統(tǒng)治中亞的察合臺(tái)汗國(guó)一分為二，西察合臺(tái)汗國(guó)被帖木兒帝國(guó)取代，帖木兒帝國(guó)又被烏茲別克汗國(guó)滅亡，中亞進(jìn)入諸汗國(guó)并立時(shí)期；而東察合臺(tái)汗國(guó)繼續(xù)存在到1570年，被葉爾羌汗國(guó)取代。

葉爾羌汗國(guó)（1514—1680年）的建立者是賽依德（1487—1533年）。他出身于東察合臺(tái)汗國(guó)(1348一1514)的王室家族，生于吐魯番，其父是東察合臺(tái)汗國(guó)的第12任汗阿黑麻。阿黑麻在位時(shí)，把都城設(shè)在吐魯番。1501年，阿黑麻帶兒子賽依德前往塔什干支持馬哈木對(duì)抗昔班尼。東察合臺(tái)汗國(guó)被打敗，賽依德被棄于戰(zhàn)場(chǎng)，被當(dāng)?shù)厝怂偷桨⒑谖?，該城達(dá)魯花赤巴耶濟(jì)德叛變，他被送到監(jiān)獄。他在與烏茲別克人的戰(zhàn)爭(zhēng)中被擒獲；開始了在中亞的流亡生活。

阿黑麻1504年死在阿克蘇，其長(zhǎng)子滿速兒（1483年－1545年）在吐魯番即位，成為東察合臺(tái)汗國(guó)的第13任汗。1508年，賽依德積聚起來(lái)的一 點(diǎn)力量，被他的兄長(zhǎng)滿速兒汗擊潰。年底，他抵達(dá)喀布爾(今阿富汗首都)投奔了他的表兄巴布爾——印度莫臥兒帝國(guó)的創(chuàng)建者。1514年春，流亡在喀布爾的賽依德召集舊部5千人馬，從費(fèi)爾干納進(jìn)攻南疆，擊潰南疆統(tǒng)治者杜格拉特部埃米爾阿巴拜克所率5萬(wàn)軍隊(duì)，乘勝追擊至拉達(dá)克山，殺阿巴拜克，盡據(jù)六城。1514年9月，賽依德登上汗位，以葉爾羌（現(xiàn)在的莎車）為都城，歷史上稱之為葉爾羌汗國(guó)。

葉爾羌汗國(guó)建立之后，在東察合臺(tái)汗國(guó)境內(nèi)出現(xiàn)了兩個(gè)政權(quán)并存的局面。1543年，滿速兒汗死，子沙汗繼位。1565年，沙汗死于一次襲擊瓦刺的戰(zhàn)斗中。馬速王子自立為汗。1570年，葉爾羌汗國(guó)的第三代汗阿不都克里木(熱西德汗的次子) 派四個(gè)弟弟瑣非、馬黑麻、阿布撒亦和忽來(lái)失率軍東征，攻入吐魯番，俘虜馬速汗，吐魯番汗國(guó)（東察合臺(tái)汗國(guó)）滅亡。結(jié)束了自東察合臺(tái)汗國(guó)中期以后天山南路分為東西兩部的局面，實(shí)現(xiàn)了統(tǒng)一。

葉爾羌汗國(guó)的疆域包括吐魯番,哈密，塔里木盆地。汗國(guó)版圖的東方是嘉峪關(guān)、南方是西藏、西南是克什米爾、博羅爾,巴爾蒂斯坦,西方與蒙兀兒帝國(guó)為鄰，與烏茲別克以費(fèi)爾干納谷地為界，北方以天山為界，與哈薩克相鄰。

葉爾羌汗國(guó)信奉伊斯蘭教，各和卓的勢(shì)力很大。后來(lái)分為黑山派和白山派，兩派互斗不已，直到亡國(guó)。白山派的支持者是哈薩克人,黑山派的支持者是吉爾吉斯人。白山派在喀什噶爾統(tǒng)治,黑山派在葉爾羌統(tǒng)治。因?yàn)楹髞?lái)很多大城市由吉爾吉斯人管理,因此葉爾羌汗國(guó)有時(shí)被稱為吉爾吉斯汗國(guó)。在阿布都克里木汗時(shí)期（1560年代至1590年代初），伊斯蘭教的“和卓”一派即開始進(jìn)入葉爾羌汗國(guó)。阿布都克里木汗之子馬黑麻汗繼位以后，黑山派和卓受到汗王的大力支持，這一教派在葉爾羌汗國(guó)內(nèi)迅速發(fā)展。稍后，白山派也進(jìn)入該國(guó)，要求分享黑山派的權(quán)力。兩派之間的矛盾越來(lái)越尖銳，甚至發(fā)生血腥廝殺。1670年（清康熙九年），黑山派擁立伊思瑪業(yè)勒為葉爾羌汗。伊思瑪業(yè)勒汗鎮(zhèn)壓白山派。白山派首領(lǐng)阿帕克和卓經(jīng)克什米爾逃往西藏。后來(lái)他假借五世達(dá)賴介紹的名義，前往準(zhǔn)噶爾勾結(jié)渾臺(tái)吉噶爾丹。噶爾丹于1678年（康熙十七年）進(jìn)軍葉爾羌，將伊思瑪業(yè)勒汗及其家族俘獲，帶回準(zhǔn)噶爾，另立阿帕克和卓為傀儡國(guó)王。1680年葉爾羌汗國(guó)亡。