在新疆已知10多處佛教石窟遺址中，吐峪溝石窟遺址是新疆東部開鑿年代最早、規(guī)模最大的佛教石窟遺址群；

史書記載，吐峪溝的石窟造像最早出現(xiàn)在晉、十六國時期，沮渠氏家族 稱王吐魯番時，即公元443年—450年，當?shù)胤鸾淌咴煜袷O一時；

南北朝時期，這里是高昌王國統(tǒng)治者最為重視的佛教圣地；

唐代文獻《西州圖經》里曾對吐峪溝的繁榮有過生動的描述：佛塔高聳入云，橫跨溝谷東西的橋梁如彩虹臥波。遍布山間的佛窟，密密麻麻，不計其數(shù)；

吐峪溝佛教遭遇第一次劫難是在元末明初，佛教寺廟洞窟被大面積破壞。

1904年，德國人勒柯克來到吐峪溝，找到了一間封閉的石窟密室，發(fā)現(xiàn)了不少唐代的佛教典籍，將它們連同在柏孜克里克里發(fā)掘出的文物裝滿了200多箱，和其他一些“驚人的刺繡”，一并運回了柏林；

日本人橫瑞超和野村榮三郎也在吐峪溝“收獲頗豐”；

英國人斯坦因幾次來新疆探險，同樣沒有放過吐峪溝；

1916年，吐魯番地區(qū)發(fā)生大地震，?的吐峪溝石窟頃刻間灰飛煙滅，被永遠深埋在歲月的塵埃中；

中華人民共和國成立后，國家曾在1952年、1961年兩次組織專家到吐峪溝考察，隨后實施了維修、加固、看管等一系列保護措施，但未進行過發(fā)掘；于2010年春、秋季和2011年春季，對吐峪溝石窟進行了保護性發(fā)掘；

2010年春季發(fā)掘的區(qū)域為 溝東區(qū)北部石窟群 和 一處地面佛寺，秋季發(fā)掘區(qū)域為 溝西區(qū)北部，2011年春季發(fā)掘區(qū)域主要集中在 溝西北區(qū)；發(fā)掘總面積超過3000平方米，新發(fā)現(xiàn)壁畫面積200多平方米；

此次發(fā)掘發(fā)現(xiàn)，石窟是當時所建寺院的一個重要組成部分，后來寺院被毀，留下了洞窟；

在 溝東區(qū)北部窟群遺址發(fā)掘中，考古人員清理洞窟56處，包括：禮拜窟、禪窟、僧房窟以及其他配套生活設施等；

最重要的發(fā)現(xiàn)是一處塔殿遺址；

在多處洞窟前還清理出門道、臺階等重要遺跡，并發(fā)現(xiàn)多處洞窟改建、維修等跡象；

在 溝西北部發(fā)掘 的一組石窟中，在一僧房窟壁上，考古人員發(fā)現(xiàn)了一處目前已知面積最大的回鶻文題記；

最讓考古人員感到興奮的是，在此次考古發(fā)掘中，他們發(fā)現(xiàn)了200多平方米的壁畫和數(shù)以千計的文書殘片；

據(jù)參加發(fā)掘的考古人員介紹，這些壁畫非常精美，風格與河西、于闐等地明顯不同，顯示出較早的時代特征；

壁畫題材也是前所未見，具有較強的地域特色，尤其是一排10個的立像及立像中間加壁合龕等，都是罕見的發(fā)現(xiàn)；

在出土的文書中，包括漢文、粟特文、藏文、回鶻文、婆羅迷文等多種文字；有佛經寫本、世俗文書和古書注本等；部分文書保存完整，帶有卷軸，并有紀年題記；從文書字體的風格上看，最早的為公元4世紀-5世紀。

吐峪溝石窟的發(fā)掘，是近年來中國石窟寺考古的重要成果，因為還沒有一個石窟寺出土如此多的文物，解決這么多學術問題。

因此，吐峪溝石窟遺址亦當選中國社會科學院公布的“2010年中國六大考古新發(fā)現(xiàn)”之一；

由于吐峪溝石窟寺遺址包含：吐峪溝石窟、蘇貝希石窟、蘇貝希墓地、霍加木麻扎、古代民居，以及祅教、摩尼教遺跡和墓葬，內容豐富，專家學者們建議，將這些文物單位進行統(tǒng)一科學規(guī)劃管理；

北京大學考古文博學院教授陳凌向記者證實，2016年4月，他們在新疆吐魯番吐峪溝石窟考古發(fā)掘中發(fā)現(xiàn)回鶻高昌新壁畫；新發(fā)現(xiàn)的壁畫之精美、繪畫技藝之高，不僅在吐魯番，甚至在全國都不多見；

這充分說明，在回鶻高昌時期，吐峪溝仍然保持著王家佛教寺院的重要地位；

吐峪溝石窟中發(fā)現(xiàn)了目前所知最早的漢文佛經寫本——《諸法要集經》

無意間發(fā)現(xiàn)腳下有一段常人難以察覺的白線，僅2米左右；

最終討論的結果是，溝西崖體下方可能埋藏著建筑遺址，這道白線就是古代佛教洞窟的白灰地面；

2016年4月，再次開始發(fā)掘吐峪溝西岸崖體下的這段白線，隨著崖體倒塌下來的石塊、泥土一鍬鍬地被鏟去，土坯塊開始露頭；

考古隊員發(fā)現(xiàn)，這確實是一處被崩毀的山體掩埋的建筑遺址；

當墻壁上菩薩頭上精美的頭光、發(fā)髻ji一個接一個出現(xiàn)的時候，一切都明白了，這里確鑿無疑是一組佛堂建筑；佛堂的頂部早已被崩塌的山體壓毀，四壁大部分完整地保存了下來，殘存的壁畫面積超過30平方米；

佛堂正中立著一座方形的像臺，佛堂正壁佛像須彌座兩側繪制高大的男女供養(yǎng)人，金裝的華貴服飾顯示，他們是回鶻貴族；

兩側壁繪制上下兩排形態(tài)各異的菩薩像，菩薩駕座蓮臺，體態(tài)豐腴，神態(tài)慈祥；

門道兩側也繪有足踏神獸或法器的神像，衣冠服飾極其華美；

佛堂南側還殘存著一組形制復雜的僧房洞窟，顯示出吐峪溝石窟特有的風格類型。

陳凌推測，佛堂的北側原來也有建筑，但現(xiàn)在已經完全被毀了；

……

2015年新年剛過，新疆吐魯番地區(qū)文物局傳來好消息：最早《大唐西域記》殘卷寫本就是在新疆吐魯番地區(qū)吐峪溝考古發(fā)現(xiàn)的一件；

寫本是指成書時手寫形式流傳的古籍，以此區(qū)別于刻本；

這件殘卷寫本1981年出土于吐峪溝石窟，是目前學術界所知數(shù)十種《大唐西域記》中年代最早的寫本；

在此寫本發(fā)現(xiàn)之前，年代較早的古本為敦煌寫本，存卷一、卷二、卷三，都是殘卷，書法非出一人之手，不是同一寫本；

其中卷一、卷三藏大英博物館，卷二藏巴黎國家圖書館；此外還有日本東寺觀智院所藏北宋刻本；

漢文抄寫的《維摩詰所說經——佛國品第一》，文書背面寫有回鶻文，具體內容和年代有待專家解讀；