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      三大國(guó)際權(quán)威協(xié)會(huì)發(fā)布產(chǎn)前診斷中基因組測(cè)序

       明月美譽(yù)館 2018-12-26


          在生物技術(shù)進(jìn)步的推動(dòng)下,DNA測(cè)序已迅速成為臨床遺傳病診斷的重要工具。目前,使用靶向Panel或全外顯子組測(cè)序是臨床基因檢測(cè)使用的主要方法,然而全基因組測(cè)序隨著價(jià)格的下降有可能成為有競(jìng)爭(zhēng)力的檢測(cè)方案。為了響應(yīng)將基因測(cè)序整合到臨床護(hù)理中并讓相關(guān)從業(yè)人員認(rèn)識(shí)到其復(fù)雜性,特別是用于產(chǎn)前診斷疑似遺傳性疾病的胎兒時(shí),國(guó)際產(chǎn)前診斷學(xué)會(huì)(ISPD)專家組、母胎醫(yī)學(xué)會(huì)(SMFM)、圍產(chǎn)期質(zhì)量基金會(huì)(PQF)聯(lián)合為提供此服務(wù)的從業(yè)者和實(shí)驗(yàn)室列出了以下“需要考慮的要點(diǎn)”。

       

          全外顯子組測(cè)序是用于評(píng)估胎兒的新興技術(shù),可用于超聲上檢測(cè)到的結(jié)構(gòu)異常胎兒。最近的一項(xiàng)系統(tǒng)性文獻(xiàn)綜述(2014年至2017年)揭示了具有結(jié)構(gòu)異常的胎兒的其基因診斷陽(yáng)性率差異很大(6.2-80%),隨著入組胎兒標(biāo)準(zhǔn)的完善,包括一家三口(trio)分析,胎兒多系統(tǒng)異常和關(guān)注結(jié)構(gòu)變異(包括拷貝數(shù)變異),發(fā)現(xiàn)陽(yáng)性的可能性會(huì)提高。隨著這項(xiàng)新技術(shù)的實(shí)施,需要解決患者對(duì)基因檢測(cè)的健康專業(yè)教育。該檢測(cè)對(duì)臨床醫(yī)生提出了重大挑戰(zhàn),包括父母和/或胎兒的偶然發(fā)現(xiàn)是否需要報(bào)告,對(duì)家庭成員的影響以及未來(lái)重新分析的時(shí)間節(jié)點(diǎn)。我們搜集了目前能找到的文獻(xiàn),包括系統(tǒng)評(píng)價(jià),隊(duì)列分析,政策指南評(píng)價(jià)和專家意見(jiàn),,以支持這一關(guān)于使用診斷全基因組測(cè)序進(jìn)行產(chǎn)前診斷的聲明。我們還從第21屆ISPD產(chǎn)前診斷和胎兒治療年會(huì)上的小組討論中納入了要素和評(píng)論。

       

      雖然在23條染色體中有30億個(gè)核苷酸(堿基對(duì)),但只有約1.5%的遺傳信息編碼人類基因組中的20,000個(gè)基因。較少數(shù)量的疾病相關(guān)基因(4,000-5,000個(gè)鑒定的基因)被稱為“臨床外顯子組”,并且這些選擇的基因可以在某些實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行評(píng)估。

       

      該聲明的基本原則是,將新的遺傳技術(shù)引入生殖遺傳必須考慮到從現(xiàn)有的產(chǎn)前基因檢測(cè)中汲取的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn),考慮創(chuàng)新的影響,關(guān)注患者和醫(yī)生的教育,以及考慮更廣泛的道德和社會(huì)問(wèn)題。

       

      協(xié)會(huì)就產(chǎn)前診斷基因組測(cè)序的臨床應(yīng)用得出以下共識(shí)意見(jiàn),包括全外顯子組測(cè)序,使用臨床小組的靶向分析和全基因組測(cè)序,以下稱為測(cè)序:

