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ceRNA（competing endogenous RNA）即競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA，ceRNA網(wǎng)絡(luò)的機(jī)制是RNA轉(zhuǎn)錄本通過(guò)與編碼RNA競(jìng)爭(zhēng)性地結(jié)合miRNA，稀釋細(xì)胞內(nèi)游離miRNA的濃度，從而降低miRNA對(duì)編碼RNA的抑制，進(jìn)而提高目的基因的表達(dá)量。ceRNA網(wǎng)絡(luò)的核心為miRNA，主要成員包括長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）、環(huán)狀RNA（circRNA）等。今天讓我們重點(diǎn)介紹一下近年來(lái)大火的環(huán)狀RNA吧！  環(huán)狀 RNA(circRNA)是一類由特殊剪接機(jī)制形成的共價(jià)閉合內(nèi)源性RNA分子，廣泛存在于植物和哺乳動(dòng)物等各種生命形式中。  CircRNA的主要特征
CircRNA的主要功能
CircRNA的研究簡(jiǎn)介 環(huán)狀RNA比線性RNA更穩(wěn)定，是更理想的用于疾病研究的生物標(biāo)志物。當(dāng)前circRNA研究的主要關(guān)注點(diǎn)是miRNA海綿作用，并通過(guò)生物信息學(xué)分析繪制調(diào)控網(wǎng)絡(luò)途徑，進(jìn)而證明circRNA能夠成為一個(gè)潛在的生物標(biāo)志物。 環(huán)狀RNA的經(jīng)典研究思路
下面以近期發(fā)表的一篇論文為例，了解circRNA的主要研究思路。  研究單位：浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬邵逸夫醫(yī)院 主要研究?jī)?nèi)容： 通過(guò)對(duì)3名骨關(guān)節(jié)炎患者和3名健康對(duì)照的軟骨組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（ribosomal RNA-depleted method），獲得與骨關(guān)節(jié)炎相關(guān)的circRNA表達(dá)特征。CircSERPINE2在骨關(guān)節(jié)炎患者軟骨組織中表達(dá)下調(diào)，并在細(xì)胞系中得到證實(shí)。CircSERPINE2在細(xì)胞中的干擾實(shí)驗(yàn)證明，CircSERPINE2下調(diào)促進(jìn)軟骨細(xì)胞的凋亡，并使得胞外基質(zhì)的合成和分解代謝不平衡。  骨關(guān)節(jié)炎患者和健康對(duì)照的軟骨組織miRNA測(cè)序分析發(fā)現(xiàn)，191個(gè)miRNAs在骨關(guān)節(jié)患者的軟骨組織中上調(diào)。通過(guò)miRanda，TargetScan等數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)CircSERPINE2上的miRNA識(shí)別元件，最終聚焦到7個(gè)miRNAs上；并通過(guò)一系列的細(xì)胞實(shí)驗(yàn)（包括RNA pull down, a luciferase reporter assay, biotin-coupled microRNA capture and fluorescence in situ hybridisation等）證明CircSERPINE2與miR-1271的靶向吸附作用。結(jié)合miRNA的測(cè)序分析結(jié)果，證實(shí)CircSERPINE2通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性地與miRNA-1271結(jié)合，從而調(diào)節(jié)E26 transformation-specific (ETS)-related gene (ERG)表達(dá)；并在兔實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ椭凶C實(shí)，注射腺病毒CircSERPINE2可以緩解其骨關(guān)節(jié)炎癥狀。  結(jié)論：本研究闡明了一個(gè)新的circRNA- CircSERPINE2在骨關(guān)節(jié)炎中的作用機(jī)制，并構(gòu)建了其通過(guò)結(jié)合miR-1271調(diào)控骨關(guān)節(jié)炎的ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖，為骨關(guān)節(jié)炎提供了潛在的治療靶標(biāo)。  CircRNA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹 MiOncoCirc 一個(gè)迄今為止最全面的腫瘤組織circRNA數(shù)據(jù)庫(kù)，主要包含已報(bào)道的臨床樣本、癌癥及對(duì)照數(shù)據(jù)集，共計(jì)868個(gè)。 https://nguyenjoshvo./  circAtlas 數(shù)據(jù)庫(kù)涵蓋7種脊椎動(dòng)物的circRNA，提供不同數(shù)據(jù)庫(kù)circRNA調(diào)控元件，并提供三種類型網(wǎng)絡(luò)，包括基因共表達(dá)，miRNA調(diào)控和RBP調(diào)控來(lái)推斷circRNA功能。http://circatlas./  circBase 目前該數(shù)據(jù)庫(kù)收集了包括以下6個(gè)物種的circRNA信息：人、小鼠、秀麗線蟲、黑腹果蠅、矛尾魚、腔棘魚。http://www./  circRNABase 構(gòu)建miRNA與circRNA以及circRNA與RNA結(jié)合蛋白（RBP）的互作網(wǎng)絡(luò)。 http://starbase./starbase2/mirCircRNA.php  circNet 由臺(tái)灣國(guó)立交通大學(xué)的研究人員對(duì)464個(gè)樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)系統(tǒng)地整理挖掘后建立的數(shù)據(jù)庫(kù)，它提供了新circRNA的鑒定；整合circRNA-miRNA-mRNA的作用網(wǎng)絡(luò)等。 http://circnet.mbc./  作為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)領(lǐng)域的知名企業(yè)，寶藤生物一直致力于組學(xué)測(cè)序在重大疾病中的臨床轉(zhuǎn)化研究。我們?yōu)榇蟊娞峁└咄繙y(cè)序技術(shù)服務(wù)（如全基因組測(cè)序、全外顯子測(cè)序、靶向捕獲測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、宏基因組測(cè)序等）和生物信息學(xué)分析服務(wù)，促進(jìn)臨床分子診斷水平的提升，以專業(yè)的水準(zhǔn)為精準(zhǔn)醫(yī)療事業(yè)的發(fā)展做出積極貢獻(xiàn)。
1. Ji, P., et al., Expanded Expression Landscape and Prioritization of Circular RNAs in Mammals. Cell Rep, 2019. 26(12): p. 3444-3460 e5. 2. Vo JN, Cieslik M, Zhang Y et al., The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell. 2019 Feb 7;176(4):869-881.e13. 3. Shen S, Wu Y, Chen J et al., CircSERPINE2 protects against osteoarthritis by targeting miR-1271 and ETS-related gene. Ann Rheum Dis. 2019 Mar 28. pii: annrheumdis-2018-214786. 文章來(lái)源：醫(yī)學(xué)部 趙江曼 |
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