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高通量技術(shù)測序與生物信息學的飛速發(fā)展，各種類型的RNA都像浩瀚海洋中的一條條魚被發(fā)現(xiàn)并打撈上岸，而后不同類型的魚或因珍貴程度、或因營養(yǎng)價值、或因研究需求等受到人們不同的處理方式，或被食用、或被保護、或被研究、或被觀賞......LncRNA是目前研究的熱點與難點，如何更好地研究它呢，往下看，或許能帶來些許幫助。 我是誰？ 我（LncRNA）就是長鏈非編碼RNA，目前的大明星，雖然是一類不編碼蛋白，轉(zhuǎn)錄本長度超過200nt（nucleotide，核苷酸）的RNA分子。我主要是住在叫細胞核的房子里，我們的個性很強（不同物種間保守性較差），完全順應了時代發(fā)展的潮流，數(shù)量上遠遠超過我們的姐妹（mRNA），有時候我們很像，如果不小心辨認，我們會被錯認。關(guān)于我的故事有很多很多，想多了解我一點，就趕緊行動起來，高通量測序是就是認識我最強大的一個武器哦。 我本領(lǐng)？ 我不能像mRNA那樣，赤裸祼地表達著自己的喜怒哀樂，我會以一種含蓄而神秘的方式來展現(xiàn)自己，時而扮演特定信號的角色，代表新生活的開始（時空特異性表達）；時而扮演大學導師的角色，指導學生們的課題方向（指導蛋白復合物定位到特定調(diào)控位點）；時而扮演學生干部的角色，組織各組成員管理班級（與蛋白和/或RNA形成各種復合物）；時而扮演嫵媚女子的角色，吸引著許多已婚或者未婚人未婚人（引誘其它調(diào)控RNA或蛋白與之結(jié)合）......不管何種方式，最終目的是調(diào)控靶基因。 我靶標？ 我存在的目的是調(diào)控靶基因的表達，那么怎么樣來尋找我的靶基因呢？信息時代，只要你上網(wǎng)搜索，會有很多結(jié)果。
starBase：http://starbase./index.php ChIPBase：http://rna./chipbase/index.php NONCODE：http://www./index.php
順式作用靶基因預測認為LncRNA的功能與其坐標臨近的蛋白編碼基因相關(guān)，位于編碼蛋白上下游的LncRNA可能與啟動子或者共表達基因的其他順式作用元件有交集，從而在轉(zhuǎn)錄或者轉(zhuǎn)錄后水平對基因的表達進行調(diào)控。確定一個LncRNA具有順式調(diào)控作用通常要滿足3個條件：1是它與附近的基因表達情況保持一致；2是它失活后會影響周圍基因的表達；3是它會影響附近同一位點的基因表達。方法在于首先要找出位于LncRNA上游或者下游附近（10K）的編碼蛋白基因，通過對編碼蛋白的功能富集分析，從而預測LncRNA的主要功能，為后續(xù)順式作用分析打下基礎(chǔ)。 反式作用靶基因預測認為LncRNA的功能跟編碼基因的位置關(guān)系沒有關(guān)系，而與其共表達的蛋白編碼基因相關(guān)。當它與一些距離較遠的基因在表達量上存在正相關(guān)或負相關(guān)的情況時，就可以通過樣本間LncRNA與蛋白編碼基因的表達量相關(guān)性分析或基因共表達網(wǎng)絡分析來預測其靶基因。LncRNA的反式作用靶基因預測只適合于樣本量大的情況，如果樣本量太少（如6個以下），分析將不可靠
核實我？ 根據(jù)預測與生物學意義，選定LncRNA，后續(xù)我們還可以做的驗證實驗： 最常用的方法： ① qPCR的方法驗證LncRNA與mRNA的關(guān)系； ② ceRNA調(diào)控機制研究； ③ 功能研究（基因敲除或者過表達，查看相關(guān)基因的表達或者細胞表型變化）； ④ 免疫共沉淀研究：RNA pull down、RNA-RIP、ChIP-seq等方法檢測與LncRNA結(jié)合的DNA、RNA、蛋白質(zhì)； ⑤ LncRNA表觀調(diào)控研究； ⑥ ...... 參考資料： https://sanwen8.cn/p/2abSAHX.html
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來自： 小白Elsa > 《lncRNA基礎(chǔ)》
