有朋友在后臺(tái)留言問(wèn)怎么查一個(gè)基因的甲基化，今天我們就介紹一個(gè)NB到變態(tài)的數(shù)據(jù)庫(kù)MethHC: http://methhc.mbc./php/index.php

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這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)有多NB，我們慢慢看來(lái)：

Q：這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了哪些信息？

數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了DNA甲基化、基因表達(dá)、microRNA甲基化、microRNA表達(dá)，而且收錄了TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中基因表達(dá)和甲基化的關(guān)系。我們知道在調(diào)控基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄水平上，DNA的甲基化是很重要的一個(gè)環(huán)節(jié)，有了這個(gè)數(shù)據(jù)，就能幫我們?cè)谔剿骰蛘{(diào)控機(jī)制上省很多力氣了。

關(guān)于甲基化的概念，數(shù)據(jù)庫(kù)通過(guò)一張圖展示了DNA甲基化中CpG島、CpG Shore等的概念。

CpG Island regions were defined based on UCSC criteria : CG content >50%, Obs/Exp, CpG ratio >0.60 and length >200 bps.

Shores were defined as the 2 kb up- and down-stream of a CpG island and shelves as the 2 kb outside of a shore. (including N shelf, N shore, CpG Island, S shelf and S shore of CpG region)

下面我們看這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的功能強(qiáng)大之處:

一、 檢索基因、microRNA在18類(lèi)腫瘤中的甲基化程度和差異

我們看到數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了包括乳腺癌、腸癌、肺癌等18類(lèi)腫瘤，選擇搜索基因還是microRNA、選擇癌種

接著上面的界面選擇基因甲基化區(qū)域、選擇基因：

然后search，這里我們同時(shí)檢索多個(gè)分子，結(jié)果按照基因和轉(zhuǎn)錄本單獨(dú)顯示：

比如基因AKT3的NM_001206729轉(zhuǎn)錄本在18類(lèi)腫瘤中的甲基化程度和差異

WNT1基因在18類(lèi)腫瘤中的甲基化程度和差異

microRNA在18類(lèi)腫瘤中的甲基化程度和差異

二、基因、microRNA甲基化與表達(dá)水平關(guān)系

首先選擇Browse Top250，即瀏覽前250名：

查看SPDYE1基因的具體數(shù)據(jù)：

樣本中的具體數(shù)據(jù)，可以下載下來(lái)自己分析。

三、基因和microRNA在腫瘤中甲基化聚類(lèi)

選擇某一簇“Cluster”microRNA

繼續(xù)放大，看到具體表達(dá)數(shù)值。

That’s all. Thank you!