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      SNP:大波干貨來襲,請您查收......

       BIGMER 2017-09-12

      大家好,我就是SNP,集萬千寵愛于一身的SNP,中文名字:單核苷酸多態(tài)性,厲害吧!



      為啥我能集萬千寵愛于一身呢?花草離不開我、小動物離不開我、甚至人類都離不開我。人類有研究稱,我引起的變異占人類基因組遺傳多態(tài)性的90%以上,你說說,我隨便的一個轉(zhuǎn)換、顛換、插入、缺失都可能引起人類重大疾病的發(fā)生,就這魄力,能不得到重視嗎?這不,人類已經(jīng)專門為我定制了幾套服務(wù)。下面,就由我來向大家介紹一下吧。


      1



      KASP

      KASP? 基因分型技術(shù)是一項獨特的競爭性等位基因特異性PCR,可對各種基因組DNA樣本,針對指定的SNP和InDel進行高精度雙等位基因分型,非常適用于SNP位點數(shù)小于30的樣本檢測。


      KASP技術(shù)通過設(shè)計兩條等位基因特異性引物進行基因分型,共用反向引物來擴大靶區(qū)域,之后通過熒光信號的采集進行數(shù)據(jù)分析。



      2


      TaqMan探針

      TaqMan探針法通過設(shè)計PCR引物和針對于位點的熒光探針實現(xiàn)對SNP的分型檢測,適合少量SNP位點的分析。


      其核心是利用Taq酶的3' -5' 外切核酸酶活性切斷探針產(chǎn)生熒光信號。體系中包括一對PCR引物和一條探針,探針只與模板特異性地結(jié)合,其結(jié)合位點在兩條引物之間,探針的5' 端標記有報告基因,3' 端標記有熒光淬滅基因,當探針完整的時候,報告基團所發(fā)射的熒光能量被淬滅基因吸收,儀器檢測不到信號,但是基于獨特的位點設(shè)計熒光探針,價格要比KASP需要的通用熒光探針高。

      3
      SNaPshot

      SNaPshot技術(shù)是一種基于熒光標記單堿基延伸原理的分型技術(shù),主要針對中等通量的SNP分型項目,通常用于10~30個SNP位點分析。


      該技術(shù)使用引物擴增目標SNPs所在片段,使用測序酶、四種熒光標記ddNTP和 5' -端緊靠SNP位點的延伸引物進行PCR反應(yīng),引物延伸一個堿基即終止,經(jīng)ABI測序儀檢測后,根據(jù)峰的移動位置確定該延伸產(chǎn)物對應(yīng)的SNP位點,根據(jù)峰的顏色可得知摻入的堿基種類,從而確定該樣本的基因型,對于PCR產(chǎn)物模板可通過多重PCR反應(yīng)體系來獲得。


      4


      質(zhì)譜檢測

      MassARRAY分子量陣列技術(shù)通過引物延伸或切割反應(yīng)與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術(shù)相結(jié)合,實現(xiàn)基因分型檢測,該技術(shù)適合大樣本、多位點SNP的基因分型檢測。


      質(zhì)譜技術(shù)的主要特點是,先通過PCR擴增目標序列(可高達40重反應(yīng)),然后加入SNP序列特異延伸引物,在SNP位點上,延伸1個堿基。激光照射使生物分子發(fā)生電離,離子在電場作用下飛過飛行管道,根據(jù)到達檢測器的飛行時間不同而被檢測,離子質(zhì)量越小,就越快到達。


      5
      芯片檢測

      芯片檢測是通過DNA芯片與待檢測的序列進行雜交實現(xiàn)SNP分型,適合大樣本、多位點SNP的檢測。待測DNA經(jīng)熒光染料標記后與已固定好的探針進行雜交,依據(jù)堿基互補配對,存在單個錯配堿基的序列不能與探針雜交,通過雜交分子之間的洗脫差異性即熒光強弱來檢測SNP位點。該技術(shù)的一個不足就是芯片定制的時間比較長且價格昂貴。

      6
      多重PCR_SNP基因分型檢測

      多重PCR_SNP基因分型檢測是一種多重PCR和高通量測序相結(jié)合的高效SNP檢測技術(shù),可針對所有物種基因組DNA實現(xiàn)對大樣本、多位點SNP的高效檢測。


      該技術(shù)針對待檢SNP位點設(shè)計特異性引物,在單管內(nèi)實現(xiàn)多重PCR的擴增。多重PCR的前兩個階段完成對目標區(qū)域的擴增富集,第三階段時引物端會連接上測序接頭和barcode,實現(xiàn)對不同樣本的區(qū)分。文庫構(gòu)建好之后應(yīng)用Illumina主流測序平臺實現(xiàn)對擴增子的高通量測序,最后通過生物信息學(xué)分析SNP變異檢測結(jié)果。


      別看獨自擁有這么多服務(wù),本SNP可不是隨便用的。根據(jù)這些技術(shù)的優(yōu)缺點,我是物盡其用,當我位點數(shù)少的時候呢,選擇KASP、TaqMan、SNaPshot為我服務(wù),其中我最喜歡的還是KASP,效率高、周期短,名字也洋氣?。划斘稽c數(shù)多的時候呢,質(zhì)譜、芯片、多重PCR_SNP基因分型檢測為我服務(wù),其中我最喜歡多重PCR_SNP基因分型檢測,周期短、成本低、效果好,名字這么長,一看就很踏實、穩(wěn)重,妥妥的,沒毛??!


      好嘞,炫耀完畢,不嘮了,本SNP該去工作了,拜。。。


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