在“銀行直接存管”模式下，具有兩套賬戶體系，一類是平臺在銀行開設的存管賬戶(大賬戶)，一類是投資人在存管銀行的個人賬戶(子賬戶)。如平臺有風險準備金或擔保公司等，一般還會開設風險準備金賬戶和擔保賬戶等，實現(xiàn)平臺資金與投資人資金的隔離。該方式下，由于用戶的資金從一開始就不在平臺體系內運轉，有效避免了平臺隨意挪用資金。該模式也是當前大多數(shù)與銀行簽訂資金存管協(xié)議的平臺所采取的方式。

由于銀行從頭開發(fā)資金存管系統(tǒng)成本高、周期長、體驗較差等原因，而第三方支付公司介入P2P網貸行業(yè)時間較早，在用戶體驗、系統(tǒng)開發(fā)等方面已經積累出部分經驗，同時第三方支付公司握有大量的P2P網貸平臺資源，在以上因素綜合影響下，不少第三方支付公司及平臺開始尋求“銀行支付公司”的聯(lián)合存管模式。

聯(lián)合存管模式下，一般要求第三方支付機構或P2P網貸平臺在存管銀行開設存管賬戶，并根據平臺發(fā)出的相關指充值、投資、提現(xiàn)等功能，而由銀行監(jiān)管資金流向。第三方支付機構則擔任技術輔助方，提供支付結算、技術咨詢、服務定制、運營維護等服務，協(xié)助銀行更高效地完成所有借貸資金在出借人與借款人的存管賬戶之間的劃轉。但這種存管模式下，一般不會為投資人開設個人賬戶。

目前包括富友支付、連連支付、通聯(lián)支付等多家支付公司均已與多家銀行開展合作，推動聯(lián)合存管模式的發(fā)展。