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如果有一段序列，想找到其上下游基因，方法很多，發(fā)現(xiàn)用UCSC比較直觀明了。 以下面這段人源序列為例，首先打開UCSC 的Blat界面，選擇基因組為“Human”，版本選擇最新的“Fed.2009(GRCh37/hg19)”，其它的采用默認(rèn)的，在文本域中拷入下面的序列，點(diǎn)擊文本域下的“submit”提交就可以了。 在接下來(lái)的頁(yè)面選擇第一個(gè)100%匹配的結(jié)果，如果你的序列有多個(gè)100%匹配的結(jié)果，那么說(shuō)明此序列在基因組中多個(gè)位置存在。點(diǎn)擊“browser”的鏈接就進(jìn)入了瀏覽器模式，如果你想知道序列的詳細(xì)情況可以點(diǎn)擊旁邊的“detail”。 在瀏覽器模式下，首先設(shè)置顯示的內(nèi)容，默認(rèn)的太多了，沒法看，如果只想找基因的話，只需要下圖標(biāo)出的兩個(gè)就可以了，其它的都設(shè)為“hiden”，設(shè)置好一組后就點(diǎn)上面的“refresh”，馬上就可以看到上面圖形的變化。  下圖顯示了一些主要區(qū)域的說(shuō)明，通過(guò)“zoom in”和“zoom out”放大縮小基因組的顯示范圍，通過(guò)左邊”move”調(diào)整你的序列在圖形在的位置，一個(gè)基因顯示多排說(shuō)明此基因有多個(gè)編碼方式及對(duì)應(yīng)多個(gè)accession num。  通過(guò)不斷縮小就可找到你的序列上下游基因如下圖，其它東東可以自己一個(gè)個(gè)慢慢研究。 
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來(lái)自： 連果啦啦 > 《生物信息學(xué)》
