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Association of two polymorphisms rs2910164 in miRNA-146a and rs3746444 in miRNA-499 with rheumatoid arthritis: A meta-analysis. http://www.ncbi.nlm./pubmed/24824381 大家好，我在去年五月分時(shí)，一時(shí)興起，找了個(gè)SNP的meta分析來(lái)做，當(dāng)時(shí)都不知道什么是SNP，到今天收到文章接受的消息時(shí)，我還是很激動(dòng)．我今天開(kāi)此帖將我的學(xué)習(xí)經(jīng)歷，資料（所發(fā)文章所有數(shù)據(jù)）進(jìn)行分享．并且把統(tǒng)計(jì)學(xué)過(guò)程重復(fù)一邊．(用ＳＴＡＴＡ軟件進(jìn)行)，希望可以幫助到在進(jìn)行SNP meta分析的同學(xué)． （我把我在snp meta學(xué)習(xí)中的資料也上傳了。） 第一部分： SNP與meta分析 單核苷酸多態(tài)性性( single nucleotide polymorphism, SN P)是指在染色體基因組水平上單個(gè)核苷酸的變異引起的DNA 序列多態(tài)性, 而其中最少一種等位基因在群體中的頻率不小于1%。它包括單堿基的轉(zhuǎn)換, 顛換、插入及缺失等形式。例如, 一個(gè)SNP 可以將一個(gè)DNA 序列: AA GGCTAA 變?yōu)锳TGGCTAA , 其中發(fā)生了A→T的顛換。 SNP 在基因組內(nèi)可以劃分為兩種形式: 一是遍布于基因組的大量單堿基變異; 二是基因編碼區(qū)的功能性突變． SNP可能會(huì)引起編碼蛋白的結(jié)構(gòu)或功能異常，從而導(dǎo)致疾病的易感性，程度等增加或降低．而由于作用效能是其使某些臨床結(jié)局加重還是減輕需要通過(guò)病例對(duì)照分析來(lái)發(fā)現(xiàn)．但是往往由于這些病例分析研究的樣本量，人種，人群基線資料等的差異會(huì)造成結(jié)果的不統(tǒng)一．因此就需要用meta分析來(lái)(1)．增加樣本量增加檢驗(yàn)效能探索其真實(shí)效應(yīng)．(2)．亞組分析來(lái)識(shí)別混雜因素對(duì)與效應(yīng)之間的關(guān)系．(3).探索異質(zhì)性來(lái)源來(lái)發(fā)現(xiàn)影響效應(yīng)的因素．從而在一定程度上使問(wèn)題得到清晰的解決． 在此階段，我當(dāng)時(shí)遇到的問(wèn)題： 1. 什么是SNP？ 我是學(xué)臨床的，根本不知道這個(gè)東西．我從生化書，百度，中文相關(guān)文獻(xiàn)等很快對(duì)SNP進(jìn)行了一個(gè)大體的認(rèn)識(shí)．之后就是在讀別人文章的過(guò)程中會(huì)發(fā)現(xiàn)，同一個(gè)ＳＮＰ表述方式竟然不一樣．接著下一個(gè)問(wèn)題就來(lái)了． 2. 如何表示SNP？ 當(dāng)時(shí)我去問(wèn)過(guò)搞基礎(chǔ)的老師，也在DXY中發(fā)帖提問(wèn)，得到了正確的解答．我在2013年6月分時(shí)發(fā)帖子提問(wèn)的：關(guān)于SNP的命名 - 丁香園論壇 一個(gè)microRNA-499的SNP.命名如下: 1. miR-499 3746444 (A>G) 2. miR-499 3746444 (T>C) 3. rs3746444 這三個(gè)意義都一樣嘛? 其中第一個(gè)與第二的區(qū)別是什么? 是不是可以這樣理解: A=T,C+G.所以前兩個(gè)其實(shí)一樣. 對(duì)于第一個(gè)和第二個(gè)中 (A>G), (T>C)表達(dá)什么意義? 答案：1，2的意思是一樣的，區(qū)別是正義鏈和反義鏈。3的意思是基因組上的這個(gè)位點(diǎn)是個(gè)snp。指的是基因組上的序列。 第二部分：選題 在我個(gè)人看來(lái)，ＳＮＰ的meta分析是很容易上手的。選題也不難，但是，正是因?yàn)檫x題也不難且容易實(shí)施，所以大家都爭(zhēng)著去做，這就會(huì)造成無(wú)題可做。 首先，定向：骨科。 由于基因多態(tài)性是個(gè)老問(wèn)題了，但是microRNA比較新。我本人也在大三時(shí)寫過(guò)microRNA與炎癥的一個(gè)中文的綜述。因此，將題目定在microRNA多態(tài)性與RA的關(guān)系。在眾多的microRNA，與炎癥有關(guān)的有microRNA-146a。因此定向到microRNA-146a與RA的關(guān)系。 