整合基因組瀏覽器(IGV)是一種高性能的可視化工具，用來(lái)交互式地探索大型綜合基因組數(shù)據(jù)。它支持各種數(shù)據(jù)類型，包括array-based的和下一代測(cè)序的數(shù)據(jù)和基因注釋。IGV這個(gè)工具很牛，發(fā)了NB：

James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Nature Biotechnology 29, 24–26 (2011)

使用IGV的基本思路

安裝和配置

要用linux上的IGV（首先需要去官網(wǎng)下載一個(gè)Linux下的IGV），然后需要一個(gè)遠(yuǎn)程控制工具：

這里使用 VNC，網(wǎng)上下載破解版，安裝（輸入注冊(cè)碼即可破解，文章底部有注冊(cè)碼）。

運(yùn)行IGV

開(kāi)啟 linux 的 VNCserver，開(kāi)啟了之后，linux上會(huì)顯示節(jié)點(diǎn)和端口，用于Windows端的連接。

vncserver -geometry 1366x768  #調(diào)節(jié)分辨率

開(kāi)啟服務(wù)后，Linux會(huì)提示可以登錄的節(jié)點(diǎn)，登錄VNC需要你的ip、端口及VNC密碼。

運(yùn)行 VNC 客戶端（VNC viewer）里的 IGV.sh 開(kāi)啟可視化程序（打開(kāi)Windows的VNC會(huì)自動(dòng)跳轉(zhuǎn)到Linux下的IGV安裝目錄，雙擊IGV.sh即可打開(kāi)）。

1.載入?yún)⒖蓟蚪M數(shù)據(jù)

可以點(diǎn)擊選擇一個(gè)，也可以通過(guò)菜單欄Genomes載入文件。

2.載入排序后的bam文件

通過(guò)菜單欄的File，load from file。。。

IGV可視化數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

不是什么數(shù)據(jù)都可以拿IGV看的，參考基因組必須為FASTA格式；

IGV只是負(fù)責(zé)將比對(duì)結(jié)果可視化，并沒(méi)有比對(duì)過(guò)程，所以不能直接載入reads；

需要將待比對(duì)的reads與前面指定的參考基因組用bwa進(jìn)行比對(duì)；

比對(duì)后的sam文件也不能直接載入（麻煩），要轉(zhuǎn)bam；bam排序；bam建索引（可以一步完成）；

命令流程如下：

BWA出來(lái)的sam文件無(wú)法直接被 IGV 利用的，必須經(jīng)過(guò) samtools 處理后才能被 IGV 顯示出來(lái)。

samtools view -@ 10 -bS -F 4 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.sam > ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam

samtools sort -@ 10 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted

samtools index contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bai

samtools depth contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam >depth_reads.txt

wc -l depth_reads.txt > Coverage-aln_reads.txt

更多的使用細(xì)節(jié)參照 samtools 使用方法。

IGV 需要設(shè)置內(nèi)存,在看大型基因組時(shí)很吃內(nèi)存.

示例：

下面顯示的是組裝異常區(qū)，這是手動(dòng)連接的地方，Pacbio全部不能順利跨過(guò)去，說(shuō)明組裝有問(wèn)題。

 以下是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組比對(duì)可視化：

IGV基本操作

如何去掉右邊自動(dòng)彈出的框框？

藍(lán)色框起來(lái)的reads是啥？

…

IGV用戶指南

目錄：

1. 用戶界面


2. 開(kāi)始使用IGV


3. 導(dǎo)航


4. 加載一個(gè)基因組


5. 外部控制IGV


6. 查看參考基因組


7. 加載數(shù)據(jù)和屬性


8. 查看數(shù)據(jù)


