今天在壇子里應(yīng)助站友問題時，覺得有必要把自己在人類基因缺陷疾病基因診斷過程中積累的經(jīng)驗(yàn)跟大家分享下。

以白仁戰(zhàn)友應(yīng)助的 CCR9 基因?yàn)槔?/p>

一、如何尋找基因信息

首先，打開 NCBI 網(wǎng)頁 http://www.ncbi.nlm./pubmed/，選擇「gene」，輸入您要的基因名稱（可簡寫），如 CCR9，搜索

然后，選擇種屬，如 homo sapiens，點(diǎn)擊進(jìn)入，http://www.ncbi.nlm./gene/10803；

然后，使勁往下拉網(wǎng)頁，在"NCBI Reference sequence (Refseq)"下方，

NG_029472.1 就是該基因的 genomic DNA 序列號，

NM_001256369.1 就是異構(gòu)體 B 的 mRNA 序列號，而 NP_001243298.1 就是 NM_001256369.1 相應(yīng)的氨基酸序列號，

同理，NM_031200.2 → NP_112477.1 分別是異構(gòu)體 A 的 mRNA 和氨基酸序列號。

點(diǎn)擊進(jìn)入相應(yīng)頁面就會出現(xiàn)詳細(xì)的外顯子、編碼序列等信息。

二、如何選擇目前公認(rèn)的 mRNA 序列號？

在這兒推薦一個網(wǎng)站：mutation@glance，http://rapid.rcai./mutation/（您只能在 google 搜索中才能快速搜到，百度是搜不到的）。

輸入您查找的基因，如 CCR9，"submit"提交，便會出現(xiàn) CCR9 的相應(yīng)界面，Reference sequence: NM_031200.2 這里所顯示的就是公認(rèn)的序列號。

這樣您參照的序列號對了，您設(shè)計(jì)引物、基因突變的命名及表述才是對的，發(fā)文章時才不會錯。（基因突變命名也是一個系統(tǒng)，可以到 NCBI 上下載相關(guān)文獻(xiàn)）。

另外，這一網(wǎng)站也提供了目前文獻(xiàn)報道的已知的突變位點(diǎn)和 SNP 位點(diǎn)。非常好用。

三、如何看懂 mRNA 的相關(guān)信息？

選好公認(rèn)的 mRNA 序列號后，我們就可以利用其序列設(shè)計(jì)引物了。

以 CCR9 的公認(rèn)序列號 NM_031200.2 為例。

1. source 中 map=map="3p21.3"是指此基因位于 3 號染色體短臂（p）2 帶 1 區(qū) 3 亞區(qū)；

2. gene 1..2567 表示 CCR9 mRNA 長度 2567bp；

3. "CDS" 為 mRNA 編碼氨基酸的序列：

translation="MTPTDFTSPIPNMADDYGSESTSSMEDYVNFNFTDFYCEKNNVRQFASHFLPPLYWLVFIVGALGNSLVILVYWYCTRVKTMTDMFLLNLAIADLLFLVTLPFWAIAAADQWKFQTFMCKVVNSMYKMNFYSCVLLIMCISVDRYIAIAQAMRAHTWREKRLLYSKMVCFTIWVLAAALCIPEILYSQIKEESGIAICTMVYPSDESTKLKSAVLTLKVILGFFLPFVVMACCYTIIIHTLIQAKKSSKHKALKVTITVLTVFVLSQFPYNCILLVQTIDAYAMFISNCAVSTNIDICFQVTQTIAFFHSCLNPVLYVFVGERFRRDLVKTLKNLGCISQAQWVSFTRREGSLKLSSMLLETTSGALSL" 引號所引就是 CCR9 基因編碼的 CCR9 蛋白的氨基酸序列。

"60..1169"，60 是編碼 mRNA 的起始位置，所以 CCR9 基因（人）編碼序列長度是 1169-60+1=1110bp，編碼蛋白是由 1110/3=370 個氨基酸構(gòu)成。

4. exon 是外顯子相應(yīng)的 mRNA 序列。如 exon 1..152 number=1，是指 exon1 對應(yīng)的 mRNA 位置為 1 到 152，以此類推；

5. CDS 181..1290 可見 exon1（1..152）是不參與氨基酸的編碼的，就是說轉(zhuǎn)錄了，但是經(jīng)后期的翻譯時被剪切修飾掉了；

6. ORIGIN 部分就是具體的堿基序列了，可以用來參照設(shè)計(jì)引物的。

這里我也還有沒弄清楚的，如 STS、misc_feature 是什么意思？

注：我說的只是人的，病毒、動物的會有差異吧，不對之處請大家指出來我會虛心學(xué)習(xí)。

本文來自丁香園論壇