大型的國(guó)際項(xiàng)目如TCGA，GTEx創(chuàng)造出了大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，為人們提供了數(shù)據(jù)挖掘、理解基因功能的機(jī)會(huì)。為了讓沒有生物信息學(xué)背景的研究人員也能夠輕易獲取、分析生物大數(shù)據(jù)，北京大學(xué)張澤民教授實(shí)驗(yàn)室的唐澤方等人通過 R 、Perl等語言對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理、可視化，設(shè)計(jì)了癌癥大數(shù)據(jù)分析網(wǎng)站GEPIA 。研究人員能夠通過GEPIA來提出問題或是驗(yàn)證假設(shè)。

GEPIA提供了關(guān)鍵的交互分析和定制功能，包括腫瘤/正常差異表達(dá)譜分析、剖面繪制、病理分期、患者生存分析，相似基因檢測(cè)分析和降維分析。通過簡(jiǎn)單的點(diǎn)擊GEPIA 就可以進(jìn)行綜合全面的表達(dá)分析。接下來我們就詳細(xì)地介紹下：

1、首先，打開網(wǎng)站：http://gepia./

2、輸入你關(guān)注的基因，例如'KRAS'。打開后顯示該基因在人體的表達(dá)情況：

也可以查看該基因在不同腫瘤中的表達(dá)情況：

查看該基因在癌組織與癌旁組織中的表達(dá)情況：

3、點(diǎn)擊differential gene，可以用ANOVA來統(tǒng)計(jì)某種腫瘤中的差異基因

差異基因有不同的顯示形式，如下圖是在染色體中的位置，此外差異列表也可以以箱線圖的方式顯示：

4、GEPIA還能搜尋共表達(dá)基因，選擇腫瘤和對(duì)應(yīng)的正常組織，就能看共表達(dá)趨勢(shì)了：

接下來就可以看到共表達(dá)的散點(diǎn)圖：