什么是MIMIC？

MIMIC數(shù)據(jù)庫是MIT麻省理工下屬管理的一個公共臨床數(shù)據(jù)庫，全稱Medical Information Mart for Intensive Care，直譯過來就是重癥監(jiān)護醫(yī)學(xué)信息集市。到現(xiàn)在為止MIMIC數(shù)據(jù)庫已更新至MIMIC-III v1.4版。

MIMIC是一個大型的，單中心的，可供自由使用的數(shù)據(jù)庫。MIMIC-III v1.4版由2001年～2012年在Beth Israel Deaconess醫(yī)療中心重癥監(jiān)護室中住院的4萬多病人的醫(yī)療數(shù)據(jù)組成，其中的這些數(shù)據(jù)就成為了我們發(fā)表SCI文章現(xiàn)成的素材，怎么樣才能有效地利用這些數(shù)據(jù)，就是本次教程的內(nèi)容所在。

之前MIMIC數(shù)據(jù)庫推文鏈接：

1.MIMIC-III重癥醫(yī)學(xué)公共數(shù)據(jù)庫簡介，臨床醫(yī)師們看過來~| 醫(yī)學(xué)方臨床數(shù)據(jù)挖掘?qū)ｎ}

2.傳說中的MIMIC-III（麻省理工公共臨床數(shù)據(jù)庫）怎么申請呢？| 醫(yī)學(xué)方MIMIC數(shù)據(jù)庫專題

MIMIC-III公共數(shù)據(jù)庫使用專題三

——數(shù)據(jù)庫使用申請（下）

大家好，我是ANGUS，上個專題我們已經(jīng)取得了CITI的證書，今天我們來完成剩下的2個步驟：PhysioNet注冊賬號以及提交CITI證書，獲得使用數(shù)據(jù)庫權(quán)限。

1.PhysioNet注冊賬號

⑴登錄PhysioNet官網(wǎng)：

https:///pnw/login

然后點擊頁面下的“CreateAccount”跳至注冊賬戶頁面，在“Emailaddress”對話框內(nèi)輸入你的常用郵箱，然后點擊右側(cè)“CreateAccount”，建立賬戶。頁面會出現(xiàn)提醒請檢查郵箱的頁面，在剛剛輸入的郵箱內(nèi)會收到一封來自DoNotReply@的郵件，指導(dǎo)我們進一步操作。

⑵登錄自己的郵箱，打開DoNotReply@的郵件，將郵件中的網(wǎng)址復(fù)制到瀏覽器地址欄中進行下一步操作。

⑶在打開的新頁面中，我們需要填寫一些基本信息，主要是兩部分信息：“Choosea password”和“Fillin your profile”。

⑷在“1.Choose a password”部分我們需要設(shè)置我們PhysioNet賬號的密碼。

“Username”：這里是賬號的用戶名，默認就是我們剛剛注冊的郵箱；

“(New)PhysioNetWorks password”：這里填入我們的新密碼，密碼需大于8個字符，至少有一個非英文字符和至少有非數(shù)字字符；

“Confirmpassword”：再次輸入我們的新密碼。

⑸在“2.Fill in your profile”部分我們需填入個人信息

“Fullname”：輸入你的全名，如MeimeiHan；

“Organization”、“Department”、“City”、“URL”：這4個部分我們選填，可填可不填；

“Stateor region”：這里如果是美國公民可以選擇自己所在的州，其他國家不需要填寫；

“Countryor area name”：選擇“China”。

然后點擊最下面的“Submitinformation”按鈕，提交信息。

⑹提交信息后，就會彈出PhysioNet登錄窗口，填入用戶名和剛剛設(shè)置的密碼，然后就會跳轉(zhuǎn)到自己的個人頁面。

⑺至此，我們的PhysioNet賬號就已經(jīng)注冊完成。

2.提交CITI證書，申請數(shù)據(jù)庫使用權(quán)

⑴登錄數(shù)據(jù)庫申請頁面：

https:///works/MIMICIIIClinicalDatabase/access.shtml

⑵PhysioNet限制數(shù)據(jù)庫為個人使用，不得以單位機構(gòu)為主體進行申請使用，所以在申請以前，我們需要簽署“PhysioNetClinical Database Restricted Data UseAgreement”協(xié)議，承諾數(shù)據(jù)僅限個人使用，不會分享給他人，建議大家快速瀏覽一遍。

滑倒頁面最后，點擊“Iagree”，表示同意協(xié)議書內(nèi)容，自動跳轉(zhuǎn)頁面。

⑶新跳轉(zhuǎn)的頁面時數(shù)據(jù)庫使用同意書，需要再次填寫自己的相關(guān)信息和課題簡述。這個頁面的信息基本都要填寫，這樣通過審批幾率會高點。

⑷接下來我們就要又要填填填了。

在第一部分：這里要填入基本信息

“Myfirst (given) name(s)”：這里輸入你的名字；

“Mylast (family) name(s) ”：這里輸入你的姓氏；

“Suffix(e.g., Jr.)”：名字后綴，大概你們都沒有吧；

“Telephonenumber, including country/area code”：這里輸入你的手機號碼+國家區(qū)域碼，中國的區(qū)碼是+86；

