腎左右各一，位于腹后壁，在脊柱兩側(cè)，與膀胱互為表里，開竅于耳。腎主藏精，為發(fā)育生殖之源，主骨、生髓、通于腦，主五液以維持體內(nèi)水液代謝的平衡。腎的生理功能極為重要，為人生命的根本，故稱“腎為先天之本”。

腎氣旺盛則精盈髓足，聰明機智，動作輕捷有力。所以《素問?靈蘭秘典論》說：“腎者作強之官，伎巧出焉。”

命門附于腎，是人體重要的器官。根據(jù)《難經(jīng)》記載，命門是“諸神精之所舍，原氣之所系”；“男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通”。而“腎間動氣”即生氣之源，乃五臟六腑之本，十二經(jīng)脈之根，呼吸之門，三焦之源。如果命門衰竭，生命也就結(jié)束了。

精是人體生命活動的物質(zhì)基礎(chǔ)。腎精是發(fā)育、生長、生化之源，是生育繁殖之根本，為先天之精。在胚胎時期發(fā)育、生長的生理活動中，以及出生后的生活過程中，不斷地消耗腎精，故需飲食、呼吸攝取陰精（養(yǎng)料）、陽精（氧氣）不斷地予以補充，以維持生命。

真氣運行法的煉精化氣階段，就是把攝取的陰精、陽精，合并而化生為真氣（能量），充養(yǎng)全身。

《素問?上古天真論》說：“腎者主水，受五臟六腑之精而藏之”，也就是古代養(yǎng)生家所說的“五氣朝元”。

在煉氣化神階段，丹田真氣充足，腎氣旺盛，兩腎有如湯煎之熱，即“命門相火”的表現(xiàn)。第二、三腰椎處，即命門穴，“腎間動氣”活躍非常，逐漸緣督脈上行，沖通夾脊，透過玉枕，直達(dá)腦海。腎氣入腦，灌溉腦髓。髓海充足，精神飽滿，動作輕捷，身心舒適愉悅，好像換了一個人。這個后天返先天的現(xiàn)象，也就是《老子》“蔽而新成”的說法。

煉氣化神階段，體現(xiàn)了“元精化元氣”的過程，也就是練功者追求的目的。由于人們在習(xí)慣上只知有個腎精，因此一開始就在煉氣化神階段入手，不但效果不好，而且會出現(xiàn)很多毛病。其他有些方法由于過早使用了腹式呼吸，努力吸氣，犯了化源不足、“揠苗助長”的錯誤!

真氣運行法之所以進步快，成功率高，能夠定期取效，就是因為遵循了“靜極生動，動極復(fù)靜”的自然規(guī)律和合乎生理的調(diào)息方法，以培養(yǎng)腎精、命火為法，不以抽調(diào)導(dǎo)引腎氣為用。

通關(guān)之后，感到呼氣與腎氣相通，一呼真氣緣任脈入丹田，一吸真氣緣督脈入腦海，呼吸深長自然，體現(xiàn)了陰陽互根、一氣混元的自然規(guī)律。

真氣運行法第三步，丹田真氣充實，腎臟功能增強，如命門火衰的尿頻、陽痿、腰腿酸軟無力、女子月經(jīng)不調(diào)等現(xiàn)象即可改善。到第四步功沖通督脈使腎氣入腦，補益腦髓，更增強了大腦皮層的本能力量。因此，對失眠、健忘、多夢等一些神經(jīng)衰弱癥狀，都可起到良好的作用。

從生理學(xué)觀點看，督脈貫通后的效果，概為腎上腺與腦垂體這兩大腺體之間的互相激惹、互相補益的生理關(guān)系更加協(xié)調(diào)旺盛。在生理上表現(xiàn)為生機旺盛，再生力增強，由衰返壯。古人所說“要得不老，還精補腦”就是這個意思。