1.ceRNA、ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、ceRNA分析等名詞經(jīng)常出現(xiàn)，這些概念到底有啥區(qū)別？

ceRNA全稱competing endogenous RNA，是一種能夠競爭結(jié)合RNA的作用元件。通常lncRNA和circRNA會競爭結(jié)合miRNA，我們一般把lncRNA和circRNA可以稱作ceRNA。ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)全稱ceRNAregulation network，指的是有ceRNA參與的整個調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。而ceRNA分析指的是對整個ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進行分析。一般有circRNA-miRNA-mRNA分析或lncRNA-miRNA-mRNA分析。

2.ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)內(nèi)RNA類型好多，感覺無從下手，切入點不是很明確，有沒有一些好的建議？

ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析中目前包含四種RNA，即mRNA、miRNA、lncRNA和circRNA。其中miRNA處于調(diào)控的核心地位，當miRNA被lncRNA或circRNA這類ceRNA競爭結(jié)合時，受miRNA調(diào)控的mRNA轉(zhuǎn)錄水平會上升。

3.是否mRNA，lncRNA，circRNA和miRNA都具有ceRNA調(diào)控機制呢？

并非如此，ceRNA調(diào)控機制作為普遍存在的現(xiàn)象，但是并非任何mRNA，lncRNA，circRNA都能夠具有MRE，對于不具有共有MRE的mRNA，lncRNA，circRNA來說，就不存在ceRNA調(diào)控機制。也就是說有些lncRNA、mRNA和circRNA很有可能是單身狗。

基于這樣一個知識背景，我們來看那些正兒八經(jīng)的不花錢不動腦的故事是怎樣煉成的，甩一張流程圖，看完這個，總結(jié)一下就是用數(shù)據(jù)分析構(gòu)建了ceRNA網(wǎng)絡(luò)，然后做了qPCR驗證，當然是不怎么花錢的。

ceRNA分析流程圖

第一步就是差異分析的結(jié)果，包括mRNA, miRNA,lncRNA三次，其次基于數(shù)據(jù)進行l(wèi)ncRNA-mRNA共表達分析，這里我們關(guān)心正向相關(guān)的lncRNA-mRNA，為啥？因為只有實力均衡，才有資格爭奪你們的女神啊（miRNA）。然后，基于數(shù)據(jù)庫預(yù)測miRNA-lncRNA，miRNA-mRNA關(guān)系對，這里，貼心的小編為你整理出預(yù)測工具或在線網(wǎng)站。

1.   mirwalk2.0 比較早的一款miRNA靶基因預(yù)測軟件，支持在線對人類，小鼠，大鼠，狗，牛等物種的miRNA進行靶基因預(yù)測分析，能夠保持一直更新的在線服務(wù)，那都是良心之作呀。

網(wǎng)址：http://zmf.umm./apps/zmf/mirwalk2/index.html

2.    starBase v2.0 該數(shù)據(jù)庫采集了6000多份樣本，14種癌癥來自于37個獨立研究的108份CLIP-seq數(shù)據(jù)，同時輔助降解組實驗數(shù)據(jù)搜尋miRNA的靶標，提供了各式各樣的可視化界面去探討miRNA靶標。除了miRNA和靶標mRNA之間關(guān)系，該數(shù)據(jù)庫還進行l(wèi)ncRNA、circRNA、protein與mRNA之間的相互作用分析，并分析了ceRNA機制。該數(shù)據(jù)庫主要包含人、小鼠、線蟲3個物種信息。

網(wǎng)址：http://starbase./

3.    TargetScan  TargetScan數(shù)據(jù)庫是大家比較常用的預(yù)測miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫，主要通過搜索和每條miRNA種子區(qū)域匹配的保守的8mer和7mer位點來預(yù)測靶基因。該數(shù)據(jù)庫提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、負鼠、雞和青蛙等動物信息。

網(wǎng)址：http://www./

4.    PITA  該數(shù)據(jù)庫基于靶位點的可接性(target-siteaccessibility)和自由能預(yù)測miRNA的靶標，是著名的生物信息學(xué)家Segal實驗室開發(fā)的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息，使用者可以通過miRNA預(yù)測靶基因，也可以通過mRNA預(yù)測miRNA信息，無論是miRNA還是mRNA均可通過提供name或ID進行分析。

網(wǎng)址：http://genie./pubs/mir07/mir07_dyn_data.html

5.   另外還有本地軟件miranda可以進行miRNA與靶基因的結(jié)合位點預(yù)測哦。

好了，回到我們的套路上，得到miRNA-lncRNA，miRNA-mRNA關(guān)系對后，結(jié)合lncRNA-mRNA共表達關(guān)系，妥妥的三角戀，故事就開始了——構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)。

ceRNA網(wǎng)絡(luò)

最后找?guī)讓﹃P(guān)鍵的lncRNA-miRNA-mRNA進行qPCR驗證。然后就沒有然后啦，這樣的套路你get到了嗎？趕緊收藏吧！

最后為大家安利一個數(shù)據(jù)挖掘精品課程，有著十年生物信息分析經(jīng)驗的宋老師，擅長高通量數(shù)據(jù)分析、項目開發(fā)與設(shè)計，擁有豐富的線下和線上培訓(xùn)經(jīng)驗。還構(gòu)建了自助生物信息學(xué)分析平臺：云生信“www.biocloudservice.com”。

基于生物信息學(xué)挖掘高通量（二代測序/基因芯片）數(shù)據(jù)的關(guān)鍵靶標基因

課程簡介

本課程是生信基礎(chǔ)班，目的是讓臨床醫(yī)生、動植物學(xué)研究者了解生信的優(yōu)勢、與自己學(xué)科的密切關(guān)聯(lián)，并且學(xué)會基于生信的分析思路和實際工具、軟件的操作。

學(xué)習(xí)目標

學(xué)會原始芯片/測序數(shù)據(jù)的查找下載、差異分析、KEGG pathway富集分析、GO富集分析、聚類熱圖heatmap圖制作、蛋白互作關(guān)系預(yù)測等。

適合人群

對生物信息感興趣的無基礎(chǔ)或者基礎(chǔ)較差的學(xué)員。