Funrich是一個獨立的軟件工具，主要用于基因和蛋白質的功能豐富和相互作用網(wǎng)絡分析。此外，分析結果可以以Venn，Bar，Column，Pie和Donut圖表的形式進行圖形化描述。

目前，F(xiàn)unrich工具被設計用來處理各種基因/蛋白質數(shù)據(jù)集。用戶不僅可以對默認的后臺數(shù)據(jù)庫進行搜索，還可以加載定制的數(shù)據(jù)庫，對其進行功能豐富分析。

總的來說，F(xiàn)unrich工具擁有三個不同的數(shù)據(jù)庫選項，可以對其進行分析。在Funrich中，為用戶提供了三個管理后端數(shù)據(jù)庫的選項：

• 提供了一個僅供人使用的數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)站的手稿和常見問題部分都清楚地提供了組裝細節(jié)；
• 用戶可以從uniprot自動下載任何有機體的數(shù)據(jù)庫；
• 用戶可以構建自己的數(shù)據(jù)庫，并直接使用Funrich進行豐富分析。因此，F(xiàn)unrich允許進行完整的數(shù)據(jù)庫定制，從而允許將該工具用作豐富分析的框架，而不管所使用的數(shù)據(jù)庫是什么。

Funrich數(shù)據(jù)庫選項目前支持的豐富分析：生物過程、細胞成分、分子函數(shù)、蛋白質結構域、表達位點(正常組織、癌組織、細胞類型和細胞系)、生物途徑、轉錄因子、臨床概要表型術語。

下面就給大家簡單舉幾個例子~

首先打開首頁是這樣的：

附圖一張（不懂的自己研究）：

隨便拿幾組數(shù)據(jù)進行veen 圖繪制。點擊veen后，點擊Add dataset，在input 對話框中粘貼數(shù)據(jù)，然后點擊apply。重復操作即可。

點擊Veen,軟件即可對幾組結果進行比較。

左上角edit color，可以對圓圈顏色進行更改。save veen，可以對分析結果進行保存。

如果你要分析基因的富集分析，點擊Gene enrichment,按照上述方法輸入數(shù)據(jù)。然后，點擊Erichment analysis,選擇所需要分析的類型：比如GO分析中的分子功能、生物過程、生物通路，組織表達，蛋白功能域等等。

結果輸出根據(jù)p值富集顯示，但一般結果默認輸出排列前六位。此時在軟件右側，可以通過勾選百分比更高的相關通路進行展示，也可以直接在輸出前更改。

可以通過修改compare、fold、compare quantity、fold quantity等進行結果的展示。

也可以通過chart type，選擇餅圖、柱狀圖等等展示結果。點擊save chart,同樣可以對結果進行保存。

更方便的是，這些分析結果也能導出Excel，看下圖是不是非常詳細！

除了這些分析，F(xiàn)unRich還能做相互作用分析，在側邊欄我們可以看到這些基因主要通路，右鍵還可以看某一通路的基因和位置。

另外還能看這個基因序列中的基因在組織中的表達情況。

如果你要分析miRNA的功能富集分析，首先點擊miRNA enrichment,輸入數(shù)據(jù)（同上）。然后點擊miRNA Enrichment，選擇你需要的分析類型：Cellular component、Biological procrss、Molecular function等等。

結果輸出默認前六位，在右側可以自行調整。

點擊Chart Type選擇需要的圖形。如餅圖、條形圖、柱狀圖等。

點擊Find target，尋找miRNA的靶基因，點擊Export to file導出Excel數(shù)據(jù)。

所有miRNA的靶基因：

和每個miRNA的相關靶基因：

點擊Find miRNA，把基因放進去。尋找哪些基因能靶向miRNA。

所有預測到的miRNA：

和每個基因相關的 miRNA：

關于Vesiclepedia功能，點擊Load data ，選擇要分析的如Protein,點擊Load。

選擇需要的數(shù)據(jù)，點擊Export list。

導出表格后你會發(fā)現(xiàn)，它能給你樣本里能檢測到的蛋白，幫助我們搜索Vesiclepedia 數(shù)據(jù)庫里的數(shù)據(jù)。

是不是非常方便~ 而且這個數(shù)據(jù)庫還能實時更新呢！

ID conversion 轉換功能可以說是非常nice了，選擇你要轉換的數(shù)據(jù)直接轉換即可。

選New Set：

或GeneSymbol：

好了，今天小編就介紹到這里。關于其它的功能你們可以自行研究。在公眾號回復“Funrich”，即可獲取軟件壓縮包下載地址。