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小林子經(jīng)常說，他聽人說只要看完一篇文獻的摘要就算是看過一篇文獻了。好吧，如果真的是這樣……那該有多好呢！整個SCI的世界，就變得一片祥和。說到這里，如果你還是有這樣的想法，我覺得你可能沒必要看我今天這篇思（hú）維（shuō）縝（bā）密（dào）的文獻導(dǎo)讀了。 這是一篇Cell的文獻，看得我那個累啊。前前后后耗時估計有一個月，當(dāng)然真正加在一起看的時間有兩天。不是因為邏輯有多復(fù)雜，是因為越是深入看越是不了解講了什么玩意。文章的題目叫做：RNA Exosome-Regulated Long Non-Coding RNA Transcription Controls Super-Enhancer Activity，發(fā)表在Cell上。 為啥會看這篇呢？因為我英文不好唄…… 剛開始我只是想隨便搜一篇Cell上的外泌體的文獻看看，于是一看，很好！RNA外泌體，還有l(wèi)ncRNA還轉(zhuǎn)錄調(diào)控。有必要看一下。但打開就發(fā)現(xiàn)自己傻了，跟外泌體沒有毛線關(guān)系。這玩意雖然是“Exosome”，但其實應(yīng)該叫做“RNA外切體”。只能怪自己英文不好唄！ 有人不是吹牛說看完摘要就算是看完一篇CNS了么？那我就試試看哈。 看完這篇的摘要，在我的內(nèi)心只出現(xiàn)了兩個問題：1）這特么是啥？2）這特么又是啥？ 那該怎么辦呢？只能老老實實看文獻了。剛開始倒是難度不大的，他們做了一種Cre/LoxP的構(gòu)建，大概就是這樣的： 雖然人家就是做一個誘導(dǎo)的敲除，但就是要做得這么講究！ps：光看摘要能知道這些的話，我也真的是服了。 敲除的這兩個基因，都是RNA外切體的組件核心。那問題又來了，啥是RNA外切體？ 簡單點說就是能把RNA從3'>5'降解的一個玩意，一般是降解沒有終止子，或者轉(zhuǎn)錄出問題的mRNA。 當(dāng)然，我們接著看吧，他們做了個測序分析。發(fā)現(xiàn)敲除RNA外切體后，lncRNA表達量顯著升高。由于TSS-aRNA是RNA外切體的底物，于是同樣的發(fā)現(xiàn)TSS-aRNA表達也升高了。呃，啥是TSS-aRNA？就是結(jié)合在轉(zhuǎn)錄起始位點附近的lncRNA。于是我發(fā)現(xiàn)，lncRNA什么的真心是亂七八糟的多，只要有DNA序列，就能很草率地轉(zhuǎn)錄出來一個什么lncRNA。 接著經(jīng)過了測序，發(fā)現(xiàn)，除了常見的TSS-aRNA之外，還有大量的eRNA是RNA外切體的底物。 文獻上說，eRNA是外切體敏感的，呃，等等，eRNA又是蝦米挖糕啊？好吧，繼續(xù)查文獻，Enhancer RNAs and regulated transcriptional programs，Enhancer RNA也就是eRNA，是一種在基因的enhancer區(qū)域雙向表達的一種lncRNA，可以對基因進行順式或者反式的調(diào)控。反正就是特別草率地轉(zhuǎn)錄出來一堆東西…… 好吧，這篇文獻講的就是enhancer RNA。接著就要稍微講一下機制了，因為他們發(fā)現(xiàn)，敲除RNA外切體后，高表達的這些eRNA也好，lncRNA也好，其實都屬于RNA外切體的底物。這些底物過表達附近都會形成DNA的結(jié)構(gòu)變化，也就是形成R-loop環(huán)。次奧，啥是R-loop？摘要里咋啥都沒說?。?！R-loop其實指的是RNA和DNA形成雜交后，產(chǎn)生了DNA的突起： 于是他們研究了一下這些高表達的enhancer RNA確實會影響到周邊DNA以及染色體的變化。 接著他們發(fā)現(xiàn)，這些eRNA所在的位置，很有可能是一種super Enhancer，他們做了個CRISPR敲減了作為RNA外切體底物的eRNA高表達，導(dǎo)致了下游基因的一個低表達，然后他們分析了一下這樣的RNA外切體底物的eRNA序列和后邊的TSS的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)還是有大量相關(guān)的，雖然距離不一定，但確實有關(guān)。 接著實際是文章的關(guān)鍵，既然研究的是B細胞，那應(yīng)該分析一下免疫球蛋白吧，于是研究了和IgH相關(guān)的eRNA和TSS-RNA。首先是這兩者都收到了RNA外切體調(diào)控，接著，這兩個區(qū)域的eRNA和lncRNA，可以調(diào)節(jié)CSR。
夠了，啥又是CSR？呃，其實就是各種免疫球蛋白的同種系轉(zhuǎn)化，這個是免疫學(xué)相關(guān)的內(nèi)容，更加復(fù)雜，反正摘要里是看不懂的。同一物種所有個體免疫球蛋白分子所共有的抗原特異性標志，存在于Ig的C區(qū)。通過3'RR區(qū)，可以進行調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)化，大概就是這么個意思，不要在意這些細節(jié)了。于是他們產(chǎn)生了一個這樣的模式圖：
RNA外切體可能是通過降解掉那些eRNA之類的lncRNA底物，促進了Super Enhancer結(jié)合到TSS位置，調(diào)控基因表達的。 看完這篇真心是累啊……為啥累？我給你舉個例子，這篇文獻里的lengend很省事：
看完圖，我真心一頭霧水，前后矛盾……要哭了……大家自己去體會吧，不過還是要說一句，尼瑪看摘要真的不靠譜…… …華麗麗的分割線… 李莫愁博士：這篇文章其實結(jié)構(gòu)并不是特別復(fù)雜，也是有主線劇情的：
雖然文獻一頭霧水，但是要是理清楚思路的話，應(yīng)該還是能看懂的。當(dāng)然還有一點很重要，因為文獻中不可能都是你很熟悉的名詞，或者一些機制，所以光是看摘要，我們能獲得的信息還是很少的，這就需要我們在閱讀文獻的過程中不斷地查詢相關(guān)文獻，才能了解他們做的到底是什么。好啦，今天就策到這里吧。 最近萬事屋有兩個殘疾人，一個斷了手，一個瞎了眼，斷手的故事告訴我們胖子肉多能保護骨頭是不科學(xué)的，瞎眼的故事，你以為是校對書稿看多了電腦么？太小看我深邃的靈魂了，瞎眼的故事告訴們給腳丫子涂完達克寧不要急著揉眼睛。但是我們輕傷不下火線，依然勤勞地工作著.....此次應(yīng)該有掌聲....能再勤勞一點么？當(dāng)然能，萬事屋最近要開分子生物學(xué)培訓(xùn)班啦，11月19-22日和11月26-29日兩期（具體詳情這里）。還能再勤勞一點么？當(dāng)然能，吉凱家（慢病毒那家）在萬事屋送東西（具體詳情點擊這里）。能再勤勞一點么？.....大叔大媽，饒了我們倆吧。 |
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