馬祖之名源自媽祖，而且這里一度還是其下葬之所，當?shù)氐穆糜螛苏Z就是“媽祖在馬祖”。據(jù)傳林默娘16歲犧牲，遺體漂流至澳口，被當?shù)孛癖姾裨嵩谔旌髮m。雖然當?shù)赜斡[手冊沒有提到，其實媽祖遺體后來已被迎回大陸奉安，但這里依然被奉為媽祖“肉身靈穴”。農(nóng)歷九月初九為媽祖得道升天日，天后宮會舉辦隆重的升天祭。

馬祖天后宮主要建筑僅一殿一坊，每隔二十年就加以整修，但媽祖多次顯靈指示靈穴不可有任何變動，只是近年體恤觀光客，方顯靈同意廟方在靈穴上覆蓋強化玻璃，并加石龍守護。另外殿內(nèi)有一媽祖像，曾由登山者請上珠峰之巔。

靈穴隱約可見人形，雖然沒有明顯禁拍標志，在殿內(nèi)還是打消了拍照念頭。

殿外石刻反映施瑯征臺時得到媽祖相助的場景。當時軍中缺水，施瑯向媽祖禱告，小井突然有甘泉涌出，足以四萬軍士飲用。此外施瑯凱旋后，發(fā)現(xiàn)媽祖像衣襟帶水，似乎一同渡海。施瑯遂啟奏康熙，敕封媽祖由天妃晉級天后。由于鄭成功渡海收復臺灣時以吳真人（即保生大帝）為保護神，出于政治需要，清廷也需要搬出一位地位相當?shù)纳裣伞?a target="_blank">

高大的馬祖天后像于2009年10月25日揭幕，由365塊花崗石建成，高29.6米（代表馬祖列島面積29.6平方公里），當時屬世界最高，不知現(xiàn)在是否已有超越者。

像前有觀光平臺，以便游人拍攝媽祖全貌。

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