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摘要：美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(The American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)曾制定過序列變異解讀指南。在過去的十年中, 隨著新一代高通量測序的出現(xiàn), 測序技術(shù)有了快速發(fā)展。利用新一代 測序技術(shù), 臨床實驗室檢測遺傳性疾病的產(chǎn)品種類不斷增加, 包括基因分型、單基因、基因包、外顯子組、基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀遺傳學(xué)檢測。隨著技術(shù)的復(fù)雜性日益增加, 基因檢測在序列解讀方面不斷面臨著新的挑戰(zhàn)。因 此 ACMG 在 2013 年成立了一個工作組來重新審視和修訂序列變異解讀的標(biāo)準(zhǔn)和指南, 工作組包括 ACMG、分 子病理協(xié)會(the Association for Molecular Pathology, AMP) 和美國病理學(xué)家協(xié)會(the College of American Pathologists, CAP)的代表。該工作組由臨床實驗室主任和臨床醫(yī)生組成。 本報告代表了工作組中來自 ACMG, AMP 和 CAP 的專家意見。本報告提出的建議可應(yīng)用于臨床實驗室的各種基因檢測方法, 包括基因分型、單基因、基因包、外顯子組和基因組。本報告建議使用特定標(biāo)準(zhǔn)術(shù)語來描述孟德爾疾病相關(guān)的基因變異——“致病的”、“可 能致病的”、“意義不明確的”、“可能良性的”和“良性的”。此外, 本報告描述了基于典型的數(shù)據(jù)類型(如人群數(shù)據(jù), 計算數(shù)據(jù), 功能數(shù)據(jù), 共分離數(shù)據(jù))對變異進(jìn)行五級分類的標(biāo)準(zhǔn)過程。由于臨床基因檢測分析和解讀中不斷增加 的復(fù)雜性, ACMG 強烈建議臨床分子基因檢測應(yīng)在符合臨床實驗室改進(jìn)修正案(CLIA)認(rèn)證的實驗室中進(jìn)行, 其 檢測結(jié)果應(yīng)由通過職業(yè)認(rèn)證的臨床分子遺傳學(xué)家或分子遺傳病理學(xué)家或相同職能的專業(yè)人員解讀。 隨著遺傳病患者樣本中所檢測基因數(shù)目的快速增加, 臨床分子實驗室檢測到越來越多的新的序列 變異。某些表型僅與單個基因相關(guān), 而多數(shù)表型與多 個基因相關(guān)。對某個給定序列變異的臨床意義進(jìn)行 分級解讀, 從某個變異幾乎可以肯定是某種疾病的 致病性變異到幾乎可以肯定是良性變異。雖然 ACMG 之前的建議提供了序列變異的解讀分類及解讀的算法, 但并沒有提供明確的術(shù)語或詳細(xì)的變異分類指導(dǎo)。本研究依據(jù)專家意見及經(jīng)驗數(shù)據(jù), 闡述 了最新的序列變異分類標(biāo)準(zhǔn)和指南。 1．方法 2013 年, ACMG, AMP 和 CAP 的成員, 代表臨床 實驗室主任和臨床醫(yī)生成立了一個工作組, 該工作 組依據(jù)專家建議、工作組共識和公眾反饋開發(fā)了一種可以對現(xiàn)有的證據(jù)進(jìn)行加權(quán)的系統(tǒng),并應(yīng)用此系統(tǒng) 對序列變異進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分類。為了評估臨床實驗室的 觀點, 對列入 GeneTests.org 上位于美國和加拿大的 超過 100 家的測序?qū)嶒炇疫M(jìn)行了調(diào)研, 要求各實驗室 填寫參考術(shù)語及變異分類的評估證據(jù)。這些實驗室 有檢測包括罕見病、藥物基因組學(xué)和癌癥體細(xì)胞突變 的經(jīng)驗。第一次調(diào)研于 2013 年 2 月開展, 該調(diào)研旨在評估參考術(shù)語的偏好, 調(diào)研結(jié)果公布在同年 ACMG 年會公開論壇上, 該年會有超過 75 個與會者參加。