      1. 引入診斷測(cè)序時(shí)需要在胎兒的標(biāo)準(zhǔn)診斷基因檢測(cè)(例如染色體微陣列分析CMA)為陰性結(jié)果之后,或者根據(jù)公認(rèn)的實(shí)踐指南與芯片同時(shí)檢測(cè),或者專家認(rèn)為根據(jù)胎兒表型異常測(cè)序比芯片檢測(cè)得到陽(yáng)性結(jié)果的可能性更大。

      2. 由于驗(yàn)證數(shù)據(jù)不足以及有關(guān)其益處和缺陷的知識(shí),目前無(wú)法支持臨床常規(guī)使用產(chǎn)前測(cè)序作為診斷測(cè)試,業(yè)內(nèi)需要有足夠人口數(shù)量進(jìn)行驗(yàn)證的前瞻性研究,一旦完成,可能會(huì)導(dǎo)致確認(rèn)或修訂該聲明。

       

      目前,理想情況下是按照科學(xué)研究思路來(lái)完成。 或者,當(dāng)懷疑某種遺傳疾病時(shí),可以在科研的框架之外進(jìn)行測(cè)序,通過(guò)測(cè)序可以更快速和準(zhǔn)確地獲得確證性遺傳診斷。此類病例應(yīng)在與具有測(cè)序臨床診斷應(yīng)用專業(yè)知識(shí)的多學(xué)科團(tuán)隊(duì)與基因?qū)I(yè)人員協(xié)商,并在專家指導(dǎo)下進(jìn)行管理,包括基因組測(cè)序結(jié)果的解釋以及它們?nèi)绾无D(zhuǎn)化為產(chǎn)前環(huán)境,以及產(chǎn)前影像學(xué)和咨詢。

       

      要考慮的要點(diǎn)

      對(duì)于基因組測(cè)序的所有診斷應(yīng)用,無(wú)論是在科學(xué)研究環(huán)境中還是在臨床上,建議考慮以下重點(diǎn):

      1. 胎兒適應(yīng)癥的診斷測(cè)序最好采用trio(一家三口)進(jìn)行,其中胎兒和兩個(gè)親本樣品一起測(cè)序和分析。該方法目前有利于結(jié)果解釋的及時(shí)性,并有助于為檢測(cè)到的變異評(píng)估致病性。如果僅進(jìn)行先證者測(cè)序,則診斷或潛在診斷發(fā)現(xiàn)的候選位點(diǎn)需要對(duì)父母進(jìn)行驗(yàn)證以評(píng)估是否符合遺傳模式。

      2. 目前在胎兒期鑒定的遺傳疾病的基因型 - 表型相關(guān)性有限,因?yàn)槌暢上窠?jīng)常受到限制,并且許多病癥的胎兒表型尚未得到很好的描述。因此很難確定測(cè)序應(yīng)該集中在懷疑與胎兒表型相關(guān)的有限數(shù)個(gè)基因中,還是應(yīng)該使用全外顯子方法。同樣很難確定通過(guò)全外顯子測(cè)序發(fā)現(xiàn)的變異的解讀是否應(yīng)遵循兒童和成人的位點(diǎn)報(bào)告一般指導(dǎo)原則,或者在產(chǎn)前環(huán)境中是否限制那些能夠解釋表型、更加嚴(yán)格標(biāo)準(zhǔn)的變異。

      3. 提供胎兒適應(yīng)癥測(cè)序,進(jìn)行檢測(cè)前教育和咨詢,獲得知情同意,進(jìn)行檢測(cè)后咨詢和結(jié)果披露的提供者必須深入了解胎兒和其父母的益處和風(fēng)險(xiǎn)。結(jié)果解釋和測(cè)試后咨詢非常復(fù)雜,最好與多學(xué)科團(tuán)隊(duì)協(xié)商進(jìn)行,該團(tuán)隊(duì)需要在產(chǎn)前診斷和胎兒測(cè)序的臨床和實(shí)驗(yàn)室方面具有專業(yè)知識(shí)和經(jīng)驗(yàn)。理想情況下,團(tuán)隊(duì)成員可以訪問(wèn)所有臨床記錄,測(cè)序結(jié)果和胎兒影響資料。

