前些日子網(wǎng)上與人抬杠。

“你怎么證明測(cè)序讀長越長，對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果越有利？16S單區(qū)測(cè)序這么多大文章采用，你為何要采用更花錢的多區(qū)域測(cè)序方法？” 

 注：部分背景信息可參見前貼16S單V4區(qū)是最佳選擇？呵呵！

咦？大把的文章似乎排著隊(duì)堵在我的舌頭，卻一時(shí)哪個(gè)都吐不出來。

再次打開電腦，第一個(gè)撞入眼簾的正是這篇文章。拍案稱好！正是我想做卻未做之事。

Combining 16S rRNA gene variable regions enables high-resolution microbial community profiling

Garold Fuks, Michael Elgart, Amnon Amir, Amit Zeisel, Peter J. Turnbaugh, YoavSoen, Noam Shental

bioRxiv 146738; doi: https:///10.1101/146738

一句話概況文章內(nèi)容：

作者采用了各種模擬數(shù)據(jù)，各種模擬樣本，各種方法，證實(shí)：16S多個(gè)區(qū)域同時(shí)測(cè)序比單個(gè)可變區(qū)測(cè)序其分辨率顯！著！提！高！

當(dāng)采用由6對(duì)引物組成的16S多區(qū)域測(cè)序（~1200bp），其分辨率相比于單個(gè)區(qū)域測(cè)序（如V4區(qū)），分辨率約提高了100倍。如圖

再來看下從1個(gè)可變區(qū)到6個(gè)可變區(qū)的變化

下圖中的Precision是指1-假陽性率，即Precision值越高，代表結(jié)果越準(zhǔn)確。由圖中可見，從1個(gè)可變區(qū)到6個(gè)可變區(qū)，其Precision值逐漸增高。

為了證實(shí)結(jié)果的翔實(shí)可靠，作者繼續(xù)采用多種方法來證實(shí)以上結(jié)論，例如采用了模擬數(shù)據(jù)后，又混合菌株制備mock mixture，之后又采用了HMP的標(biāo)準(zhǔn)品（21個(gè)菌種混合物）等反復(fù)測(cè)試計(jì)算。涉及圖表很多，這里就不一一詳述了。