在轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-Seq）中，基因的表達量是我們關(guān)注的重點。基因表達量的衡量指標有：RPKM、FPKM、TPM。

RPKM：Reads Per Kilobase Million；說實話，這個英文說明真的很費解，其實可以理解為“Reads Per Kilobase Per Million Reads”?，即“每一百萬條Reads中，對基因的每1000個Base而言，比對到該1000個base的Reads數(shù)”，計算公式為：

RPKM=待編輯（暈，不會編輯公式，先占個坑）?

FPKM：Fragments per Kilobase Million，F(xiàn)PKM意義與RPKM極為相近。二者區(qū)別僅在于，F(xiàn)ragment 與 Read。RPKM的誕生是針對早期的SE測序，F(xiàn)PKM則是在PE測序上對RPKM的校正。只要明確?Reads 和 Fragments的區(qū)別，RPKM和FPKM的概念便易于區(qū)分。Reads即是指下機后fastq數(shù)據(jù)中的每一條Reads，F(xiàn)ragments則是指每一段用于測序的核酸片段，在SE中，一個Fragments只測一條Reads，所以，Reads數(shù)與Fragments數(shù)目相等；在PE中，一個Fragments測兩端，會得到2條Reads，但由于后期質(zhì)量或比對的過濾，有可能一個Fragments的2條Reads最后只有一條進入最后的表達量分析?？傊?，對某一對Reads而言，這2條Reads只能算一個Fragments，所以，F(xiàn)ragment的最終數(shù)目是Reads的1到2倍之間。（后面找時間畫個圖示意下）

TPM：?Transcripts Per Million，這個英文也很費解。先不糾結(jié)字面意思了，直接解釋它的計算方法。TPM的計算分3步：

step1：根據(jù)基因/轉(zhuǎn)錄本長度?校正count值；假設(shè)某基因count值為R1，則校正后count值為：

R1/(L1/1000)?；  

注: L1為該基因的長度；

step2：計算total 校正后count值；即所有基因的校正后count值?總和，Rtotal；

step3：計算TPM；TPM?結(jié)果為：

R1*1000*1000000/(L1*?Rtoatl)。

計算完畢。

（圖形說明三者差異，待補充）?