對(duì)于24K純生信小白來(lái)說(shuō)，數(shù)據(jù)準(zhǔn)備絕對(duì)是一件令人頭疼的問(wèn)題。

還記得我第一次用ClustalX做序列Alinment時(shí)一直不出結(jié)果，折騰了一下午偶然發(fā)現(xiàn)出錯(cuò)僅僅因?yàn)槲募侵形牡?。?jīng)過(guò)這次教訓(xùn)以后，自己也養(yǎng)成了個(gè)習(xí)慣，不管是文件名還是表格內(nèi)容絕不用中文，哪怕是用拼音表示。

在《你可能需要一個(gè)功能強(qiáng)大一點(diǎn)的文本編輯器……》一文，已介紹過(guò)用Notepad++查看Excel中不容易發(fā)現(xiàn)的格式錯(cuò)誤?？蛇€是有小白不知道啥是“制表符”，啥是文件拓展名，有時(shí)錯(cuò)誤地將Excel表格另存成Unicode文本（*.txt）文件被虐得不要不要的。

像我這樣 比較懶 心疼小白的人，不禁想問(wèn)就不能省去Excel轉(zhuǎn)制表符分隔的txt文件這一步，直接導(dǎo)入Excel數(shù)據(jù)嗎？

其實(shí)，R有很多包可以實(shí)現(xiàn)xlsx格式數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和導(dǎo)出，下面給大家介紹3個(gè)R包。

xlsx 包比較強(qiáng)大，可以導(dǎo)入和導(dǎo)出Excel 文檔（xls 和 xlsx格式）。

它是一個(gè)基于java的R包。主要通過(guò) read.xlsx() 和read.xlsx2() 以R數(shù)據(jù)框的形式讀入 Excel sheet。二者的區(qū)別是read.xlsx2()讀取數(shù)據(jù)量的大（超過(guò)100 000個(gè)單元格）的表格更快。

read.xlsx(file, sheetIndex, header=TRUE, colClasses=NA)

read.xlsx2(file, sheetIndex, header=TRUE,colClasses='character')

file :讀入文件路徑

sheetIndex : 讀入Excel文檔的表格（sheet）序號(hào)

header : 第一行是否為變量名

colClasses : 列的數(shù)據(jù)類型

示例：

#加載xlsx包

library(xlsx)

#讀入工作目錄中的Excel格式數(shù)據(jù)

st1 <- read.xlsx('mtcars.xlsx',="">

#讀入指定目錄中的Excel格式數(shù)據(jù)

st2 <- read.xlsx(file='C:\\Users\\MHY\\Desktop\\mtcars.xlsx' ,="">

相應(yīng)的，導(dǎo)出數(shù)據(jù)的函數(shù)也有兩個(gè)，

write.xlsx(x, file, sheetName='Sheet1',col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)

write.xlsx2(x, file, sheetName='Sheet1',col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)

x :需要導(dǎo)出的數(shù)據(jù)框

file :到出文件的路徑

sheetName : 導(dǎo)出后生成表格（sheet）的名稱

col.names, row.names : 是否導(dǎo)出數(shù)據(jù)框的行名和列名

append : 是否以追加新sheet方式將數(shù)據(jù)導(dǎo)出到已有Excel文檔中

示例：

#導(dǎo)出R自帶mtcars數(shù)據(jù)為Excel數(shù)據(jù)

write.xlsx(mtcars, file='C:\\Users\\MHY\\Desktop\\mtcars.xlsx', sheetName='mtcars')

#在導(dǎo)出的表中追加新的sheet(R自帶數(shù)據(jù)cars);

write.xlsx(cars, file='C:\\Users\\MHY\\Desktop\\mtcars.xlsx', sheetName='cars',append=TRUE)

此外，還可調(diào)整完全用R腳本去創(chuàng)建1個(gè)空的Excel文檔，設(shè)置單元格格式，以及在Excel表格中添加R繪制的圖表等，這里就不多做介紹。

readxl 可以很簡(jiǎn)單的將Excel文檔讀入到R中，R包不需要依賴java環(huán)境, 非常容易安裝。如果只是讀入Excel數(shù)據(jù)，也夠用了。主要有read_xls()、read_xlsx()和read_excel（）3個(gè)函數(shù)讀入數(shù)據(jù)，三者參數(shù)一致，只不過(guò)read_excel（）會(huì)自動(dòng)判定數(shù)據(jù)是xls或xlsx那種類型。

read_excel(path,sheet = NULL, range = NULL, col_names = TRUE, skip = 0，…)

path : 讀入文件路徑

sheet :  讀入Excel文檔的表格（sheet）序號(hào)或名稱

range : 讀入數(shù)據(jù)區(qū)域，比如 'B3:D87'，'sheet2!B2:G14'

col_names : 第1行是否作為列名讀入

示例：

library(readxl)

re<-read_excel(path ='c:\\users\\mhy\\desktop\\mtcars.xlsx',sheet="">

類似readxl包，openxlsx包也可以很簡(jiǎn)單的將Excel文檔讀入到R中。

read.xlsx(xlsxFile, sheet = 1, startRow =1, colNames = TRUE,  rowNames = FALSE, …)

xlsxFile : 讀入文件路徑

sheet :  讀入Excel文檔的表格（sheet）序號(hào)或名稱

startRow :  從那一行開(kāi)始讀入數(shù)據(jù)

colNames : 如果為TRUE,第一行數(shù)據(jù)作為列名

rowNames :   如果為TRUE, 第一列數(shù)據(jù)作為行名

示例：

library(openxlsx)

op<-read.xlsx(xlsxfile ='c:\\users\\mhy\\desktop\\mtcars.xlsx',sheet="">

xlsx包的安裝需要先安裝Java。如果之前安裝過(guò)Java，比如裝過(guò)Cytoscape，仍然建議重新安裝下Java，否則可能會(huì)因Java版本過(guò)期遇到下圖這樣的報(bào)錯(cuò)信息。

從官網(wǎng)下載Java的安裝包，直接安裝即可，安裝過(guò)程中會(huì)自動(dòng)檢測(cè)和卸載過(guò)期的版本。

地址：https://www./en/download/windows-64bit.jsp

成功安裝Java之后是這樣的，之后就可以通過(guò)install.packages('xlsx') 安裝xlsx包了。

readxl包和openxlsx包的安裝比較簡(jiǎn)單，直接使用install.packages()函數(shù)安裝即可。

最后，從功能上來(lái)將xlsx包的功能是最強(qiáng)大的，但它的安裝需要依賴Java環(huán)境。如何只是導(dǎo)入Excel數(shù)據(jù)，用readxl和openxlsx包就可以了，畢竟用R基礎(chǔ)函數(shù)write.table()導(dǎo)出的文本文件也可以用Excel打開(kāi)。