今天小R來給大家八一八近期circRNA研究的一些進展，讓大家感受一下circRNA的研究熱度。

中國科學(xué)院北京生命科學(xué)院的研究人員通過對10種人類細(xì)胞系和62個果蠅樣本circRNA內(nèi)部組件的全面調(diào)查，揭示了circRNA的可變剪切事件是普遍存在的現(xiàn)象[1]。值得注意的是，大部分circRNA的可變剪切外顯子很難被檢測到，且富含不同的來源于 mRNA外顯子中富集的剪切因子結(jié)合位點。研究人員發(fā)現(xiàn)，circRNA內(nèi)的可變剪切事件偏向于定位在細(xì)胞核上，同時表現(xiàn)出組織及發(fā)育階段的特異表達模式。這項研究表明：circRNA可變剪切事件的起源或衰變及circRNA可變剪切轉(zhuǎn)錄本的鑒定為研究circRNA的功能和形成提供了新的方向。該項研究成果于6月28日發(fā)表在《Nature communication》上。

北京大學(xué)研究人員通過SUPeR-seq對人類卵母細(xì)胞和植入前胚胎進行了系統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組分析，包括帶有polyA的mRNA和不帶polyA的RNA[2]。他們鑒定了10,032個環(huán)狀RNA，絕大多數(shù)環(huán)狀RNA具有發(fā)育階段特異性，而且受到了動態(tài)調(diào)控。許多環(huán)狀RNA是母體表達的，可能在卵母細(xì)胞發(fā)生和受精卵形成過程中承擔(dān)著重要的調(diào)控功能。對比人類和小鼠胚胎，研究人員發(fā)現(xiàn)人類植入前胚胎的環(huán)狀RNA種類比小鼠胚胎多。此外，他們還組裝了新的轉(zhuǎn)錄單元，不少轉(zhuǎn)錄單元是潛在的長非編碼RNA。這項研究為人們提供了寶貴的資源，有助于進一步揭示環(huán)狀RNA在胚胎發(fā)育中的獨特功能和復(fù)雜調(diào)控機制。該研究成果于6月17日發(fā)表在《Genome biology》上。

來自西南醫(yī)科大學(xué)和重慶醫(yī)科大學(xué)的研究人員利用基因芯片對4位膀胱癌患者的癌癥和癌旁組織的lncRNA、circRNA及mRNA的表達模式進行了研究[3]。研究發(fā)現(xiàn)有數(shù)千個lncRNA和mRNA、數(shù)百個circRNA在癌組織中存在顯著的改變。5個異常的lncRNA和4個mRNA在30對癌癥樣品中被定量RT-PCR驗證。進一步的共表達網(wǎng)絡(luò)分析表明LncRNA APLP2與PTEN和TP53INP1等細(xì)胞凋亡基因相關(guān)。CeRNA網(wǎng)絡(luò)推測LncRNA H19和circRNA MYLK能夠競爭性的結(jié)合miRNA-19a-3p，從而上調(diào)其目標(biāo)基因DNMT3B、VEGFA和ITGB1的表達。此外，表達模式表明表達量上調(diào)的與膀胱癌相關(guān)的基因ADAM2和C8orf4被LncRNA RP11-359E19.2順式調(diào)控。該研究成果于5月30日發(fā)表在《Oncotarget》上。

不知各位看官是否已經(jīng)感受到circRNA的研究熱度？反正小R覺得我要再不做circRNA的研究就OUT了呢。

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[1] Gao Y, Wang J, Zheng Y, Zhang J, Chen S, Zhao F: Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs. Nature communications 2016, 7:12060.

[2] Dang Y, Yan L, Hu B, Fan X, Ren Y, Li R, Lian Y, Yan J, Li Q, Zhang Y et al: Tracing the expression of circular RNAs in human pre-implantation embryos. Genome biology 2016, 17(1):130.

[3] Huang M, Zhong Z, Lv M, Shu J, Tian Q, Chen J: Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma. Oncotarget 2016.

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