本文的操作是在VMD 1.8.6中進(jìn)行。

想作出下面的圖嗎？

想讓體系中的原子在每一幀都可以按某一屬性（能量、位移、破壞程度等等）進(jìn)行著色嗎？

那就閱讀本文吧！

只要是對(duì)原子根據(jù)某一數(shù)值進(jìn)行著色，本文的方法都可以實(shí)現(xiàn)，對(duì)單幀或多幀都適用。

 一、準(zhǔn)備數(shù)據(jù)文件

1、首先是需要用來(lái)著色的軌跡文件，單幀或多幀的都行，文件名為dump.pdb

這里要說(shuō)明一下：文件名的后綴必須是VMD能識(shí)別的，建議使用pdb格式或xyz格式的（VMD默認(rèn)就能打開(kāi)的格式），后面會(huì)解釋為什么。

得到pdb格式或xyz格式的方法：

打開(kāi)VMD，成功導(dǎo)入軌跡文件或分子文件，VMD main窗口，fileàsave coordinates

Selected atoms 選擇 all；File type選擇 pdb,或xyz。Frames下面用默認(rèn)的就行。

格式轉(zhuǎn)換后的文件存在VMD的安裝主目錄下（我的是C:\Program Files\University of Illinois\VMD）。

2、其次為用于給原子著色的數(shù)據(jù)文件，就是想讓原子按哪些數(shù)值顯示顏色，命名為user.data

數(shù)據(jù)文件的名字無(wú)所謂，但其格式有要求，數(shù)據(jù)文件里的數(shù)值只有單一的一列，而且從第一個(gè)值到最后一個(gè)值必須與軌跡文件中的原子一一對(duì)應(yīng)，數(shù)值之間不能空行，例如：

dump文件的數(shù)據(jù)如下:

ITEM: TIMESTEP

0

ITEM: NUMBER OF ATOMS

20514

ITEM: BOX BOUNDS

-0.0001 0.8001

-0.0501 0.2001

-0.1001 0.1001

ITEM: ATOMS

1 Si 0.000124969 0.00039968 0.0004995

2 Si 0.0126218 0.00039968 0.0004995

3 Si 0.0251187 0.00039968 0.0004995

4 O 0.0376156 0.00039968 0.0004995

5 O 0.0501125 0.00039968 0.0004995

6 O 0.0626093 0.00039968 0.0004995

7 O 0.0751062 0.00039968 0.0004995

8 O 0.0876031 0.00039968 0.0004995

9 O 0.1001 0.00039968 0.0004995

10 Si 0.112597 0.00039968 0.0004995

…

…

那么user.data的格式為：

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

…

…

user.data文件里的數(shù)據(jù)10、20、30、40、50、60、70、80、90、100分別對(duì)應(yīng)給原子Si、Si、Si、O、O、O、O、O、O、Si

用于著色的數(shù)值如果是在dump文件中一同輸出的，可以使用Linux下的awk, grep等命令提取出來(lái)，這個(gè)自己處理。

 二、tcl腳本操作

1、將上面的軌跡文件dump.pdb和用于著色的數(shù)據(jù)文件user.data拷貝到VMD的安裝主目錄下（C:\Program Files\University of Illinois\VMD），因?yàn)檫@個(gè)是VMD的tk 控制臺(tái)工作的默認(rèn)目錄。

2、進(jìn)入tk控制臺(tái)

VMD Mainà Extensionsà TK Console

3、載入tcl腳本

腳本內(nèi)容：

set file dump.pdb        #設(shè)置file變量為軌跡文件dump.pdb

mol new $file waitfor all           #導(dǎo)入file指向的分子文件，并等待直到導(dǎo)入所有原子

set numframes [molinfo top get numframes]   #設(shè)置numframes變量為計(jì)算分子幀數(shù)的值

set numatoms [molinfo top get numatoms]   #設(shè)置numatoms變量為計(jì)算分子中原子的個(gè)數(shù)

set sel [atomselect top all]     #設(shè)置sel變量為分子編號(hào)為top的值，這個(gè)就不用管了

set fp [open "user.data" r]     #設(shè)置fp變量為讀入數(shù)據(jù)文件user.data

#下面開(kāi)始處理循環(huán)

for {set i 0} {$i<$numframes} {incr i} {            #從0幀開(kāi)始循環(huán)

$sel frame $i

set ulist ""          #建立名字為ulist的表，表為空

puts "setting user values for frame [$sel frame].."  #輸出處理到哪一幀，便于查錯(cuò)

for {set j 0} {$j<$numatoms} {incr j} {             #循環(huán)每一個(gè)原子

animate goto $i               #轉(zhuǎn)到第i幀，這個(gè)不用管了

gets $fp line                 #從fp變量中讀入一行值，就是讀入user.data的一個(gè)值

lappend ulist $line            #將該值放入表ulist中

}                         #內(nèi)循環(huán)結(jié)束

$sel set user $ulist           #對(duì)所有原子使用表中的值作為user域

}                         #外部循環(huán)結(jié)束

$sel delete             #結(jié)束，刪除sel變量

有兩種方法載入腳本

（1）手動(dòng)輸入腳本

如果是從VMD main 的file中導(dǎo)入的軌跡文件，那么腳本就從第三行輸入，每輸一行按一下確認(rèn)，操作下去。因?yàn)槭鞘謩?dòng)導(dǎo)入的軌跡，就不需要將軌跡文件放到主目錄下，對(duì)軌跡文件的格式也沒(méi)特別要求了，只需成功導(dǎo)入完畢就行。但user.data一定要放到主目錄下。

（2）自動(dòng)完成

由于是自動(dòng)導(dǎo)入并處理的，所以要求軌跡文件格式為VMD的默認(rèn)格式，否則不能正常進(jìn)行下去。如果你不確定是不是默認(rèn)的格式，就按前面的方法轉(zhuǎn)換成pdb格式或xyz格式文件。根據(jù)你的文件名和格式修改一下腳本內(nèi)容，軌跡文件名替換腳本中的”dump.pdb”關(guān)鍵字，數(shù)據(jù)文件名替換”user.data”關(guān)鍵字.

將修改好的腳本文件也一同拷貝到VMD主目錄下，腳本文件名為user.tcl，然后在tk console中輸入

source user.tcl                  #導(dǎo)入user.tcl腳本 

按下Enter鍵就OK了。

這個(gè)時(shí)候雖然處理完了，還需要VMD窗口調(diào)整顯示才能最終完成，請(qǐng)看下面的。

三、顏色的顯示

這一步也非常重要！請(qǐng)仔細(xì)閱讀：

在VMD Main中，GraphicsàRepresentations

在Draw style 欄中，Coloring Method選擇“user”，如下圖：

在Trajectory欄中，勾選“update color every frame”

Color Scale Data Range中的數(shù)值表示的是著色數(shù)值范圍，如果默認(rèn)的最大值和最小值不是user.data中的最大值和最小值，可以手動(dòng)輸入按下”set”即可，一般設(shè)置為user.data文件中的最大值和最小值。

顯示的顏色可以在VMD Mainà GraphicsàColoràColor scale中調(diào)整。

完成這個(gè)著色后，就可以通過(guò)create Rap 隨意做其它顯示了.