      4. 廣泛的測(cè)試前教育,咨詢和知情同意以及測(cè)試后咨詢至關(guān)重要。 建議至少考慮以下要素:

        A.應(yīng)盡可能提供個(gè)性化的、父母雙方的測(cè)試前教育和咨詢。這種咨詢需要平衡解釋可能的知識(shí)差距與可變遺傳知識(shí)和時(shí)間限制的方式傳達(dá)詳細(xì)且通常復(fù)雜的遺傳信息。

        B.替代或補(bǔ)充個(gè)體化的面對(duì)面遺傳咨詢的患者教育工具的有效性應(yīng)在引入臨床護(hù)理之前應(yīng)進(jìn)行評(píng)估。

        C.由于診斷測(cè)序可以揭示影響父母和家庭單元中的一個(gè)或兩個(gè)的胎兒的遺傳信息,理想情況下,都應(yīng)征得兩個(gè)親生父母(如果可能的話)提供胎兒測(cè)序的同意。然而,對(duì)于所有產(chǎn)前程序,孕婦可以單獨(dú)提供對(duì)她進(jìn)行的侵入性程序的同意以獲得胎兒遺傳物質(zhì)。

        D.如果進(jìn)行trio測(cè)序,每個(gè)父母應(yīng)該為他或她自己的樣本的測(cè)序提供單獨(dú)的知情同意。

      E.對(duì)于每個(gè)分析的基因組,測(cè)試前咨詢和知情同意必須解決以下問(wèn)題

      ⅰ報(bào)告的結(jié)果類型(致病性,可能致病性,具有不確定意義,可能良性和良性的變異)。

      ⅱ 關(guān)于獲得臨床重要結(jié)果的可能性的期望。

      ⅲ 獲得結(jié)果的時(shí)間周期

      ⅳ沒(méi)有獲得結(jié)果的可能性(例如與樣品質(zhì)量有關(guān)),或者在胎兒出生之前可能無(wú)法獲得結(jié)果。

      ⅴ 在結(jié)果中是否包含或排除偶然發(fā)現(xiàn)(例如意外的兒童疾病)。

      ⅵ 在結(jié)果中是否包含或排除次要發(fā)現(xiàn)(例如癌癥易感基因)。

      ⅶ 如何處理在胎兒樣本中發(fā)現(xiàn)的但成人發(fā)病的致病突變。

      ⅷ 發(fā)現(xiàn)非親子關(guān)系或親密關(guān)系的可能性(例如血緣關(guān)系或胎兒親生父母之間的亂倫關(guān)系)。


      ⅸ 結(jié)果報(bào)告和測(cè)試后咨詢將基于當(dāng)前的知識(shí)。隨著時(shí)間的推移,我們對(duì)疾病基因的知識(shí),序列變異的致病性和胎兒表型上可能會(huì)發(fā)生變化。應(yīng)包括有關(guān)樣本和/或數(shù)據(jù)存儲(chǔ)以及重新分析基因數(shù)據(jù)的信息。

      ⅹ 數(shù)據(jù)共享在抹除個(gè)人敏感信息數(shù)據(jù)庫(kù)中的重要性(ISPD,SMFM和PQF認(rèn)可ACMG的立場(chǎng),即實(shí)驗(yàn)室和臨床基因組數(shù)據(jù)共享對(duì)遺傳醫(yī)療保健至關(guān)重要)。如果可以,則應(yīng)獲得存儲(chǔ)此數(shù)據(jù)的同意,并應(yīng)告知家長(zhǎng)誰(shuí)可以訪問(wèn)以及用于何種目的。




      F 測(cè)試后咨詢和結(jié)果返回應(yīng)考慮到測(cè)試前患者的選擇,包括將返回哪些結(jié)果。建議對(duì)所有受檢者提供測(cè)試后咨詢,包括那些測(cè)序沒(méi)有產(chǎn)生臨床有用信息的受檢者。

       

       

