自從永歷帝被孫可望接到安龍后，一直過(guò)著寄人籬下的生活。孫可望自居貴州省城，大造宮殿，設(shè)立文武百官 ，開始的時(shí)候還遵守永歷帝的名號(hào)，后來(lái)的行為和皇帝無(wú)異 。朱由榔為了保住帝位，與大學(xué)士吳貞毓密謀，派使臣往廣西召李定國(guó)護(hù)駕。公元1653年（清順治十年、明永歷七年）十一月，李定國(guó)接密敕后，表示：“只要我李定國(guó)活一天，就不會(huì)讓陛下受到屈辱，希望陛下暫時(shí)忍受，我這就去救駕，我寧可背負(fù)孫可望，也不會(huì)背負(fù)陛下。” 并告知俟恢復(fù)粵東，即來(lái)迎駕 。不料文安侯馬吉翔為討好孫可望，將此事具告。孫可望便以“欺君誤國(guó)，盜寶矯詔”的罪名，處死吳貞毓等十八名大臣。從此，孫可望更加跋扈，為防備李定國(guó)返滇，派劉鎮(zhèn)國(guó)、關(guān)有才屯兵田州（廣西田陽(yáng)），加以阻止。

新會(huì)之戰(zhàn)的失敗，也使李定國(guó)無(wú)法在兩廣發(fā)展。中書金公趾（即金維新）便以《三國(guó)演義》中諸葛亮翦除奸雄的故事，勸他回師滇黔。公元1655年（清順治十二年、明永歷九年）永歷帝又一次派使臣赴南寧告孫可望“僭逼”之事。李定國(guó)接血字詔書，伏地痛哭不能起，表示誓死為永歷帝鏟除奸逆，恢復(fù)江山 。此時(shí)洪承疇正用“兩粵合剿”之策 ，全力壓縮南寧，李定國(guó)備受威脅，于是他決計(jì)回黔。第二年正月，李定國(guó)火速赴田州，守軍聽說(shuō)大西軍來(lái)了，要不逃跑，要不歸降 ，關(guān)有才、劉鎮(zhèn)國(guó)逃跑。孫可望為長(zhǎng)期控制永歷帝，又立即派出白文選遷永歷帝于貴陽(yáng)。白文選不滿此舉，便以“輿徒不集”為理由，拖延移蹕時(shí)間。正月二十二日，李定國(guó)至安龍，于永歷帝相見，君臣相抱持痛哭 ，李定國(guó)密誓效命，背出所刺“盡忠報(bào)國(guó)”四字給南明朝廷大臣，大臣們都說(shuō)道李定國(guó)是大忠臣。經(jīng)商議，決定遷朝廷入滇。

當(dāng)時(shí)，劉文秀和孫可望親信王尚禮、王自奇、賀九儀等均駐云南，兵力合共五萬(wàn)。二月十一日，李定國(guó)抵曲靖，云南守將議論要以兵拒。劉文秀私下會(huì)李定國(guó)說(shuō)：“我們認(rèn)為孫可望是董卓那樣的人，但是就算誅殺了孫可望，也難免會(huì)出現(xiàn)像曹操那樣的?！?李定國(guó)指天為誓，決不學(xué)孫可望。于是兩人合計(jì)，迎駕本來(lái)是孫可望的意思，現(xiàn)在要單獨(dú)去做了 ，瞞住孫可望親信，平安入滇。永歷帝改昆明為”滇都”，封李定國(guó)為晉王，劉文秀為蜀王，白文選為鞏國(guó)公，所有大事都?xì)w李定國(guó)處理 。

李定國(guó)雖掌兵馬大權(quán)，但是十分尊重永歷帝，而且給永歷帝的錢糧也頗為豐富 ，但是用人不當(dāng)，金維新被授予吏部侍郎兼都察院，導(dǎo)致內(nèi)訌四起 ，馬吉翔則大力拍李定國(guó)的馬屁 。永歷朝的腐敗之氣已在腐蝕著李定國(guó)。

但對(duì)待孫可望，李定國(guó)仍從抗清大局出發(fā)，希望和解。他曾請(qǐng)劉文秀拿著敕書請(qǐng)孫可望回來(lái) ，遭拒絕，又送孫可望妻子歸黔，仍未達(dá)和解。他還不甘心，公元1657年（順治十四年、明永歷十一年）五月，派白文選入黔議和，孫可望竟扣押了白文選，而且把他的部隊(duì)也給扣住了 。又派孫可望舊部張虎去說(shuō)情，臨行永歷帝賜虎金簪給張虎，令張虎從中開導(dǎo)孫可望。張虎兩面三刀，見孫可望謊稱道：”永歷帝賜給我金簪，讓我殺你。“ 孫可望大怒，聯(lián)絡(luò)王自奇、王尚禮、關(guān)有才為內(nèi)應(yīng)，內(nèi)戰(zhàn)終于由孫可望挑起。

大西軍絕大多數(shù)將士反對(duì)內(nèi)戰(zhàn)，孫可望部將馬進(jìn)忠、馬寶、馬惟興密謀幫李定國(guó)，一致要求還白文選兵權(quán)。孫可望不知是計(jì)，便任命白文選為征逆招討大將軍，馬寶為先鋒，自己另率一軍隨其后，合兵十四萬(wàn)，以“清君側(cè)”之名出師。

九月，孫可望部隊(duì)抵交水（云南沾益），李定國(guó)、劉文秀領(lǐng)五萬(wàn)人抵擋，因兵力懸殊，人心浮動(dòng)。這時(shí)白文選來(lái)告訴李定國(guó)：“趕快去出兵迎戰(zhàn)，他們已經(jīng)都準(zhǔn)備好了，遲了我們會(huì)吃虧的?！袄疃▏?guó)才下了交戰(zhàn)決心。孫可望估計(jì)昆明空虛，又派馬寶、張勝前往偷襲，與王尚禮里應(yīng)外合，馬寶又告李定國(guó)。九月十九日，雙方在交水河畔會(huì)戰(zhàn)，白文選率鐵騎直沖馬惟興營(yíng)，馬軍卻掉頭沖向?qū)O可望營(yíng)。孫可望大驚失色喊道：“怎么諸將都叛變了”，然后落荒而逃。李定國(guó)揮師前進(jìn)，孫可望的各營(yíng)將士都大喊“迎晉王”，孫可望大敗 。劉文秀、白文選追孫可望潰卒，李定國(guó)還師昆明，結(jié)果馬寶反正，張勝被擒，王尚禮自盡，內(nèi)戰(zhàn)平息。

孫可望倒行逆施，眾叛親離，從者僅數(shù)十騎，所過(guò)鎮(zhèn)將皆閉門不納 。時(shí)馮雙禮守貴州，佯裝追兵到，孫可望攜妻子財(cái)寶投降洪承疇。清廷封他“義王”，但又戒備他，于公元1660年（順治十七年）十一月，借圍獵之機(jī)，將他射死 。