豆豆開始寫于19.2.4

之前從未涉足這個(gè)領(lǐng)域，但確實(shí)是未來發(fā)展方向
還是老規(guī)矩，流程學(xué)習(xí)很快，重點(diǎn)在于為什么做以及做完怎么解讀
先補(bǔ)充背景知識吧，春晚之前發(fā)出來
生信星球祝大家春節(jié)快樂咯！明年進(jìn)步會更大！一起加油吧

背景知識

NGS與轉(zhuǎn)錄

• 轉(zhuǎn)錄組即某個(gè)物種或特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA的總和 (哪些序列能夠表達(dá)，何時(shí)何處表達(dá)， 轉(zhuǎn)錄活躍程度)

• 部分基因是能夠轉(zhuǎn)錄=》染色質(zhì)多為開放狀態(tài)；其余基因抑制狀態(tài)=》染色質(zhì)狀態(tài)較為緊密【基因開啟、關(guān)閉：基因調(diào)控】

• 基因表達(dá)調(diào)控：信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、轉(zhuǎn)錄前（染色質(zhì)構(gòu)象和表觀調(diào)控等）、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、轉(zhuǎn)錄后調(diào)控（剪切、編輯、轉(zhuǎn)運(yùn)等）、翻譯和翻譯后調(diào)控【針對DNA序列：順式元件Cis； 針對結(jié)合因子包括蛋白和非蛋白因子：反式作用因子Trans】

• 非編碼區(qū)大量組織特異性調(diào)控序列：增強(qiáng)子enhancer、沉默子silencer、絕緣子insulator等+幾個(gè)/幾十/幾百調(diào)控因子（轉(zhuǎn)錄因子、染色質(zhì)調(diào)控蛋白、組蛋白、RNA分子）+三維結(jié)構(gòu)

• 目前技術(shù)：

• 分離純化多拷貝的基因組重復(fù)序列，如染色體端粒(telomere)：locked nucleic acids (LNAs)和transcription activator-like (TAL)

• 常規(guī)技術(shù)：ChIP-seq和ChIA-PE依賴于單個(gè)調(diào)控因子或組蛋白修飾【不能純化、分析單個(gè)調(diào)控序列所結(jié)合的多個(gè)調(diào)控因子及三維結(jié)構(gòu)】

• 挑戰(zhàn)：native狀態(tài)下區(qū)分結(jié)合調(diào)控序列的特異性調(diào)控因子和細(xì)胞內(nèi)大量的非特異性因子

文獻(xiàn)綜述一定要看

PPT大體印象；綜述幫助理解；文獻(xiàn)獲取流程

PPT：

Basics of ChIP-Seq
https://www.msi./sites/default/files/basics_chip_seq_0.pdf

ChIP-seq Data Analysis
https:///slide/3385783/

圖中可以看到，基本原理是：特定時(shí)間點(diǎn)上用甲醛交聯(lián)等方式“固定”細(xì)胞內(nèi)所有DNA結(jié)合蛋白的活動(dòng)，細(xì)胞內(nèi)蛋白和DNA相互作用的關(guān)系被“截屏”了=》然后裂解細(xì)胞、斷裂DNA（此時(shí)存在蛋白、與蛋白相連的DNA、游離的DNA）=》加上特定抗體取出蛋白及相連的DNA=》將與蛋白相連的DNA解離、純化=》測序=》看到蛋白質(zhì)抓取的片段們就是IGV中形成的峰，而游離的DNA們就沒有峰

綜述：

ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia （2012）
https://www.ncbi.nlm./pubmed/22955991

首先就介紹了ChIP的歷史【染色質(zhì)免疫沉淀（Chromatin immunoprecipitation ，ChIP）技術(shù)誕生很早，由Orlando等人創(chuàng)立于1997年，發(fā)表于2000年，先利用Microarray技術(shù) ChIP-chip，后2007年利用DNA sequencing技術(shù) ChIP-seq。雖然技術(shù)在進(jìn)步，但都是要先通過免疫沉淀拉下來DNA】

它用來研究細(xì)胞內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用，確定特定蛋白（如轉(zhuǎn)錄因子）是否結(jié)合特定基因組區(qū)域（如啟動(dòng)子或其它DNA結(jié)合位點(diǎn)），或確定基因組上與組蛋白修飾相關(guān)的特定位點(diǎn)

然后提到兩個(gè)組織：ENCODE（http:///ENCODE/ ）和modENCODE（http://www./ for small genomes），他們在4個(gè)物種（果蠅、秀麗隱桿線蟲、人、小鼠）的100多種細(xì)胞做了超過1000次ChIP-seq實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)了140多種不同的因子和組蛋白修飾
【與外顯子測序不一樣，ChIP-seq不是通過設(shè)計(jì)好的探針來捕獲序列，而是通過特異的RNApoly酶、組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子來捕獲，哪里結(jié)合蛋白就捕獲哪里。每做一次實(shí)驗(yàn)，換一個(gè)蛋白，所捕獲的序列是不一樣的】

文獻(xiàn)：

Getting-Started-with-ChIP-Seq（2013）

http:///wp-content/uploads/2013/02/Getting-Started-with-ChIP-Seq.pdf

Key steps：

• Experimental design
  sequencing platform; the number of sequence reads (standard 20-40M); biological replication

• Controls for ChIP-seq experiments

• Reference genome alignment of ChIP-seq reads

  (mapping)

• Background estimation

• Peak finding

• Quality control of ChIP-seq experiments

• Differential binding analysis

• Motif analysis