調(diào)研結(jié)果代表超過 45 個位于北美的實驗室。調(diào)研和 公開論壇的結(jié)果表明: (i) 五級術(shù)語系統(tǒng)“致病的”、 “可能致病的”、“意義不明確的”、“可能良性的”和“良 性的”是優(yōu)選認(rèn)可的, 且已在多數(shù)實驗室使用; (ii) 工 作組的首要重點應(yīng)著重于孟德爾疾病和線粒體變異。 在第一次調(diào)研中, 參與的實驗室被要求提供他 們的變異評估方法, 最終有11 個實驗室提供并分享了他們的變異評估方法。通過分析所有提交的方法, 工作組制定了一組準(zhǔn)則, 包括變異證據(jù)評估的加權(quán)標(biāo)準(zhǔn)體系和應(yīng)用這個標(biāo)準(zhǔn)將變異歸類為五類的分類準(zhǔn)則。 在今后的幾周時間里, 工作組成員通過在自己 實驗室或其他機構(gòu)已進(jìn)行分類的變異來驗證這個方案。 另外, 還將典型變異的常見證據(jù)進(jìn)行分類, 來測試工作組成員達(dá)成一致的現(xiàn)有方法是否可以對這些 變異 進(jìn)行分類。2013 年 8 月 , 第二 次調(diào)研在GeneTests.org 上的相同實驗室以及 AMP 清單上的約 2000 個單位中進(jìn)行, 同時給各單位提供了分類方案 和詳細(xì)的方案補充說明, 要求各實驗室使用該分類 方案并對以下內(nèi)容進(jìn)行反饋, 包括各標(biāo)準(zhǔn)的適宜性和每個標(biāo)準(zhǔn)的相對權(quán)重、分類體系的易用性以及他們 是否會在自己的實驗室采用這樣的體系。來自超過 33 個實驗室的答復(fù)表明多數(shù)實驗室支持所推薦的分 類方案, 同時, 他們的反饋進(jìn)一步地指導(dǎo)了標(biāo)準(zhǔn)和指 南的完善。 2013 年 11 月, 工作組在 AMP 會議期間舉行了 超過 50 人參加的研討會, 提出了修訂后的分類標(biāo)準(zhǔn) 和兩個評分體系。 一個體系與這里介紹的方法是一 致的, 另一個體系則是一個分?jǐn)?shù)體系, 每一項標(biāo)準(zhǔn)都有一個分?jǐn)?shù), 正分?jǐn)?shù)為致病標(biāo)準(zhǔn), 負(fù)分?jǐn)?shù)為良性標(biāo)準(zhǔn), 根據(jù)總分?jǐn)?shù)進(jìn)行變異分類。參與者使用此系統(tǒng)并進(jìn)行反饋, 回答在評估變異證據(jù)過程中他們?nèi)绾螜?quán) 衡各個標(biāo)準(zhǔn)(如強、中度或支持、或不使用)。參與者的反饋結(jié)果再次綜合到這里介紹的分類體系中.。但要指出的是, 雖然大多數(shù)回復(fù)更傾向于分?jǐn)?shù)評價體 系, 但本工作組認(rèn)為, 每個標(biāo)準(zhǔn)中具體分?jǐn)?shù)的設(shè)置 量化了對每個標(biāo)準(zhǔn)的理解, 但是這一量化指標(biāo)目前缺乏科學(xué)依據(jù), 并且沒有考慮遺傳證據(jù)解讀時的復(fù)雜性。 工作組還評估了文獻(xiàn)中推薦的其他專業(yè)協(xié)會和工作組在乳腺癌、結(jié)腸癌和囊性纖維化中已制定的變異分類指南, 以及在特定疾病中應(yīng)用統(tǒng)計分析來進(jìn)行變異定量評估的方法。這些變異分析指南在特定條件下是有效的, 但很難將他們推薦的標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)用于所有基因變異及不同的實驗室條件。本文描述的 變異分類方法適用于所有孟德爾基因變異, 包括單基因、多基因包、外顯子組和基因組測序發(fā)現(xiàn)的變異. 期望這種變異分類方法會隨著技術(shù)和知識水平的提高而與時俱進(jìn)。由于不同基因和不同疾病中的應(yīng)用和加權(quán)評估的標(biāo)準(zhǔn)可能不同, 特定疾病組的工作應(yīng)繼續(xù) , 以制定更有針對性的具體基因的變異分類指南。 |
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