9. 查看比對(duì)（核心）


10. 查看Variants


11. 基因列表視圖


12. 感興趣的區(qū)域


13. 樣本的屬性


14. 排序、分組和過(guò)濾


15. 保存和恢復(fù)會(huì)話


16. 服務(wù)器配置


17. Motif查找器


18. igvtools


19. BLAT 搜索

1.用戶界面

1.1 Main Window（主窗口）

1.tool bar（工具欄），menu bar（菜單欄），pop-up menus（彈出式菜單）。

2.染色體上的紅色盒子表示顯示這部分染色體，顯示完整染色體是紅框會(huì)消失。

3.尺度顯示了染色體的可見(jiàn)部分，刻度線顯示了染色體的位置，跨度列表顯示了當(dāng)前顯示的堿基的數(shù)量。

4.IGV在水平行顯示的數(shù)據(jù)稱為tracks。通常,每個(gè)tracks代表一個(gè)樣本或?qū)嶒?yàn)。這個(gè)例子展示了甲基化、基因表達(dá)、拷貝數(shù)，LOH和突變數(shù)據(jù)。

5.IGV也顯示某些特性,比如在tracks中的基因。默認(rèn)情況下,IGV在一個(gè)面板顯示數(shù)據(jù)，在另一個(gè)面板顯示數(shù)據(jù)特性。拖放一個(gè)track名稱，將一個(gè)track從一個(gè)面板移動(dòng)到另一個(gè)地方。

6.Track名稱列在最左邊面板。名字的易讀性取決于 tracks的高度，例如，track越小，它的名字的可讀性越小。

7.屬性名稱被列在頂部的屬性面板。彩色塊代表屬性值,每個(gè)獨(dú)特的值被都有一個(gè)獨(dú)特的顏色。鼠標(biāo)放在一個(gè)顏色塊的附近來(lái)查看其屬性值。

參考資料

IGV官網(wǎng)

IGV User Guide  和  HTML版本

Viewing Alignments（查看比對(duì)，核心文檔）

IGV軟件使用指南(博客)

修改VNC分辨率大小

軟件安裝：

RealVNC是一款免費(fèi)的遠(yuǎn)程控制程序，它是VNC （Virtual Network Computing）眾多操作平臺(tái)版本中的一員，這里小編提供的RealVNC適用于windows操作平臺(tái)，軟件采用2048 位 RSA 服務(wù)器驗(yàn)證和 128 位 AES 會(huì)話加密術(shù)，安裝此軟件的電腦可在全球各地遠(yuǎn)程操控自己的電腦，所操作平臺(tái)沒(méi)有任何限制。
功能特色

1.Windows 驗(yàn)證 —— 允許訪問(wèn) VNC 服務(wù)器以便控制基于標(biāo)準(zhǔn)的 Windows 用戶證書(shū)， 無(wú)論其是本地的、NT 域或者基于 Active Directory。
2.單一登錄 —— 允許在一個(gè)域內(nèi)部訪問(wèn) VNC 服務(wù)器而不需要重新輸入用戶的名稱和口令。
3.簡(jiǎn)單但有效的部署 —— 用 VNC Tool，即 VNC Deployment Tool for Windows 安裝和 管理 VNC Enterprise Edition 服務(wù)器。
4.桌面縮放 —— 通過(guò)精確的比例縮放，或動(dòng)態(tài)縮放為任何大小。
5.Windows 防火墻集成 —— 使 VNC Server 可以更直接的部署。
6.文件傳輸 —— 與 Windows 剪貼板結(jié)合，允許通過(guò) VNC 連接在服務(wù)器和查看器計(jì)算機(jī)之間 復(fù)制文件而不需要額外的配置。
最好的就是，與 VNC Enterprise 系列的其他產(chǎn)品一樣，VNC Enterprise Edition for Windows是由原始 VNC team 設(shè)計(jì)、開(kāi)發(fā)和維護(hù)的。
RealVNC注冊(cè)碼

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FBV9V-7Z3V9-MED3U-47SEU-85T3A
HA7MG-J8R3J-R3528-HC6P5-HTQ6A
B7SLM-7MAX5-B4M74-UTDBE-K5WFA
7736G-H4YBP-6ZCEU-AM3H4-QBTWA
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