(shù)，相當(dāng)于R中的常用的install.package命令，如果不傳遞需要安裝的包的名稱，那么則安裝如下的組建。
affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate,
Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter,
geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest,
vsn, 和 xtable. 在下載和安裝完成之后，會打印 “Installation complete” 和
TRUE.
同時biocLite()也有其他的參數(shù)，控制安裝。
pkgs
字符，指定需要安裝的包
destdir
文件系統(tǒng)路徑
lib
安裝包的庫
二：安裝額外的包
除了一種所描述的默認(rèn)安裝的包之外，R和Bioc有非常多的其他的包供安裝，bioc包的分類參見[color=rgb(26,
129, 194)]BiocViews，
假設(shè)我們需要安裝一個名為EBImage的包
source(“http:///biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)
可以同時安裝多個包
biocLite(c(“pkg1″,”pkg2″))
三：升級安裝的包
Bioc的包尤其是那些開發(fā)版本的包，升級的非常頻繁，如果需要同步更新的代碼，需要升級。打開新的R。運行
source(“http:///biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())
升級所有已經(jīng)安裝的包，運行
source(“http:///biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(),
ask=FALSE)
請閱讀update.packages的幫助文檔，獲得更多的信息。極少的情況下，需要重新編譯bioc的包，為了兼容C或者Fortran,
一個方法就是輸入并且運行
source(“http:///biocLite.R”)
pkgs <-
rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)
這將重新安裝所有目前的已安裝包，大家需要注意，可能對帶寬要求極高。一般不建議進(jìn)行。
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