1856年五月，清軍的江南大營(yíng)在南京孝陵衛(wèi)被太平軍擊破，大量的清軍敗退駐至丹陽(yáng)。六月二日，太平軍燕王秦日綱率陳玉成、李秀成等將領(lǐng)，經(jīng)白兔鎮(zhèn)開(kāi)始進(jìn)逼丹陽(yáng)五里鋪一帶，隨后分兵五路與清總兵張國(guó)梁、副將王浚等交戰(zhàn)，當(dāng)時(shí)的丹陽(yáng)成為了太平軍自鎮(zhèn)江南下金壇、溧陽(yáng)，從天京東進(jìn)常州、蘇州、上海的戰(zhàn)略必爭(zhēng)之要地，而丹陽(yáng)又成了清軍江南大營(yíng)駐地和力圖扼守江南的一個(gè)軍事重鎮(zhèn)，戰(zhàn)略得失相當(dāng)之重要。

此后的幾年內(nèi)，太平軍和清軍雙方均以數(shù)萬(wàn)的兵力，分別部署在丹陽(yáng)南門外皇莊橋、賓村、鳳凰岡以至簡(jiǎn)瀆河迤東珥陵一線，在西門外的十里牌、博洛、馬陵和香草河沿岸兩側(cè)的廣大地區(qū)，在縣北部埤城至諫壁一帶，雙方連年都在進(jìn)行著拉據(jù)式爭(zhēng)戰(zhàn)，雙方戰(zhàn)斗呈現(xiàn)出膠著的狀態(tài)。在1859年，太平軍相繼攻克了句容、高淳、溧水、常州、蘇州、宜興等地后，丹陽(yáng)已成為了清軍在江南的最大集結(jié)地。

1860年閏三月廿一日，天京解圍后，英王陳玉成、忠王李秀成、侍王李世賢等軍向東追擊清軍。廿九日，陳玉成、李秀成等率領(lǐng)太平軍開(kāi)始猛烈進(jìn)攻丹陽(yáng)城，在丹陽(yáng)城東南黃土橋擊敗了清軍，并擊斃湖北提督王浚、壽春鎮(zhèn)總兵熊天喜等人。在清軍大亂潰逃之后，陳玉成等率太平軍攻占了城西土山，在西門長(zhǎng)橋擊斃了清軍副將蔡其榮，太平軍進(jìn)而直抵城下，同時(shí)，占領(lǐng)土橋的太平軍也用炮俯擊城中，并架設(shè)云梯攻入西門，此戰(zhàn)使得清將和春率敗軍從東門逃出，張國(guó)梁亦從東門長(zhǎng)橋逃竄。此時(shí)，由于路上潰敗清兵的壅阻，致使馬不能行，陳玉成太平軍又追至，清將張國(guó)梁策馬過(guò)河，被水溺死，丹陽(yáng)知縣方浚泰也戰(zhàn)死在亂軍之中，此戰(zhàn)太平軍獲得了全勝，斃清軍一萬(wàn)多人。

1864年二月初，清軍開(kāi)始占領(lǐng)了馬陵，太平軍不得不退守至水湖、博洛兩地。隨后，清軍將領(lǐng)詹啟綸統(tǒng)率馮子材、魁玉分兩路進(jìn)攻丹陽(yáng)城，一路由辛豐攻丹陽(yáng)城北，一路由馬陵攻丹陽(yáng)城西，總兵力約8500人。

最初，清軍總兵張文德數(shù)次率部攻擊博洛，太平軍陳聚城率數(shù)千人來(lái)救，并攻擊了馬陵刁經(jīng)明部，當(dāng)時(shí)水湖的太平軍已投降清軍，水湖已被清軍陶茂壽部所占。二月二十一日，陳聚城集結(jié)太平軍上萬(wàn)人，分路進(jìn)攻陶茂壽、刁經(jīng)明部清軍。張文德后率大隊(duì)人馬與陶茂壽、刁經(jīng)明兩部迎戰(zhàn)太平軍，并繞攻太平軍的后方，使得太平軍首尾不能兼顧，只得兵敗回城。從而張文德匯合了幾路清軍圍攻博洛?？稍诙?，太平軍內(nèi)嘩變，捆縛了守將獻(xiàn)王王汶發(fā)開(kāi)城投降清軍，博洛營(yíng)壘最終被清軍攻破，此時(shí)，太平軍所占江南地區(qū)的城池相繼陷落，丹陽(yáng)已成為了太平軍在江南地區(qū)最后據(jù)守的城堡。

三月十一日，太平軍大隊(duì)人馬由西門湖堤出擊清軍，另軍從南路攻擊總兵張文德等所率清軍。隨后兩天，兩軍又兩度進(jìn)行激烈的交戰(zhàn)，至十五日，太平軍與詹啟綸、刁經(jīng)明、訥依楞阿等所率清軍交戰(zhàn)于西瓜山下，清軍傷亡非常之重，但后來(lái)，太平軍中了清軍詹啟綸所率山炮部隊(duì)的埋伏而使得戰(zhàn)果失利，西瓜山營(yíng)壘4座反而轉(zhuǎn)被清軍擊毀，這時(shí)，清軍都統(tǒng)富明阿又調(diào)遣總兵楊心純帶領(lǐng)兵勇500人、參將劉福興帶領(lǐng)兵勇400人渡江過(guò)來(lái)助陣，因而太平軍反勝為敗，

三月廿二日，在縣城東北黃墟一帶，太平軍的9座營(yíng)壘全部被清軍攻占。廿六日，清軍分三路進(jìn)擊，太平軍也分出三路應(yīng)戰(zhàn)，雖擊斃了清軍參將李慶國(guó)，但由于守駐十里牌、西門橋、南門外、固村等處太平軍投降了清軍，致使兵敗如山倒。

1864年四月初三日，清將詹啟綸、張文德等率清軍又進(jìn)撲縣城，遭到了太平軍的頑強(qiáng)抵御，初八日，清軍啟用了在太平軍中的叛徒黃先知、杜玉成等作為內(nèi)應(yīng)，向城內(nèi)的太平軍全面攻擊，揚(yáng)州軍總兵詹啟綸、副將刁經(jīng)明從東北進(jìn)攻丹陽(yáng)城，鎮(zhèn)江軍總兵張文德、副將楊青山率部從西南進(jìn)攻城內(nèi)。太平軍然王陳時(shí)永、柬王賴桂芳等人率太平軍與清軍進(jìn)行激烈的近距離巷戰(zhàn)，然王陳時(shí)永受傷后倒地，被叛徒斬首，柬王賴桂芳及廣王李愷順、梁王凌國(guó)鈞、鄒王周林保、列王金友順等將領(lǐng)被俘，至此，丹陽(yáng)城被清軍占領(lǐng)， 丹陽(yáng)的陷落，標(biāo)志著太平軍在江南地區(qū)最后據(jù)守防線的崩潰。