      胎兒測(cè)序診斷的科學(xué)和臨床應(yīng)用仍然是一個(gè)不斷發(fā)展的領(lǐng)域,缺乏大量研究,證據(jù)有限,盡管證據(jù)在迅速增加,早期經(jīng)驗(yàn)為實(shí)驗(yàn)室和臨床醫(yī)生提供以下建議,為胎兒以下適應(yīng)癥可以提供測(cè)序診斷:

       

      1. 目前懷孕的胎兒有一個(gè)主要的異?;蚨嗥鞴傧到y(tǒng)異常,提示可能為遺傳病因,但在CMA檢測(cè)為陰性,或者在沒(méi)有CMA結(jié)果的特定情況下,經(jīng)過(guò)多學(xué)科審查和共識(shí),胎兒具有多個(gè)異?!澳J健?,強(qiáng)烈懷疑單基因遺傳病。

      2. 父母先前生育過(guò)一個(gè)主要先天異?;蚨鄠€(gè)器官異常(提示為遺傳病因)而未診斷的胎兒,本次胎兒有相似表型但核型或CMA為陰性結(jié)果。此外,當(dāng)這些父母進(jìn)行孕前咨詢并且沒(méi)有先證者胎兒的樣本時(shí),或者如果本次懷孕期間無(wú)法獲得胎兒樣本,則認(rèn)為可以為親生父母提供測(cè)序以尋找解釋胎兒表型的常染色體隱性突變。然而,在可能的情況下,優(yōu)先選擇從先前的異常胎兒或兒童獲得用于外顯子組測(cè)序的組織。

      3. 具有病因不明的復(fù)發(fā)性死產(chǎn)史而核型和/或CMA檢測(cè)后仍然病因未明,當(dāng)前妊娠中的胎兒具有相似的的表型異常。

      4. 目前沒(méi)有證據(jù)表明支持對(duì)胎兒組織進(jìn)行常規(guī)檢測(cè)(非基因測(cè)序方法)的適應(yīng)癥,這些胎兒組織是通過(guò)侵入性產(chǎn)前手術(shù)(羊膜穿刺術(shù),CVS,臍帶穿刺術(shù),其他)獲得的。

       

      盡管證據(jù)仍然有限,但早期經(jīng)驗(yàn)還支持以下針對(duì)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn),變異解釋和結(jié)果返回的臨床診斷或研究實(shí)驗(yàn)室的建議:

      1. 應(yīng)遵循為其他用途(如兒童遺傳病)臨床測(cè)序診斷制定的實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn),生信分析和變異注釋原則。與所有診斷測(cè)試一樣,這應(yīng)僅在具有產(chǎn)前基因組診斷測(cè)試和解釋相關(guān)經(jīng)驗(yàn)的認(rèn)可診斷實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行。

      2. 關(guān)于胎兒表型的臨床信息是解釋測(cè)序數(shù)據(jù)不可或缺的組成部分,在開(kāi)始測(cè)試之前,臨床信息必須由推薦的臨床醫(yī)生以標(biāo)準(zhǔn)化格式提交,推薦優(yōu)先使用人類表型本體術(shù)語(yǔ)(HPO)。此外,臨床醫(yī)生應(yīng)提供影像數(shù)據(jù)(簡(jiǎn)要報(bào)告即可并且最好提供相關(guān)圖像作為補(bǔ)充)以支持胎兒表型發(fā)現(xiàn)。作為測(cè)試申請(qǐng)過(guò)程的一部分,鼓勵(lì)實(shí)驗(yàn)室建立系統(tǒng)以便于提交標(biāo)準(zhǔn)化表型信息。

      3. 初始變異注釋和致病性分類最好由診斷實(shí)驗(yàn)室執(zhí)行。應(yīng)通過(guò)胎兒表型和其他相關(guān)臨床信息來(lái)了解致病性和對(duì)臨床的意義。最好采用基于團(tuán)隊(duì)的多學(xué)科方法,包括臨床科學(xué)家,臨床遺傳學(xué)家或具有產(chǎn)前專業(yè)知識(shí)的遺傳咨詢師,以及產(chǎn)前診斷專家,以便考慮所有相關(guān)的臨床信息。

