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日拱一卒無有盡,功不唐捐終入海 概況交給我們，細節(jié)留給博士 精華彩蛋在文末哦?。?！ 每個基金撰寫月，都令無數英雄競折腰—— 噬菌體、病毒研究者更有無盡的煩惱 1. 病毒與噬菌體分離麻煩，宿主污染嚴重，數據浪費 2. 基因注釋信息缺失，大量未知功能的ORF 3. 想開展溶原性、烈性噬菌體研究，不知如何下手 4. 噬菌體作為一種天然的病原細菌抗生素，前景廣闊，是否存在大規(guī)模篩選工具？ 問題一堆一堆，何處入手？ 我們以一篇宏病毒文獻為例，尋找破局之道 分為四步 （I）抓基礎、重基礎：收集現(xiàn)有數據 國內大部分研究者對于生物數據庫的理解都停留在使用層面，例如常見的NCBI BLAST頁面 然而，我們常常忽視數據庫整體的狀態(tài)更新與特色。想建大廈，從基礎抓起！ 研究的第一步在于收集已有數據，并對已有的病毒完成圖進行分類統(tǒng)計。 （1）NCBI RefSeq：< 9000病毒完成圖 （2）ICTV：病毒物種分類國際權威數據庫 （II）找研究重點與Unique Idea 核心思路：自我簡化 從上圖統(tǒng)計可以看到，按照各種分類標準，病毒可以分為很多類型 此時，如果想一網打盡，那么幾乎沒有合適的研究手段，很多人在這里被卡住了。。。 簡化方式： （1）只關注帶有衣殼蛋白的病毒——表面活性劑可以富集 （2）只關注單鏈環(huán)狀DNA病毒——外切酶除去雙鏈DNA，RNA酶去除所有RNA，剩余環(huán)狀ssDNA后，樣品組成得到極大的簡化 （3）phi29特異性地對ssDNA進行滾環(huán)擴增，獲得雙鏈DNA，可以直接進行NGS測序 MetaSPades組裝后，獲得>2500個單鏈環(huán)狀DNA完成圖，絕大部分都小于10kb。 （III）高級分析 高級分析不能貪多，國內很多研究者初期都有非常棒的研究結果。有時為了追求完美，單純?yōu)榱嗽黾友芯績热?，會錯失時機，同時也會嚴重降低文章研究主旨，得不償失。 （1）用衣殼蛋白的差異性進行物種分類 （2）物種分類重新統(tǒng)計數據 （3）尋找以上兩者關聯(lián) （IV）主題升華 宏基因組公共數據特別多，找?guī)讉€作為案例證明： （1）分析流程的可靠性 （2）獲得的2500個完成圖存在的廣泛性
彩蛋——筆者感想 回帖率：宏基因數據中，reads回帖率比較低，即組裝獲得的序列還是非常不完整。 在BGI最新研究成果的幫助下，依靠培養(yǎng)組學的技術，暴力解析了kb級別的細菌基因組后，腸道回帖率從50%增加到70%以上，是個非常大的進步。 然而，環(huán)境樣品沒有這么好的運氣可以如此暴力破解，因此該研究的意義特別巨大。 我們可以通過實驗技術的簡化，針對性地解析部分物種，進而獲得全貌。 日拱一卒無有盡,功不唐捐終入海 歡迎小伙伴們微信活動交流， 一起討論關于病毒、宏病毒研究方案！ 參考文獻：Discovery of several thousand highly diverse circular DNA viruses. bioRxiv, 2019. 凌恩生物成立于2014年，專注組學技術在科研領域的應用與研究。公司成立以來，技術團隊參與的項目成果成功發(fā)表在《Nature》《Cell》《PNAS》等國際頂端學術期刊。 秉承“以客戶需求為本，為客戶創(chuàng)造價值”的服務宗旨；以高品質、高效率的技術服務，用心打造凌恩品牌，助力您的成功！ |
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