本文轉(zhuǎn)載自：腫瘤資訊

黃曲霉相關(guān)的原發(fā)性肝癌是中國多見的肝癌類型。對此，泛生子科技團(tuán)隊(duì)同中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院、啟東（黃曲霉肝癌的高發(fā)區(qū)域）肝病研究所就黃曲霉肝癌基因圖譜進(jìn)行了深入的研究。通過對樣本全外顯子測序分析、蛋白結(jié)構(gòu)分析等一系列研究，科研團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)除常見的TP53\TERT\Wnt等驅(qū)動基因及通路之外，在20%的受檢人群體內(nèi)存在ADGRB1（BAI1基因）的高頻突變（圖一），且該基因的異常與血管生成表型相關(guān)。

圖一

此外，科研團(tuán)隊(duì)通過基因突變指紋圖譜（mutation signature）分析發(fā)現(xiàn)，黃曲霉肝癌基因突變主要為C>A堿基的突變（50%以上），與其他類型肝癌的突變頻譜存在差異，這種差異表現(xiàn)可作為病因分析的依據(jù)。因此可推斷，通過分析每個(gè)肝癌個(gè)體不同指紋的權(quán)重和比例，有助于定量分析各致病原因的比例，明確肝癌的發(fā)生原因。通過這種生物信息分析發(fā)現(xiàn)，中國非高發(fā)區(qū)的普通人群中發(fā)生的肝癌，也有10%左右與黃曲霉暴露密切相關(guān)，這一比例遠(yuǎn)高于美國、歐洲和日本等國家。

同時(shí)，與吸煙引發(fā)的肺癌相同，黃曲霉肝癌具有較高的腫瘤突變負(fù)荷（TMB）及PD-L1高表達(dá)，提示潛在獲益于PD-1/L1類免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療。

綜上，黃曲霉肝癌基因組學(xué)研究成果對于其臨床診斷和治療均具有重要價(jià)值，并為未來探尋其他類型肝癌的精準(zhǔn)診療提供科研思路。

人體干細(xì)胞隨著不斷的分裂和增殖，都會經(jīng)歷端粒DNA逐漸縮短至最終細(xì)胞凋亡這一過程。腫瘤細(xì)胞為了在體內(nèi)長期生存，需要克服這一死亡機(jī)制，持續(xù)維護(hù)端粒完整性。研究表明，90%的腫瘤細(xì)胞會進(jìn)行端粒酶高表達(dá)，且端粒酶可通過逆轉(zhuǎn)錄合成端粒DNA片段；而剩下約10%的腫瘤細(xì)胞雖然不能高表達(dá)端粒酶，但采用另一種端粒替代延長機(jī)制（alternative lengthening of telomeres, ALT）來保證端粒的長度。

2013年，由閻海教授領(lǐng)銜的的泛生子科學(xué)家團(tuán)隊(duì)對大量腫瘤細(xì)胞進(jìn)行檢測，發(fā)現(xiàn)40%-50%的肝癌患者均存在TERT基因（端粒逆轉(zhuǎn)錄酶）啟動子區(qū)域的兩個(gè)熱點(diǎn)突變（圖二）。TERT基因的突變導(dǎo)致了腫瘤細(xì)胞端粒酶的高表達(dá)，從而使癌細(xì)胞得以在體內(nèi)長期生存。

圖二

通過整合分析ICGC和TCGA的數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)，超過68%的肝細(xì)胞癌患者攜帶TERT相關(guān)變異。與此相反，在數(shù)據(jù)庫中13例肝內(nèi)膽管癌均未發(fā)現(xiàn)TERT變異，而其它相關(guān)研究的數(shù)據(jù)顯示，肝母細(xì)胞癌、膽囊腫瘤也罕見TERT變異。提示TERT基因?yàn)闈撛诘母文懩[瘤分子分型和鑒別診斷的重要biomarker。

圖三

此外，如圖三所示，TERT突變在HBV、HCV感染、非病毒感染的肝細(xì)胞癌中均有相似程度的高頻突變，且在肝硬化惡性轉(zhuǎn)化癌變的早期極為常見。因此，TERT基因也可作為肝癌早期診斷和治療的重要biomarker。

