嘉慶四年（1799年），清廷以勒保為經略大臣，明亮、額勒登保為參贊大臣，節(jié)制川、陜、楚、豫、甘五省官軍進擊，并曉諭州縣辦團練，堅壁清野，攻撫并施。使教匪處境艱難，張漢潮等相繼犧牲。嘉慶五年（1800年），清廷任勒保為四川總督，集主力于川西阻截教匪軍。經數次激戰(zhàn)，教匪退入南山和巴山老林。至嘉慶九年（1804年）九月，教匪殘部被清軍陸續(xù)擊破，教亂被平定。

沒有明確政治綱領

川楚陜五省白蓮教亂從性質上來說是一次披著宗教外衣的農民階級領導的起義，“所謂宗教戰(zhàn)爭也根本是為著十分明確的物質的階級利益而進行的，這些戰(zhàn)爭……都是階級斗爭?！睆谋举|上講，白蓮教亂仍然是農民階級反對地主階級的階級斗爭，“一切社會變遷和政治變革的終極原因，不應當在人們的頭腦中，而應當在生產方式和交換方式的變革中去尋找”。

教亂軍主要由破產農民、失業(yè)工人、流民、棚民及雇工組成，教亂軍的領導階級實際上是分散經營的小生產者，他們思想意識保守、狹隘，與歷史上無數次的農民起義一樣，由于其階級的局限性，白蓮教的領導階層仍然不可能提出徹底解放他們的政治綱領。白蓮教亂前川楚陜社會這種特殊的社會經濟關系，決定了參加起義的階層的階級性質，從而制約了白蓮教亂不可能提出明確的政治綱領。

白蓮教亂軍所采取的軍事行動，僅為解決生活問題，沒有遠大的目標，也提不出進一步的政治綱領，而這種沒有革命遠景的單純軍事行動，不可能經常鼓舞群眾的斗志，以號召農民來反抗統治階級。

勞動人民跟著白蓮教起來反抗清朝統治者的剝削與壓迫只是暫時的現象，白蓮教亂軍很難取得廣大人民群眾長期的支持與清軍進行長期的斗爭。階級的局限性決定了他們不可能去奪取封建政治重心的城市，更不可能建立自己的根據地來保存和發(fā)展自己的實力。

流寇主義風氣

游擊戰(zhàn)爭是中國歷代農民起義反抗統治階級的主要斗爭形式，但如果僅僅停留在游擊戰(zhàn)爭上，不把大小隊伍匯合壯大進行集中統一的斗爭，是不可能取得最終的勝利的。白蓮教亂軍多由破產農民、手工業(yè)者、城市無產游民及農場雇工組成，中途更有大量流民加入，他們都受到官僚、地主及手工業(yè)場主的剝削及壓迫，生活朝不保夕、漂泊不定，經濟地位很不穩(wěn)定。

加入教亂軍之后，自然會把原來的經濟生活習慣及所帶有的意識帶進亂軍的隊伍，這種社會根源導致了白蓮教亂軍在整個起義過程中都采取了流寇主義的作戰(zhàn)方式。

例如白蓮教亂初期，襄陽教亂軍從嘉慶二年（1797年）正月到同年十二月，在一年的時間內，兩次進入陜西，兩次進入四川，繞三省邊界轉了半個圈子，行程幾千公里。白蓮教亂軍在漢水川楚陜南巴老林地區(qū)穿來穿去進行東蕩西游的游擊戰(zhàn)，也沒有建立起穩(wěn)固的根據地進行統一的戰(zhàn)爭。

在白蓮教亂初期，義軍的力量不夠強大，這種“東蕩西游”的游擊戰(zhàn)無疑是正確的和必要的，但機械呆板的運用勢必導致教亂軍最后的失敗。對白蓮教亂軍這種流寇式作戰(zhàn)方式，清政府應付闕如，采取了堅壁清野、筑堡團練的政策。白蓮教始終處于清政府軍隊的追剿下。清政府“堅壁清野”的政策，切斷了亂軍與當地人民群眾的聯系，使白蓮教亂軍的糧食和兵員得不到補充，教亂軍受到重大打擊，軍事行動難以為繼，最終導致了教亂軍的失敗。

內部宗派主義

白蓮教亂軍本身是一個個狹隘的小集團組成，它以自然經濟為基礎，為一個社會特定的階層或特定的集團利益服務。它幾乎吸收了各個階層的人物，由于各自利益不一致，在反對清政府封建剝削和階級壓迫前進的道路上，必然會有所分化，必然會產生宗派主義。在清政府招撫政策宣傳之后，很多已加入白蓮教義軍的下層群眾開始動搖。清政府的這些政策，使得“困極思安”、“久勞思息”的白蓮教亂軍紛紛乞降、投誠，出現了“賊伙自行投誠及難民由賊營逃出者絡繹不絕”的情況。