“Organization”：這里輸入你的機構(gòu)；

“Titleor position”：這里輸入你的頭銜或職位；

“Streetaddress”：這里輸入你的機構(gòu)街道；

“City”：這里輸入你的機構(gòu)所在城市名；

“State/Province”：這里輸入你的省份；

“ZIP/postalcode”：這里輸入你的郵政編碼；

“Country”：選擇“China”；

“Webpage”：無視吧～

⑸在第二部分：我們需要提交自己的CITI證書

“Humanstudies training course (name of course)”：輸入“Dataor Specimens Only Research”；

“Datecompleted”：選擇自己獲取證書的時間；

“Trainingcompletion report”：點擊選擇“選擇文件”，在打開的文件瀏覽器中選擇自己的證書。

⑹在第三部分：這里需要提供了解自己課題的共同作者或同事等，這里的信息注意務(wù)必仔細核對，對數(shù)據(jù)庫的成功申請很重要，數(shù)據(jù)庫審批人員到時會聯(lián)系他們了解情況。

“Referencecategory”：這里可以選擇“colleague”同事或“co-author”課題共同作者；

“Reference'sname”：這里輸入同事或共同作者的名字；

“Reference'stelephone number”：這里輸入同事或共同作者的聯(lián)系方式，記得加入?yún)^(qū)號；

“Reference'semail address”：這里輸入同事或共同作者的電子郵箱；

“Reference'stitle”：這里輸入同事或共同作者的頭銜。

⑺在第四部分：我們需要在“Generalresearch area for which the data will beused”文本框內(nèi)簡介我們將會如何使用數(shù)據(jù)庫，可以給大家一個簡單的模板：

Thedata will be used for the research of “……”

然后點擊下面的“SubmitDUA”，提交申請。

⑻然后會跳轉(zhuǎn)到信息確認頁面，告知在幾個工作日內(nèi)進行審批，同時會發(fā)送一份信息確認復(fù)件至你的郵箱。

3.數(shù)據(jù)庫審批員聯(lián)系你填寫的同事或共同作者

基本工作日提交數(shù)據(jù)庫審批后，審批員基本會在第2天或第3天就聯(lián)系你填寫的同事或共同作者，詢問他們是否熟知你的課題以及是否應(yīng)該對你開放數(shù)據(jù)庫。

回復(fù)的郵件內(nèi)容應(yīng)明確說明對你課題的熟悉及交代應(yīng)該對你開放數(shù)據(jù)庫的原因，基本寫的誠懇點都會給通過的。

4.數(shù)據(jù)庫使用權(quán)申請通過

我們回復(fù)了審批員的郵件后，如果沒什么問題，在接下來的兩三個工作日內(nèi)我們就會收到回執(zhí)，通知審批通過。

至此，我們的數(shù)據(jù)庫使用權(quán)就到手了，在我們的個人頁面上已顯示目前對我們開放的數(shù)據(jù)庫了。

現(xiàn)在我們在安裝數(shù)據(jù)庫以前來快速了解一下我們接下來要用的26個大表格。記住，為保護患者信息，很多具體的日期信息都是被轉(zhuǎn)換處理過的，不會出現(xiàn)如2010-10-01這樣的日期，但具體時間點是真實的。

1、ADMISSIONS病人入院情況，包括每個病人的入院代碼、病人標識碼、人口統(tǒng)計學(xué)資料等；

2、CALLOUT病人準備從ICU出科時的即時信息，包括具體ICU科室、病床號、出科日期、出科時是否感染了MRSA等；

3、CAREGIVERS監(jiān)護提供人員，是醫(yī)生、護士還是社工等；

4、CHARTEVENTS病人的呼吸機設(shè)定、神志狀態(tài)，患者入院期間的絕大多數(shù)信息都在這個大表里了；

5、CPTEVENTS病人操作記錄；

6、D_CPTCPT操作記錄代碼索引；

7、D_ICD_DIAGNOSESICD-9診斷代碼索引；

8、D_ICD_PROCEDURESICD-9手術(shù)操作代碼索引；

9、D_ITEMS記錄項目代碼索引，如代碼211就是用來表示心率的；

10、D_LABITEMS化驗項目代碼索引，如50820表示血氣化驗里的pH；

11、DATETIMEEVENTS各項操作日期信息；

12、DIAGNOSES_ICD病人診斷ICD-9碼；

13、DRGCODES病人診斷類別組；

14、ICUSTAYSICU出入科時間；

15、INPUTEVENTS_CV使用CareVue監(jiān)護系統(tǒng)記錄的入量信息；

16、INPUTEVENTS_MV使用Metavision監(jiān)護系統(tǒng)記錄的入量信息；

17、OUTPUTEVENTS病人出量信息；

18、LABEVENTS病人化驗項目結(jié)果；

19、MICROBIOLOGYEVENTS病人標本微生物病原體檢測結(jié)果；

20、NOTEEVENTS病程及出院錄記錄信息；

21、PATIENTS患者出生及死亡信息；

22、PRESCRIPTIONS病人用藥記錄；

23、PROCEDUREEVENTS_MV病人手術(shù)記錄

24、PROCEDURES_ICD病人手術(shù)記錄ICD-9碼；

25、SERVICES病人在院期間接受?？品?wù)信息；

26、TRANSFERS病人在院期間所有床位信息。