2009年，閻海教授團(tuán)隊(duì)經(jīng)過大量研究，在腦膠質(zhì)瘤中發(fā)現(xiàn)了IDH1及IDH2熱點(diǎn)突變。2012年DARRELL R. BORGER 等人經(jīng)研究發(fā)現(xiàn)，約10%~23%的肝內(nèi)膽管癌患者同樣存在IDH1/2熱點(diǎn)突變，而肝外膽管癌罕見，提示IDH1/2突變?yōu)楦蝺?nèi)膽管癌的特征性標(biāo)簽（圖四）。而基于IDH1/2變異的靶向治療和免疫治療臨床實(shí)驗(yàn)的開展，為肝內(nèi)膽管癌患者提供更多的治療選擇和生存希望：IDH抑制劑用于復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移肝內(nèi)膽管癌治療的III期臨床試驗(yàn)正在進(jìn)行中。

圖四

2009年一位43歲的女性被診斷為低分化肝內(nèi)膽管癌，先后經(jīng)過手術(shù)、化療和常規(guī)的TIL（自體腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞）治療，但仍多次復(fù)發(fā)并出現(xiàn)肝肺多發(fā)轉(zhuǎn)移。就在該患者幾乎被判“死刑”的時(shí)候，美國NIH機(jī)構(gòu)在2013年10月對她嘗試“TMG-TIL”治療。

簡單介紹TMG-TIL治療方式（流程如圖五）：首先對轉(zhuǎn)移灶進(jìn)行手術(shù)切除，對組織樣本進(jìn)行全外顯子測序，找到可能高表達(dá)特異性抗原的突變基因。同時(shí)，從組織中分離被腫瘤浸潤的T淋巴細(xì)胞，并進(jìn)行培養(yǎng)擴(kuò)增。根據(jù)基因測序結(jié)果，將找到的突變位點(diǎn)串聯(lián)合成為一小段基因序列（TMG）, 并嵌入質(zhì)粒后轉(zhuǎn)染至抗原呈遞細(xì)胞，用以表達(dá)腫瘤特異的新生抗原，隨后和組織中分離后擴(kuò)增的T細(xì)胞共培養(yǎng)，篩選出能夠識別新生抗原的T細(xì)胞，再將此類T細(xì)胞富集活化并回輸體內(nèi)。

圖五

再回到案例中，患者的轉(zhuǎn)移灶樣本經(jīng)全外顯子測序共發(fā)現(xiàn)26個(gè)基因的非同義變異，共設(shè)計(jì)3個(gè)TMG結(jié)構(gòu)，通過一系列體外驗(yàn)證篩選實(shí)現(xiàn)，最終確定僅有ERBB2IP突變形成的肽段能夠特異性激活患者TIL。因此，科學(xué)家決定針對ERBB2IP突變實(shí)施該治療方法（圖六）。 

圖六

首次定向TIL治療1年半后，對患者肺部轉(zhuǎn)移灶進(jìn)行切除，仍能在病灶浸潤的淋巴細(xì)胞中分離到ERBB2IP突變活化的T細(xì)胞。該T細(xì)胞實(shí)現(xiàn)了有效浸潤并具備了一定的腫瘤殺傷能力。第二輪定向TIL治療后，肺部轉(zhuǎn)移灶雖再次進(jìn)展，但采用Pembrolizumab聯(lián)合治療后，肺部病灶明顯縮小，肝部病灶持續(xù)穩(wěn)定。基于基因檢測進(jìn)行的個(gè)性化免疫治療，有效緩解轉(zhuǎn)移性肝內(nèi)膽管癌逾5年。

因此，這種個(gè)體化免疫治療的創(chuàng)新方法能夠在臨床中得到應(yīng)用，要求我們首先要明確患者特有的基因信息和腫瘤基因突變情況，從而有的放矢地實(shí)施免疫治療打擊，實(shí)現(xiàn)真正的精準(zhǔn)治療。

基因檢測可有效地協(xié)助我們更準(zhǔn)確地認(rèn)識癌癥、診斷癌癥，并以此研發(fā)出更多的精準(zhǔn)治療手段。隨著IDH等突變基因逐步被發(fā)現(xiàn)，在分子層面上，越來越多的腫瘤發(fā)生發(fā)展機(jī)制的研究得到了有效推進(jìn)。而近年來靶向治療、免疫治療等手段的快速發(fā)展，同樣離不開基因組學(xué)的輔助和指導(dǎo)。相信在不久的將來，肝膽腫瘤的精準(zhǔn)診療已不再是空談，而治愈肝膽腫瘤也計(jì)日可期。