同樣，我和大多數(shù)人一樣，首先想到的是microRNA多態(tài)性與腫瘤，但是大家都能想到的，我們就不要去擠。我查后，發(fā)現(xiàn)microRNA多態(tài)性與腫瘤的文章就有近十個(gè)。其中只有一個(gè)是國(guó)外人做的。國(guó)外那個(gè)做了所有的腫瘤，而國(guó)內(nèi)的那幾個(gè)，針對(duì)性的做了某些腫瘤。國(guó)外的那個(gè)文章涵蓋了所有國(guó)內(nèi)的那幾個(gè)文章了?？梢钥吹剑樱危衜eta的灌水程度有多深了。我好像聽(tīng)說(shuō)過(guò)疾病大致分為兩類，一類是腫瘤性的，一類是免疫性的。當(dāng)腫瘤性的被瓜分完了的時(shí)候，我轉(zhuǎn)向了免疫性的。恰恰在Embase中發(fā)現(xiàn)有人做了microRNA多態(tài)性與免疫性疾病的meta分析。其中包括了RA，但是他納入的文獻(xiàn)比較少，只有三個(gè)，而且目前又有了3個(gè)新的研究，所以我就把題目定在了： Association of Two Polymorphisms rs2910164 in miRNA-146a and rs3746444 in miRNA-499 with Rheumatoid Arthritis: A Meta-analysis. （其中miRNA-499是在文章篩選時(shí)發(fā)現(xiàn)的，其往往miRNA-146a同時(shí)被研究，而且得益于我們檢索((((arthritis OR Polyarthritis))) AND (polymorphism OR polymorphisms)) AND (microRNA OR microRNAs.)，并沒(méi)有說(shuō)明是哪一個(gè)miRNA，所以加入miRNA-499是合情合理的。同時(shí)，也增加了我們文章的內(nèi)容） 到此為止，是我們題目的來(lái)源（里面有些表述不是很規(guī)范，希望大家理解） 第三部分：檢索 當(dāng)時(shí)我不是很懂檢索，所以主要是模仿。檢索不一樣要看起來(lái)高端大氣、上檔次，只要在保證檢索全的基礎(chǔ)上準(zhǔn)，是最好的了。 檢索按照“PICOS”原則進(jìn)行。 ?。袩o(wú)限制，Ｉ可以當(dāng)成是microRNA多態(tài)性，Ｃ microRNA野生型（不限制），Ｏ：ＲＡ?。樱篊ase-control（不限制） 檢索詞：microRNA(從以發(fā)表關(guān)于microRNA的高質(zhì)量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式) 多態(tài)性(從以發(fā)表關(guān)于基因多態(tài)性的高質(zhì)量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式) ?。遥?從以發(fā)表關(guān)于ＲＡ的高質(zhì)量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式) 檢索詞語(yǔ)為： 一：microRNA，microRNAs. 二：polymorphism, polymorphisms 三：arthritis, Polyarthritis 檢索式為： (microRNA OR microRNAs) AND (polymorphism OR polymorphisms) AND (arthritis OR Polyarthritis) （這是我們輸入的語(yǔ)言） Pubmed對(duì)應(yīng)的高大上的機(jī)器語(yǔ)言為 (("micrornas"[MeSH Terms] OR "micrornas"[All Fields] OR "microrna"[All Fields]) OR ("micrornas"[MeSH Terms] OR "micrornas"[All Fields])) AND (("polymorphism, genetic"[MeSH Terms] OR ("polymorphism"[All Fields] AND "genetic"[All Fields]) OR "genetic polymorphism"[All Fields] OR "polymorphism"[All Fields]) OR ("polymorphism, genetic"[MeSH Terms] OR ("polymorphism"[All Fields] AND "genetic"[All Fields]) OR "genetic polymorphism"[All Fields] OR "polymorphisms"[All Fields])) AND (("arthritis"[MeSH Terms] OR "arthritis"[All Fields]) OR ("arthritis"[MeSH Terms] OR "arthritis"[All Fields] OR "polyarthritis"[All Fields])) 檢索數(shù)據(jù)庫(kù)： Pubmed Embase (因?yàn)椋樱危惺欠牵遥茫?