在芯片測(cè)序類文章能發(fā)幾分一文中，我們分析了17年的芯片測(cè)序類文章的整體情況，結(jié)果表明circRNA的文章還是蠻堅(jiān)挺的。

目前circRNA可用的數(shù)據(jù)庫(kù)同它的相關(guān)文章一樣還比較少，今天給大家扒一扒circRNA有哪些好用的數(shù)據(jù)庫(kù)。

在circBase（http://www./cgi-bin/listsearch.cgi）中，我們可以通過(guò)circRNA名稱（hsa_circ_0010153），轉(zhuǎn)錄本名稱（NM_133494），染色體定位（chr1:12359258-12382803）檢索circRNA的信息（序列，定位，gene_symbol等信息），你也可以直接檢索mRNA相關(guān)（TP53）或是生物學(xué)過(guò)程相關(guān)（apoptosis）的circRNA。

circBase有blat功能可以進(jìn)行序列比對(duì)，用于了解基因的物種保守性，不過(guò)物種較少

推薦使用UCSC（http://genome./）的blat功能

其實(shí)circBase的序列信息還是源于UCSC

但是在UCSC中直接用hsa_circ_0010153直接搜，還偏偏搜不出下面這樣的結(jié)果

點(diǎn)開(kāi)一條序列，即可獲取該條序列的信息

前面在circBase中，我們已經(jīng)獲取了circRNA的位置信息了，所以就不需要再一個(gè)個(gè)點(diǎn)開(kāi)查看基因序列了，直接在UCSC中輸入位置信息即可獲得完整的基因序列。

那我們獲取了基因序列可以干嘛呢？第一反應(yīng)當(dāng)然是預(yù)測(cè)miRNA咯~

在RegRNA 2.0（http://regrna2.mbc./）中，我們可以用基因序列做很多事情，當(dāng)然也包括預(yù)測(cè)miRNA。

miRNA預(yù)測(cè)結(jié)果如下

嫌上面這個(gè)預(yù)測(cè)circRNA的miRNA太麻煩？那你可以試試CircInteractome（https://circinteractome.nia./）

就是這么簡(jiǎn)單粗暴

以上的檢索結(jié)果如果都不能讓你滿意，你可以試試曲線救國(guó)的方式，用circRNA的gene sybmol來(lái)搜索相關(guān)的miRNA，比如hsa_circ_0009973的gens symbol是

VPS13D。不過(guò)這樣一來(lái)你得確認(rèn)circRNA與miRNA結(jié)合區(qū)域在mRNA和circRNA序列中都是存在的，如果結(jié)合區(qū)域由于剪切方式不同在circRNA中被剪沒(méi)了那就玩不起來(lái)了。此外由于circRNA是環(huán)狀的，所以在和miRNA結(jié)合時(shí)，自由能等等參數(shù)肯定會(huì)由于分子構(gòu)象發(fā)生改變，所以預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性也會(huì)打折扣。