近年來，對股權(quán)轉(zhuǎn)讓是否征收土地增值稅一直存在激烈的爭議。贊成者認(rèn)為，公司股東轉(zhuǎn)讓擁有不動(dòng)產(chǎn)資產(chǎn)的公司股權(quán)，實(shí)質(zhì)上是以合法形式掩蓋非法目的，轉(zhuǎn)讓的實(shí)際標(biāo)的表面上是股權(quán)，但實(shí)質(zhì)上是土地使用權(quán)。轉(zhuǎn)讓股權(quán)的所得，雖然表面上是股權(quán)所得，但實(shí)質(zhì)上是土地的增值。所以應(yīng)該按照土地增值稅的規(guī)定征收土地增值稅。

反對者認(rèn)為，土地增值稅的征收對象和行為是轉(zhuǎn)讓國有土地使用權(quán)、地上建筑物和附著物的行為。是對合法國有土地使用權(quán)的轉(zhuǎn)讓行為征稅，而不是對公司股權(quán)的轉(zhuǎn)讓行為征稅。現(xiàn)實(shí)中，對轉(zhuǎn)讓集體土地使用權(quán)、地上建筑物和附著物的行為都不征收土地增值稅，怎么能對股權(quán)轉(zhuǎn)讓征稅呢？至于在征管實(shí)踐中，對某些地下沒有產(chǎn)權(quán)的車位征收土地增值稅，那是因?yàn)?，即便征收土地增值稅，也比征?2%的房產(chǎn)稅要少得多。

而且如果對轉(zhuǎn)讓股權(quán)征收土地增值稅，這里面有一個(gè)致命的問題，就是，對股東征了稅，但是標(biāo)的公司的土地使用權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)仍是原來的價(jià)格，沒有發(fā)生變化。上家股東交了稅，下家公司的資產(chǎn)的計(jì)稅價(jià)格沒有相應(yīng)的變化，也不可能發(fā)生變化，這就出現(xiàn)一個(gè)非常大的矛盾。

以上兩個(gè)原因，是很多人反對對股權(quán)轉(zhuǎn)讓征收土地增值稅的原因。

另外，最高法和國土資源部對轉(zhuǎn)讓股權(quán)是否構(gòu)成刑法上的非法倒賣土地罪，近年來也發(fā)生了變化。

2013年3月26日，中國國土資源報(bào)登載了作者陳戰(zhàn)杰的文章《賣的是股權(quán)還是土地？》，2014年4月8日，在《中國國土資源報(bào)》上發(fā)表《以轉(zhuǎn)讓公司股權(quán)方式轉(zhuǎn)移土地使用權(quán)益的法律風(fēng)險(xiǎn)及其防范》，《正確認(rèn)識股權(quán)轉(zhuǎn)讓與土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓》，都明確認(rèn)為轉(zhuǎn)賣公司股權(quán)，不構(gòu)成非法倒賣土地罪。作者程小平的工作單位，是國土資源部執(zhí)法監(jiān)察局。

當(dāng)年，一些地方的公安機(jī)關(guān)對以轉(zhuǎn)讓股權(quán)方式間接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)以“非法倒賣土地使用權(quán)罪”立案，有多家房地產(chǎn)公司老總因此身陷囹圄。2009年，上海富豪周小弟以及南京下海官員劉有貴相繼以“非法倒賣土地使用權(quán)罪”被判刑；2010年3月常州陸阿生因轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)公司股權(quán)先后被訴侵占、合同詐騙一案，最終被以“非法倒賣土地使用權(quán)罪”審查起訴。

還有一篇類似的文章，作者劉牧晗于2016年12月20日在中國國土資源報(bào)上發(fā)表《股權(quán)轉(zhuǎn)讓和礦業(yè)權(quán)轉(zhuǎn)讓不是一碼事》。

以上現(xiàn)象，說明國土部門已經(jīng)意識到了公司擁有的土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓、礦業(yè)權(quán)轉(zhuǎn)讓與公司股權(quán)轉(zhuǎn)讓的區(qū)別，土地使用權(quán)、礦業(yè)權(quán)是公司控制的資產(chǎn)，而公司股權(quán)是股東控制的財(cái)產(chǎn)，二者之間有本質(zhì)的區(qū)別。因此從形式上來看，是反對將二者等同的。

但是，雖然形式上不同，但是實(shí)質(zhì)上卻是轉(zhuǎn)讓了土地使用權(quán)，這在股權(quán)的交易價(jià)格確定上，很清晰的體現(xiàn)出來。股權(quán)的交易價(jià)格其實(shí)就是土地的評估價(jià)，減去負(fù)債。股權(quán)轉(zhuǎn)讓方的所得其實(shí)就是土地增值。所以說，上面的文章的觀點(diǎn)雖然在分清土地使用權(quán)和股權(quán)方面有進(jìn)步，但是還有欠缺，沒有深層次的挖掘剖析股權(quán)轉(zhuǎn)讓的實(shí)質(zhì)。這是其不足的地方。