，且有些偏向于基礎(chǔ)的研究，所以我沒(méi)有檢索cochrane, clinicaltrial.gov) 檢索結(jié)果 Pubmed:26   第四部分：文章篩選及全文獲取 這部分沒(méi)有什么要點(diǎn)可以說(shuō)。但以理幾點(diǎn)要做到： 1. 會(huì)用endnote 2. 兩個(gè)人獨(dú)立重復(fù)進(jìn)行 3. 對(duì)于引用文獻(xiàn)的篩選要認(rèn)真，這里往往有意想不到的發(fā)現(xiàn) 下載文章： 1. 首先去pubmed中下載，如果下載不到，就到下一步 2. 去google搜索，有可能會(huì)找到ＰＤＦ版。如果下載不到，就到下一步 3. 有一個(gè)好的方法。在文獻(xiàn)所以的網(wǎng)頁(yè)一級(jí)網(wǎng)站后加 .sci-hub.org，就可以下載到全文了。這個(gè)是很好的方法，不受ＩＰ限制。如果下載不到，就到下一步 4. 找文獻(xiàn)下載群求助，如果下載不到，就到下一步 5. 如果下載不到，就到 ＤＸＹ求助?。ㄒ．?dāng)嘛，不推薦首選） 6. 文獻(xiàn)傳遞?。〞r(shí)間48小時(shí)，兩個(gè)工作日，而且不一定傳遞得到，不建議首選） 初篩過(guò)程  二篩選后文章，6個(gè)?。ㄒ?jiàn)附件，由于附件只能上傳五個(gè)，所以我就上傳五個(gè)吧，）  第五部分：數(shù)據(jù)提取(在這里我們只展示數(shù)據(jù)部分，對(duì)于一些基線資料的提取也很重要，我們就不進(jìn)行展示了)
第六部分：數(shù)據(jù)分析（所有數(shù)據(jù)，見(jiàn)樓下） 因?yàn)槭亲觯樱危?，所以要有一點(diǎn)點(diǎn)遺傳相關(guān)的知識(shí)，下面是我們數(shù)據(jù)處理的一些設(shè)計(jì)好的遺傳模型 miRNA-146a rs2910164 G>C: 1. Allele model : C/G 2. Heterozygote model: GC/GG 3. Homozygote model: CC/GG 4. Dominant model: CC+GC/GG 5. Recessive model: CC/CG+GG miRNA-499 rs3746444 A>G: T>C 1. Allele model : G/A 2. Heterozygote model: AG/AA 3. Homozygote model: GG/AA 4. Dominant model: AG+GG/AA 5. Recessive model: GG/AG+AA 按照上面的方法進(jìn)行，我們就可以將數(shù)據(jù)分成四格表資料了，這樣就很容易看懂了，大家她好理解。 如下圖，上面的為原始數(shù)據(jù)，下面的為我們進(jìn)行運(yùn)算時(shí)所用的數(shù)據(jù)。紅色部分是我們進(jìn)行miRNA-146a rs2910164 G>C: 1. Allele model : C/G 寫成a b c d 為：casealleleC casealleleG controlalleleC casecontrolG 這個(gè)在stata或RevMan中都可以進(jìn)行meta合并了。
作出的圖為：（其他模型可以類推進(jìn)行，這里不一一寫出來(lái)）  到此為此，我們就大概說(shuō)了一哈SNP的meta其中還一些亞組分析，敏感性分析，的統(tǒng)計(jì)部分，我沒(méi)有進(jìn)行演示，這部分相對(duì)比較容易，重點(diǎn)是一些大的框架，我給大家列出來(lái)了。 此外，還有一些要用：哈溫平衡的檢驗(yàn)，是ＳＮＰmeta分析中不可少的一部分，如果大家有問(wèn)題也可以跟帖提問(wèn)。 重點(diǎn)是走出第一步，只要敢去做就行，過(guò)程中遇到困難，都可以在園子里提問(wèn)。對(duì)于文章數(shù)據(jù)的解讀、文章寫作方面，如果大家有問(wèn)題，也可以問(wèn)我。我就是這樣一步步在園子時(shí)學(xué)出來(lái)的。希望有心人能功有所收獲，歡迎大家討論。 鑒于園子里好多人都在求助STATA12.0 軟件，需要私信發(fā)我郵箱，我看到后，會(huì)第一時(shí)間發(fā)送的，希望大家能投票支持，謝謝。當(dāng)年我也為了這個(gè)軟件惱火了很久。 |
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來(lái)自： wuhuaguo88l > 《生物信息》
