根據(jù)生態(tài)城建設(shè)與運營實際情況，為滿足不同乘客的乘車需求，自2016年1月1日起，將優(yōu)化調(diào)整生態(tài)城1-4號線，調(diào)整后的運行方案如下：

1號線共設(shè)車站19個，分別為: 永定洲、鯤璽園、和暢園、季景華庭、科技園、美林園、第三社區(qū)中心、和意路口、濱海小外中學(xué)部、濱海小外小學(xué)二部、中生大道、服務(wù)中心、商業(yè)街、艾毅雙語國際學(xué)校、中津大道、健身中心、濱海小外小學(xué)一部、文化公園、永定洲。

1號線高峰時段(7:00-9:00、16:00-18:30)行車間隔8分鐘，平峰時段行車間隔12-16分鐘，永定洲站首班車6:30、末班車20:30。

2號線高峰時段8:20-9:00、15:40-16:20、17:00-17:40行車間隔10分鐘，平峰時段行車間隔20分鐘，永定洲站首班車7:00、末班車19:30，建設(shè)公寓站首班車7:30、末班車20:00。

3號線共設(shè)車站22個，分別為：歡樂水魔方(暑期開通)、國地稅、濱旅產(chǎn)業(yè)園、歐風(fēng)國際商業(yè)街、碧桂園濱海城、美林園、家和園、中生大道、水處理中心、方特歡樂世界、方特公寓、中生大道、家和園、美林園、航母主題公園、航母園區(qū)公交站、航母主題公園、漢蔡路、藍白領(lǐng)公寓、漁港投資服務(wù)中心、鯉魚門、中心漁港海灣五道。歡樂水魔方站(暑期開通)/國地稅站首班車9:00、末班車18:00，9:00-15:00行車間隔60分鐘。中心漁港海灣五道站首班車10:10、末班車19:10，10:10-16:10行車間隔60分鐘。

3號線區(qū)間專線(歡樂水魔方(暑期開通)/國地稅—方特歡樂世界—歡樂水魔方(暑期開通)/國地稅)，共設(shè)車站17個，分別為：歡樂水魔方(暑期開通)/國地稅、濱旅產(chǎn)業(yè)園、歐風(fēng)國際商業(yè)街、碧桂園濱海城、美林園、家和園、中生大道、水處理中心、方特歡樂世界、方特公寓、中生大道、家和園、美林園、碧桂園濱海城、歐風(fēng)國際商業(yè)街、濱旅產(chǎn)業(yè)園、歡樂水魔方(暑期開通)/國地稅。該線僅運行8:00和17:00兩個車次。

3號線區(qū)間專線(歡樂水魔方(暑期開通)/國地稅—中心漁港海灣五道)，共設(shè)車站12個，分別為：歡樂水魔方(暑期開通)/國地稅、濱旅產(chǎn)業(yè)園、歐風(fēng)國際商業(yè)街、碧桂園濱海城、航母主題公園、航母園區(qū)公交站、航母主題公園、漢蔡路、藍白領(lǐng)公寓、漁港投資服務(wù)中心、鯉魚門、中心漁港海灣五道。國地稅至中心漁港海灣五道方向僅運行8:00和16:30兩個車次；中心漁港海灣五道至國地稅方向僅運行8:40和17:10兩個車次。

4號線共設(shè)車站19個，分別為：國地稅、濱旅產(chǎn)業(yè)園、歐風(fēng)國際商業(yè)街、碧桂園濱海城、美林園、家和園、中生大道、動漫中環(huán)、創(chuàng)智大廈、動漫大廈、錦廬、榮馨園、和風(fēng)路派出所、季景華庭、科技園、碧桂園濱海城、歐風(fēng)國際商業(yè)街、濱旅產(chǎn)業(yè)園、國地稅。

4號線行車間隔17分鐘左右。國地稅站首班車6:30、末班車20:14。