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為了趕上年前的末班車與大家見面，我也是拼了，之前由于堵車我被塞在了路上，多虧交警叔叔鼎力相助，我得以見到心心念念的你們，感謝呢 我就是擴增子的功能擔當—— PICRUSt分析，在擴增子的主業(yè)里能夠告訴你菌群有什么，而我能夠告訴你這些菌群都在干什么，PICRUSt軟件就是幫助我實現這一功能的利器（復制該鏈接用瀏覽器查看http://picrust./picrust/tutorials/algorithm_description.html），它主要是一種根據marker基因進行元基因組功能預測的生物信息軟件包，可以利用16s的測序數據進行基于KEGG數據庫的功能預測，并且由于我性價比超級無敵高，對于經費預算緊張但是還想獲得宏基因組般待遇的課題組無疑是個福音。那我到底能給您些什么呢？別急，這就來了： 首先，基于16s測序的數據獲得KEGG數據庫3個層級的原始注釋表，緊接著是與其相對應的絕對豐度表和相對豐度表，讓您在整體上對樣品的功能有所了解。圖1展示的就是在KEGG數據庫預測結果的統(tǒng)計圖，橫坐標表示的是預測基因的數目，縱坐標表示的是預測得到的KEGG Level1（第一層級）和Level2（第二層級）的描述，直觀展現樣品在不同功能類別中的注釋情況。 圖1 圖2是基于KO的多樣品韋恩圖，從圖中能夠看出不同樣品之間KO共有和特有的情況，以此來解釋不同樣品之間的功能差異。
圖3是預測到的KEGG功能Level1層級的相對豐度柱形圖，這樣能夠直觀查看每個樣品在不同的功能上的相對豐度，第2、3層級的排名前十的功能相對豐度柱形圖也是有的哦，在這就不一一列舉啦。 圖3 圖4是功能豐度聚類分析的熱圖，主要是依據那些排名前35的功能以及他們在每個樣品中的豐度信息繪制而來，并且從功能差異和樣品層面進行聚類?？v向為樣品信息，橫向是注釋到的功能信息，左側聚類樹為功能的聚類樹，上方的聚類樹為樣品間的聚類樹，顏色偏紅色代表某一功能在某一個樣品中的含量越高，越偏藍色代表含量越低。
圖5是不同樣品間功能的PCA的分析，圖中不同的點代表不同的樣品，相同顏色代表同一個分組，它們距離越近，代表他們的功能組成越相似。
此外，我還可以對不同樣品間的代謝通路進行比較分析，這部分主要是通過IPATH軟件實現的，它目前可以提供3種不同通路的概括圖，包括代謝通路、調控通路以及生物合成和次生代謝通路。通過對不同樣品的代謝途徑進行比較與分析，找出他們的共性和特性，特別是對它特殊代謝途徑的分析，能夠為進一步深入研究和利用樣品的功能提供理論依據。 一口氣說了這么多，如果您動心了，如果您也想以超高性價比對16s的數據進行功能的預測分析，那就趕緊來諾禾致源找我吧！ 微生物業(yè)務線 姚美玲丨文案 王 迪丨編輯 |
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來自： sailing_387 > 《待分類》
。大家還記得擴增子的3個老婆的故事嗎（擴增子自傳第一季：
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