12世紀中原地區(qū)，不愿與金朝統(tǒng)治者合作的漢族士人在山東、河北建立了新道教：王重陽創(chuàng)立的全真道繼承了鐘呂二人的內(nèi)丹思想，并以“三教合一”、“全精、全氣、全神”和“苦己利人”為特點，并逐漸包容合并了蕭抱珍創(chuàng)立的太一道和劉德仁創(chuàng)立的真大道，開啟了道教濃墨重彩的新篇章。南宋統(tǒng)治者對待道教的態(tài)度與北宋基本一致，宋理宗積極推廣勸善書《太上感應篇》。張繼先的“正一雷法”，得到北宋亡國之君宋徽宗的寵信。另外，除了傳統(tǒng)的三山符箓，還衍生出了王文卿的神霄派、雷時中的天心派、黃舜申的清微派、寧全真的東華派和何真公的凈明道等新道派。白玉蟾發(fā)展了內(nèi)丹修煉，創(chuàng)立了先命后性、性命雙修的金丹南宗。

元朝前期，全真龍門派祖師丘處機真人以74歲的高齡，自山東昆崳山西游35000里，在中亞機遇“一代天驕”成吉思汗，成就了“一言止殺”的歷史性創(chuàng)舉與漢蒙佳話，獲得成吉思汗崇奉而呼之為“神仙”，拜之為國師，掌管天下道教，為全真道的大發(fā)展奠定了基礎。經(jīng)過尹志平、李志長相繼掌教，全真道進入鼎盛期，道門興旺，宮觀遍地。元朝統(tǒng)一全國后，全真道南下傳教，并與金丹南宗交流丹道。兩派有著共同的內(nèi)丹理論淵源，陳致虛提出的“五祖七真”傳承系統(tǒng)得到共識，元惠宗時全真道和金丹南宗正式合并為一。真大道也融入全真道。1277年，蒙古人冊封張陵及其歷代傳人為“天師”，命張宗演“領江南道教事”，并在此時形成玄教。茅山宗、太一道、神霄派、清微派、東華派、天心派等符箓道派繼續(xù)發(fā)展，宣揚“儒道合一”“忠孝凈明”的凈明道也在江西流行。1304年元成宗扶植張與材為“正一教主”，標志著正一道正式形成。