之前我們介紹了“如何運(yùn)用KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)信號(hào)通路（入門(mén)版）”，今天為大家?guī)?lái)升級(jí)版的內(nèi)容。

學(xué)習(xí)了一段時(shí)間的KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)后，個(gè)人認(rèn)為它最好用的功能是KEGG Mapper，當(dāng)你想把差異性表達(dá)的基因與自己想要研究的信號(hào)通路聯(lián)系起來(lái)時(shí)，這項(xiàng)功能就可以很好地幫你解決問(wèn)題。

筆者之前為了驗(yàn)證藥物作用后小鼠肝臟組織是否發(fā)生某些lncRNA的差異性表達(dá)，將實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組的肝臟組織送去公司進(jìn)行了lncRNA的基因芯片分析。

公司反饋的數(shù)據(jù)中包括差異性高表達(dá)的lncRNA和與之相關(guān)的mRNA，但是我現(xiàn)在很想知道差異性高表達(dá)的lncRNA是否作用在了某個(gè)通路上。所以我利用KEGG Mapper先分析差異性高表達(dá)的mRNA的作用通路（因數(shù)據(jù)較多，為了方便，只任意列舉其中一小部分，不一定有臨床意義，只是為了演示過(guò)程）。

首先我們要將基因名稱(chēng)（genesymbol）轉(zhuǎn)換成基因類(lèi)型（geneID）的表現(xiàn)形式（小編注：此處即為geneID轉(zhuǎn)換）。因?yàn)镵EGG數(shù)據(jù)庫(kù)只識(shí)別KEGG、NCBI和uniprot三種primaryID的形式，這里選擇哪一種要看你的數(shù)據(jù)來(lái)源。

比如說(shuō)，如果要轉(zhuǎn)換成uniprot的ID形式，在uniprot網(wǎng)站中，點(diǎn)擊retrieve/ID mapping的選項(xiàng)；在provide your identifiers中輸入基因名稱(chēng)；下方選擇轉(zhuǎn)換類(lèi)型和種屬，點(diǎn)擊submit。

點(diǎn)擊頁(yè)面左側(cè)的reviewed swiss-prot(已經(jīng)核實(shí)的基因)，點(diǎn)擊download下載Excel表格（uncompressed）。在Excel表格中，entry一欄就是轉(zhuǎn)換后的geneID了。

將entry和你想標(biāo)記的基因顏色重新放在一個(gè)Excel表格中，這樣方便你在通路圖中清楚找到你要查詢(xún)的基因，將顏色和geneID輸入到KEGG Mapper中，點(diǎn)擊Exec開(kāi)始分析，可以知道哪些基因參與了哪種通路的表達(dá)調(diào)控。

根據(jù)mRNA在通路上的作用情況，以及公司反饋的與之相關(guān)的lncRNA，可以間接猜測(cè)該lncRNA也可能作用在這條通路上，之后可以再通過(guò)查找文獻(xiàn)和實(shí)驗(yàn)證明，會(huì)省去很多大量的篩選和驗(yàn)證時(shí)間。

筆者注：本文基于KEGG升級(jí)版的內(nèi)容，結(jié)合了自己的一點(diǎn)使用方法，如果有不對(duì)的地方，請(qǐng)大家批評(píng)指正。