      4. 考慮到測(cè)序數(shù)據(jù)的復(fù)雜性,實(shí)驗(yàn)室和轉(zhuǎn)診臨床醫(yī)生之間的對(duì)話,強(qiáng)烈建議在相關(guān)臨床專家的支持下進(jìn)行最終解釋。

      5. 來(lái)自胎兒樣品的測(cè)序數(shù)據(jù)的結(jié)果報(bào)告最好集中于與胎兒表型相關(guān)的基因中的致病性和可能致病性變異

      6. 一些實(shí)驗(yàn)室可能會(huì)報(bào)告胎兒表型的強(qiáng)候選疾病基因中具有不確定意義的變異,例如,在與胎兒表型相關(guān)的常染色體隱性基因中,當(dāng)致病性(或可能致病性)變異遺傳自一個(gè)父母以及來(lái)自另一個(gè)父母的臨床意義不明的變異。這應(yīng)該在測(cè)試前咨詢中提及,在這些情況下,強(qiáng)烈建議專家進(jìn)行遺傳測(cè)試后咨詢。

      7. 一些實(shí)驗(yàn)室可能會(huì)報(bào)告導(dǎo)致中度至重度兒童期發(fā)病和成人發(fā)病基因的致病性變異和可能致病性變異。這種做法可依情況而定,在測(cè)試前咨詢期間應(yīng)始終詳細(xì)說(shuō)明。在這些情況下,具有遺傳咨詢專業(yè)知識(shí)和與該病癥相關(guān)的兒科專業(yè)知識(shí)的人員應(yīng)提供測(cè)試后咨詢。

      8. 當(dāng)進(jìn)行trio測(cè)序時(shí),實(shí)驗(yàn)室可能會(huì)報(bào)告其他臨床重要發(fā)現(xiàn),例如嚴(yán)重兒童疾病的父母攜帶者狀態(tài),這可能對(duì)目前測(cè)試或未來(lái)的懷孕產(chǎn)生影響。在檢測(cè)前咨詢和知情同意過(guò)程中,應(yīng)解決父母樣本結(jié)果披露的策略。

      9. 建議對(duì)可能使未來(lái)懷孕處于危險(xiǎn)中的先前胎兒,嬰兒或其他相關(guān)家庭成員獲得不確定或無(wú)信息的測(cè)序結(jié)果進(jìn)行審閱評(píng)估,在可能的情況下,如果計(jì)劃懷孕或已懷孕,并且距離上次報(bào)告已經(jīng)過(guò)去了很長(zhǎng)時(shí)間,則應(yīng)進(jìn)行重新分析(在知情同意后)。

      10. 建議結(jié)果披露包括有關(guān)父母未來(lái)的生殖檢查項(xiàng)目選擇

      11. 建議以科普的語(yǔ)言向家長(zhǎng)提供有關(guān)結(jié)果,遺傳咨詢及其生殖選擇的書(shū)面信息,其格式易于為將來(lái)的生殖決策提供參考

       

      結(jié)論

      ISPD,SMFM和PQF聯(lián)合立場(chǎng)聲明反映了2017年11月準(zhǔn)備用于共識(shí)討論的數(shù)據(jù)和技術(shù)。我們認(rèn)識(shí)到基因組技術(shù)正在迅速發(fā)展,關(guān)于其用于胎兒疾病和畸形的產(chǎn)前診斷評(píng)估的科學(xué)和臨床知識(shí)仍然不完整且不斷變化。醫(yī)療行業(yè)需要廣泛的衛(wèi)生專業(yè)教育,以便能夠適當(dāng)實(shí)施和提供臨床有效和有益的胎兒測(cè)序。需要在該領(lǐng)域進(jìn)行臨床和轉(zhuǎn)化研究,并且政府應(yīng)優(yōu)先考慮為這個(gè)方向提供資金支持。考慮到不斷發(fā)展的科學(xué),臨床,倫理和社會(huì)背景,最新的研究結(jié)果可能會(huì)進(jìn)一步完善和修改這一聲明。

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