|
導(dǎo)讀 我們?cè)谶M(jìn)行腫瘤研究的時(shí)候常常要用到腫瘤細(xì)胞系，每種類型的腫瘤通常具有多個(gè)細(xì)胞系，那么這些細(xì)胞系有什么區(qū)別？我們要研究的基因在這些細(xì)胞系中的表達(dá)水平高低以及是否發(fā)生突變，那這些問題怎么解決呢，難道一個(gè)個(gè)的測序嗎？答案肯定是：NO！今天小編就來給大家介紹一下能解決這些問題的神奇網(wǎng)站——CCLE。 CCLE全稱（Cancer cell line encyclopedia）翻譯過來就是癌細(xì)胞百科全書，也是相當(dāng)?shù)牟坏昧肆?！?nèi)容涵蓋大約1000多種人源腫瘤細(xì)胞系的基因表達(dá)譜。 CCLE主要分為網(wǎng)頁版和軟件版，軟件在使用時(shí)需要java環(huán)境運(yùn)行，所以小編在這里就主要給大家介紹下網(wǎng)頁版的使用。 網(wǎng)址：https://portals./ccle 首先打開網(wǎng)站，然后就能夠進(jìn)入到CCLE的主頁，主頁界面非常簡潔清晰，一目了然，在搜索框中輸入你需要檢索的細(xì)胞系名稱或者基因名稱就能進(jìn)行下一步操作了。不過網(wǎng)站需要注冊(cè)一個(gè)賬號(hào)哦，非常簡單快速就能注冊(cè)好。 例如：基因TP53，在搜索框內(nèi)輸入“TP53”之后，界面如下圖所示，顯示在不同位置來源的細(xì)胞中Tp53在mRNA水平的表達(dá)情況。點(diǎn)擊下面的“Download mRNA expression”按鈕就可以下載數(shù)據(jù)了，里面有各個(gè)細(xì)胞中的表達(dá)量可以進(jìn)行排序哦。 點(diǎn)擊左上方的“Scatter Plots”到下面的界面，將鼠標(biāo)放到各種腫瘤上，可以看到基因的拷貝數(shù)和mRNA的表達(dá)量，每個(gè)點(diǎn)代表一種細(xì)胞系，這些數(shù)據(jù)也都可以通過下方的Download進(jìn)行下載。
還有在腫瘤細(xì)胞中大家比較關(guān)心的基因突變問題也能在這里查詢到，點(diǎn)擊“Mutation Data”就能得到該基因在不同細(xì)胞系中的突變情況，能夠通過不同的篩選方式選出同一突變的細(xì)胞系或者是同一來源的細(xì)胞系中突變的差異。 上圖左邊即為TP53突變的細(xì)胞系，在圖內(nèi)下面方框里還可以搜索自己想要的細(xì)胞系有無突變，右邊的紅框位置還可以查看突變位點(diǎn)，紅框內(nèi)可搜索突變位點(diǎn)，選擇自己想要的細(xì)胞系和突變位點(diǎn)進(jìn)行下一步實(shí)驗(yàn)。 同時(shí)，CCLE還可以輸入細(xì)胞系，查看基因表達(dá)譜和某個(gè)基因有無突變及其突變位點(diǎn)，方法差不多，比如在首頁輸入HUH7_LIVER細(xì)胞系，得到下圖，進(jìn)一步篩選想要的基因有無突變就行了。 通過CCLE網(wǎng)站能夠得到想要的基因表達(dá)和突變的信息，能很好的幫助我們選擇合適的細(xì)胞進(jìn)行下一步的研究，當(dāng)然CCLE網(wǎng)站還有很多不同的類型可以進(jìn)一步的挖掘。希望小編今天的分享對(duì)大家有所幫助~ |
|
|
