一、數(shù)據(jù)下載

首先打開GEO網(wǎng)站，搜索GSE79737，點(diǎn)擊GPL16570 參考數(shù)據(jù)信息。

可以知道，樣本的第一列是探針信息，gene_assignment是比對上的基因id，不過比對上的id有很多種，這里需要用后面簡單處理下。

按照教程下載

二、格式轉(zhuǎn)換

然后打開生信人GEO_Convert.exe工具。

點(diǎn)擊選擇文件讀入GSE79737_family.xml.tgz

注意此處選擇的時(shí)候，要看數(shù)據(jù)列是第二列（一般都是），然后看他其實(shí)是已經(jīng)取過log了。

然后ID處要注意，選擇剛才看到的gene_assignment列。

然后點(diǎn)擊導(dǎo)出樣本信息，導(dǎo)出數(shù)據(jù)矩陣。

三、篩選差異

然后打開DECenter篩選差異。

并將剛才導(dǎo)出的數(shù)據(jù)矩陣，樣本信息和輸出目錄選擇好。

點(diǎn)擊樣本信息按鈕，查看信息

看是配對樣本?？梢赃x擇limma進(jìn)行分析。（由于我這個(gè)數(shù)據(jù)質(zhì)量不是很好，所以這里我選擇P<>），abs(log2（FC））>1。

然后樣本類型列選擇treatment，運(yùn)行導(dǎo)出。

如果結(jié)果不好，可以反復(fù)的調(diào)整p和lfc進(jìn)行結(jié)果優(yōu)化。

結(jié)果會(huì)有三個(gè)文件，第一個(gè)limma.txt格式如下

第一列是基因id，第二列是log2(FC)，第三列是表達(dá)值，第四列是t值，第五列是p值，第六列是調(diào)整之后的p值（fdr），第七列是B值。這個(gè)文件可以用于后面繪制火山圖。

其中第一列、第二列，第六列是比較重要的指標(biāo)。

然后看篩選出來的差異基因。也就是Diff.txt.

重要的信息是第二列，第六列和最后一列。

然后看下TopExp.txt。這些是差異基因在各個(gè)樣本中的表達(dá)情況，可以用于后面繪制熱圖。

四、繪制火山圖

打開生信人繪制火山圖工具，選擇PBS;-vs-MG;.limma.txt文件（因?yàn)槲疫@個(gè)顯著的不多，所以用全部的來繪制。）

然后通過調(diào)整點(diǎn)的大小調(diào)整圖片，還是可以看到零星的幾個(gè)點(diǎn)。

五、繪制熱圖

繪制熱圖之前，打開topExp這個(gè)文件，修改id列

選中第一列，將其復(fù)制到第二個(gè)表格或者空白處。

選擇對其進(jìn)行分列，由于id之間是通過//分割，所以分列是選擇/來分割，然后將gene_symble列復(fù)制到原圖表中。

結(jié)果如下

打開聚類熱圖繪制工具，導(dǎo)入剛才處理完的表格。

然后選中RowZ-score，默認(rèn)歐式聚類進(jìn)行聚類。