《Illumina Amplicon Sequencing of 16S rRNA Tag RevealsBacterial Community Development in the Rhizosphere of Apple Nurseries at aReplant Disease Site and a New Planting Site》。

文章簡(jiǎn)介

北京農(nóng)業(yè)和林業(yè)科學(xué)院林業(yè)果樹研究所，利用諾禾致源illumina MiSeq測(cè)序平臺(tái)和16s rDNA擴(kuò)增子測(cè)序技術(shù)，研究了蘋果園再植和新植土壤、根系和非根系土壤的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)，結(jié)合土壤酶活實(shí)驗(yàn)，證明了栽培蘋果苗木可以有效影響再植和新植土壤的微生物群落組成，對(duì)預(yù)防蘋果再植病具有指導(dǎo)作用。該研究于2014年10月31日發(fā)表于《PLoS ONE》（IF：3.534）。

研究背景

蘋果樹是全球重要經(jīng)濟(jì)果樹，在中國，蘋果樹種植面積高達(dá)2.060百萬公頃，占全球42.54%，產(chǎn)量達(dá)37百萬噸，占全球48.44%，位居世界第一。70%國內(nèi)蘋果園都有20年以上的歷史，每年有大于14萬公頃的蘋果園需要修復(fù)。老果園重茬常導(dǎo)致蘋果發(fā)生再植?。?/span>ARD），導(dǎo)致樹體生活力降低，枝條生長(zhǎng)量小、樹冠小，產(chǎn)量低，對(duì)農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)產(chǎn)生重要影響。

已有現(xiàn)場(chǎng)實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明ARD發(fā)生和果樹營(yíng)養(yǎng)元素沒有關(guān)系，最新研究表明ARD是由生物因素引起的，而土壤微生物結(jié)構(gòu)是主要相關(guān)因子，但ARD土壤微生物結(jié)構(gòu)研究還很缺乏，本研究利用illumina高通量測(cè)序平臺(tái)，對(duì)蘋果園再植和新植土壤、根系再植土壤和新植土壤的細(xì)菌多樣性進(jìn)行了基礎(chǔ)研究。

研究方法

研究成果

1. 所有樣本中變形菌門、酸桿菌門、擬桿菌門、芽單胞菌放線菌門豐度最高，是土壤和根系樣本中的優(yōu)勢(shì)菌群；

圖1各樣本門水平上的細(xì)菌物種組成 2. PCA分析結(jié)果表明，四組樣本間的微生物組成存在差異，ReSoil和NewSoil土壤樣本微生物組成比較相似，假單胞菌、溶桿菌屬、苯基桿菌在RePlant樣本中的豐度明顯高于NewPlant樣本；