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火山圖（Volcanoplot）是經(jīng)常出現(xiàn)在芯片、測(cè)序等組學(xué)結(jié)果中用來(lái)展示差異表達(dá)的基因或蛋白的一種圖片類(lèi)型，常與熱圖、韋恩圖（Venndiagram）等同時(shí)出現(xiàn)。火山圖包含2個(gè)重要概念：顯著性與差異表達(dá)倍數(shù)。

顯著性一般設(shè)置P<0.05，差異表達(dá)一般我們按照Fold Change(倍數(shù)變化)≥1.2或2倍作為標(biāo)準(zhǔn)。下圖P<0.05，F(xiàn)oldChange設(shè)置為1.2倍，P值取log10負(fù)對(duì)數(shù)，F(xiàn)old Change取log2負(fù)對(duì)數(shù)的火山圖：

-log10（0.05）約等于1.30103，-log2（1.2）約等于0.263。使用R語(yǔ)言可以繪制火山圖，那么不會(huì)R語(yǔ)言的小伙伴該如何繪制出漂亮的火山圖呢？今天給大家分享使用Origin繪制火山圖與韋恩圖的完美攻略。

使用Origin軟件為2018版：

點(diǎn)擊下面Origin2018 學(xué)生免費(fèi)版官方網(wǎng)站申請(qǐng)鏈接，并務(wù)必用學(xué)校提供的以edu.cn結(jié)尾的郵箱進(jìn)行注冊(cè)即可獲得免費(fèi)正版Origin軟件：

http://www./OriginProLearning.aspx

1. Volcano plot APP下載與安裝

進(jìn)入Origin官網(wǎng)https://www./，點(diǎn)擊APP：

找到Volcano plot APP，點(diǎn)擊下載，下載鏈接：https://www./fileExchange/details.aspx?fid=296

Volcano plot APP的安裝，打開(kāi)Origin2018軟件，將下載好的APP點(diǎn)擊軟件最右側(cè)的AddAPPs即可自動(dòng)安裝，安裝好后在APPs下可見(jiàn)Volcanoplot APP：

2. 在Origin軟件中Book1中輸入數(shù)據(jù)，X1為基因名，X2為Fold Change取log2負(fù)對(duì)數(shù)值，Y軸為P值取log10負(fù)對(duì)數(shù)。

3. 選擇所有數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊Volcanoplot APP，進(jìn)入以下界面：

設(shè)置P-value閾值為0.05，F(xiàn)old change為1.2，點(diǎn)擊OK，得到火山圖：

本次繪圖數(shù)據(jù)來(lái)自Nat Commun.2017; 8: 14356補(bǔ)充材料，僅用來(lái)演示火山圖的繪制，大家也可自行下載進(jìn)行繪圖練習(xí)。繪制出的火山圖只有幾個(gè)點(diǎn)變化倍數(shù)下調(diào)了因此不是太美觀請(qǐng)大家諒解。

軟件得到的原始火山圖中，-log10（0.05）約等于1.30103，P值越小Y軸值越大，-log2（1.2）約等于0.263。圖中紅色的點(diǎn)顯示上調(diào)，為符合P＜0.05，變化倍數(shù)上調(diào)1.2倍的差異基因，綠色點(diǎn)顯示下調(diào)，但本次數(shù)據(jù)無(wú)符合條件的下調(diào)基因。

4. 美化火山圖