AS可變剪切17年11月份，生信人進(jìn)行解讀，18年10月份進(jìn)行課程錄制并進(jìn)行推廣。雖然歷經(jīng)這么久，很多人在做，但是還是有學(xué)員依靠我們的課程發(fā)表了文章，據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)有3+學(xué)員發(fā)表3+的文章。

通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研，居然還有同一個(gè)癌型做了兩次的情況...

同一種癌癥，相似的分析方式，兩篇可變剪切文章，兩種影響因子

今天小編搜索了可變剪切相關(guān)的文章，找到了如下兩篇文章，感覺(jué)很有趣。

文章1：Genome-Wide Profiling of Prognostic Alternative Splicing Signature in Colorectal Cancer.【Frontiers in Oncology；2018.11；IF4.416】

文章2：Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer【Journal of cancer；2018.04；IF3.249】

這兩篇文章研究的都是colorectal cancer，主體的分析也都是可變剪切，可這IF卻有了一點(diǎn)點(diǎn)差異，下面我們來(lái)看看這兩篇文章

文章1：

文章2：

從摘要可以看出，兩篇文章均是對(duì)可變剪切事件進(jìn)行分析，文章1摘要中更強(qiáng)調(diào)了其構(gòu)建了cox回歸模型以及構(gòu)建了剪切事件與剪切因子間網(wǎng)絡(luò)，而文章2則是體現(xiàn)了構(gòu)建基因互作網(wǎng)絡(luò)以及富集分析，通過(guò)摘要可以感受到文章1的思路更完整，從預(yù)后標(biāo)簽到構(gòu)建模型再到尋找可變剪切相關(guān)的網(wǎng)絡(luò)，而文章2更多的是換一個(gè)方式尋找相關(guān)的基因，再進(jìn)行比較普遍的富集分析，對(duì)后續(xù)進(jìn)行的生存分析等沒(méi)有在方法中著重強(qiáng)調(diào)。

從方法和結(jié)果角度看

文章1

Step1：對(duì)可變剪切事件進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)，總結(jié)各可變剪切類型所發(fā)生的次數(shù)，以及對(duì)應(yīng)的基因數(shù)，采用柱狀圖進(jìn)行展示。

Step2：采用單cox回歸分析識(shí)別在各可變剪切類型中與生存顯著相關(guān)的基因，并對(duì)各可變剪切事件的TOP20基因繪制森林圖進(jìn)行展示，并用UpSet圖展示各可變剪切類型中與生存相關(guān)的基因的分布情況。同時(shí)也將其中一部分p值更顯著的基因進(jìn)行了基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。

Step3：對(duì)各可變剪切類型中與生存顯著相關(guān)的基因分別進(jìn)行多cox回歸分析，尋找預(yù)后預(yù)測(cè)因子，對(duì)七種可變剪切類型分別構(gòu)建cox回歸模型并繪制生存曲線，同時(shí)也將七種類型進(jìn)行整合構(gòu)建最終的預(yù)后預(yù)測(cè)因子，繪制不同情況的ROC曲線，判斷準(zhǔn)確性。

Step4：通過(guò)剪接因子基因的表達(dá)與可變剪切事件PSI的相關(guān)性構(gòu)建剪接相關(guān)網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)一步的還檢驗(yàn)了剪切因子對(duì)于生存的影響以及展示了剪接因子和可變剪切事件的線性關(guān)系。

文章2

Step1：對(duì)COAD和READ的可變剪切事件進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)，總結(jié)各可變剪切類型所發(fā)生的次數(shù)，以及對(duì)應(yīng)的基因數(shù)，采用UpSet圖進(jìn)行展示。

Step2：識(shí)別差異可變剪切事件，并對(duì)其中部分基因構(gòu)建基因互作網(wǎng)絡(luò)

Step3：可變剪切基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析

Step4：評(píng)估可變剪切事件預(yù)測(cè)CRC發(fā)生的能力

Step5：多cox回歸分析識(shí)別預(yù)后因子，并對(duì)其中顯著相關(guān)的預(yù)后因子進(jìn)行分析。

總結(jié)：整體看來(lái)，小編覺(jué)得兩者的工作量相似，分析的角度略有差異，文章1的思路更完整，表達(dá)更全面，結(jié)果展示也足夠豐富，文章2過(guò)于將分析放在富集分析部分，對(duì)可變剪切的整體挖掘和結(jié)果展示不夠深入，這可能就是丟分的地方吧~