以下是整理的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA, lincRNA)數(shù)據(jù)庫(kù)資源列表。
國(guó)內(nèi)外長(zhǎng)非編碼RNA的研究剛剛興起,希望這資源對(duì)國(guó)內(nèi)的非編碼RNA的研究者有所幫助。
(1)lncRNABase:
提供miRNA調(diào)控長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和環(huán)狀RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。構(gòu)建了最全面的包含了14癌癥類型(>6000個(gè)樣本)Pan-Cancer(泛癌)表達(dá)圖譜和互作網(wǎng)絡(luò)。這些調(diào)控互作網(wǎng)絡(luò)信息是基于高通量的CLIP-Seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。網(wǎng)站:http://starbase./mirLncRNA.php 更新:
2013年11月
(2)LNCipedia:
對(duì)人類的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的序列和結(jié)構(gòu)全面的注釋。網(wǎng)站:http://www. 更新:2012年7月
(3) ChIPBase:
提供長(zhǎng)鏈非編碼RNA的表達(dá)圖譜和轉(zhuǎn)錄調(diào)控的全面鑒定和注釋。整合了高通量的RNA-seq鑒定的lncRNA及其表達(dá)圖譜和ChIP-Seq實(shí)驗(yàn)技術(shù)鑒定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。網(wǎng)站:http://deepbase./chipbase/ 更新:2012年11月
(4)lncRNAdb:
提供有生物學(xué)功能的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的全面注釋。這是長(zhǎng)鏈非編碼RNA研究領(lǐng)域的大牛John
mattick實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的網(wǎng)站。網(wǎng)站:http://www./ 更新:2011年7月
(5)LncRNADisease: 提供了文獻(xiàn)報(bào)道的疾病相關(guān)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的注釋。 網(wǎng)站:
http://cmbi./lncrnadisease 更新:2012年7月
(6)NONCODE:提供對(duì)長(zhǎng)鏈非編碼RNA的全面注釋,包括表達(dá)和該團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的ncFANs計(jì)算機(jī)軟件預(yù)測(cè)的lncRNA功能。這是非編碼RNA研究的知名數(shù)據(jù)庫(kù),已經(jīng)更新到第三版。網(wǎng)站:
http://www.
更新:2012年1月
(7)NRED: 提供人和小鼠的長(zhǎng)鏈非編碼RNA在芯片數(shù)據(jù)的表達(dá)信息。這也是John
mattick實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的網(wǎng)站。網(wǎng)站:http://jsm-research.imb./nred/ 更新:
2009年
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