基本原理：

    將待測DNA的5‘端的磷酸基團作放射性標(biāo)記（目的是為了后續(xù)讀序的DNA都是帶放射性標(biāo)記的，保證5‘端相同），然后利用特定的化學(xué)修飾劑對特定的堿基進行修飾，并在降解反應(yīng)中從眾多被修飾堿基處發(fā)生隨機斷裂，所以其降解產(chǎn)物中帶放射性標(biāo)記的單鏈DNA的3‘末端的堿基為該特定堿基。

    四種化學(xué)修飾劑可對應(yīng)四種情況，最后利用聚丙烯酰胺凝膠電泳分離DNA，通過放射自顯影顯示分離結(jié)果，按照從下往上的順序進行讀序，如圖1（G+A和T+C指化學(xué)修飾劑對二者都能修飾），讀序結(jié)果為5’ TAGTATAGCTG 3’。

特點：

1.測序長度大約為250個堿基，準(zhǔn)確度較高；

2.可直接測未克隆的DNA片段，不需進行酶催化反應(yīng)；

3.特別適合測定含有如5-甲基腺嘌呤、G+C含量較高等特殊DNA片段以及短鏈寡核苷酸片段的序列。

基本原理：

示意圖如圖二，雙脫氧鏈終止法利用了雙脫氧核苷酸能參與DNA復(fù)制卻因缺乏3‘羥基而終止DAN合成的特性，往DNA合成反應(yīng)體系中少量加入一種雙脫氧核苷酸，該雙脫氧核苷酸就會隨機摻入新合成DNA鏈中，使反應(yīng)體系中產(chǎn)生長短不一的DNA鏈，但這些DNA的3’端的堿基即為該雙脫氧核苷酸所含的堿基，最后進行四種含對應(yīng)雙脫氧核苷酸的DNA復(fù)制合成體系，將反應(yīng)后DNA利用聚丙烯酰胺凝膠電泳分離，從下往上進行讀序。

序列分析的工作模式：

1. 手動測序：該工作模式強度大，要求操作人員有較嫻熟的操作技能，現(xiàn)如今較少應(yīng)用。

2. PCR測序：將PCR技術(shù)應(yīng)用于測序，減少手工操作DNA復(fù)制合成反應(yīng)耗費的時間，但仍需人工讀序等一系列操作。

3. 全自動測序：全自動測序的工作模式是基于Sanger雙脫氧終止法的原理，同時采用PCR測序模式，不同的是用了四種不同的羅丹明熒光染料分別標(biāo)記四種雙脫氧核苷酸。由于四種熒光染料可激發(fā)出不同顏色的熒光，所以四種鏈終止反應(yīng)可在同一個試管內(nèi)進行并在同一泳道中檢測。同時，其產(chǎn)物通過聚丙烯酰胺凝膠電泳或毛細(xì)管電泳進行分離，通過激光激發(fā)熒光，最后利用檢測系統(tǒng)把熒光信號傳輸?shù)诫娔X，電腦就能將熒光信號識別并讀序。

常用的DNA測序儀有ABI Prism DNA Sequencer   系列的310、3700和3730XL型號如圖三。